南水北调东线一期工程于2013年11月15日—12月10日正式通水。该工程总投资500多亿元，从江苏省扬州市江都区取长江水，通过大运河将水输送到山东，供水范围涉及江苏、安徽、山东3省71个县(市、区)，直接受益人口约1亿人。
然而，供水范围内的多位地方政府人士表示，水价问题是南水北调东线一期工程亟待解决的难题。尽管水价并未最后敲定，但初步测算出来的高水价已经在江苏、山东引起了很大反响，让地方政府感到头疼。
多个城市不需要“南水北调”？
据了解，南水北调东线一期工程每年抽江水量为36.01亿立方米，据测算，江苏、山东、安徽3省多年平均供水量分别为19.25亿立方米、13.53亿立方米、3.23亿立方米。
根据国家发改委初步测算，南水北调江苏、山东境内平均水价(俗称“工程水源费”)，均高于当地的水源费。山东省南水北调工程建设管理局副局长罗辉表示，要将江水送达用户，还需要建设配套工程和进入城市供水管网工程，并计入相应的供水成本费用。因此终端用户的成本会很高。
南水北调高水价问题已经在一定程度上影响了调水城市的调水量。据悉，在山东上报水利部的2014年调水计划中，仅有济南、枣庄、青岛、潍坊、淄博5个城市上报了调水计划，总计7750万立方米，而按照原定规划，这5个城市承诺多年平均调水总量应为5.12亿立方米。此外，济宁、菏泽、滨州、东营等8个城市原定的多年平均计划调水量总计9.55亿立方米左右，但目前均无调水安排。
对此，罗辉向记者解释了原因所在：一是配套工程的投资及征地问题主要由地方政府负责，而地方受制于财力，建设进度满足不了消纳干线工程水的能力;二是东线工程2002年底开工后，山东连续10多年处于平水年或丰水年，用水需求不很迫切;三是由于调入水比当地水的价格高，消化起来需要动用很多政策资源，因此，南水北调的水有可能会被视为后备战略水源。即便如此，南水北调的高水价还需要做大量的消化工作。由此不难理解，在2013年山东正式调入的3400万立方米长江水中，为何只有1002万立方米成功地抵达淄博市民的家庭了。
据江苏省南水北调办公室副主任张劲松透露，江苏的扬州、淮安、宿迁等7城市已经按原定计划上报了2014年度调水量，但很可能有一部分会调入调蓄水库，因而并不等于新增供水量全部会到达终端用户，另外，从实际情况来看，江苏每年的水情丰枯不一，因而也不是每年都需要19.25亿立方米的新增供水。
南水北调东线江苏水源公司调度信息中心主任吴学春告诉《中国经济周刊》，相比江苏、山东而言，安徽的经济比较弱，同时用水量较少，而且南水北调的一部分水源也来自淮河，所以安徽使用这部分南水北调的水无需交费。
不管用不用水，江苏、山东每年或交10多亿基本水费
南水北调工程水源费按“两部制”方式划分为基本水价和计量水价两部分，基本水价用于运行管理费用和工程基本维护费、工程建设投资还贷等，不管用不用水都需要付费;而计量水价则按补偿基本水价以外的抽水电费、材料费等其他成本、费用的原则核定，计量水价按实际使用缴纳。南水北调的工程水源费将由南水北调的运营管理单位收取。
张劲松告诉《中国经济周刊》，国家发改委根据江苏新增供水量，初步测算南水北调江苏段平均水价为0.41元/立方米，其中基本水价0.18元/立方米、计量水价0.23元/立方米。那么江苏每年必须缴的南水北调的基本水费为3.465亿元，计量水费按实际使用上缴。
这个价格比江苏目前的水资源费要高。根据江苏省水利厅发布的《江苏省水资源公报》，2012年农田灌溉、工业、居民生活分别占该省用水消耗总量的72.9%、5.1%、4.9%，其中农业水资源费暂免征收，工业用水、居民生活用水的水资源费为0.2元/立方米。从水源结构来看也是如此。据资料显示，江苏2012年地表水的水资源费征收标准为0.2元/立方米，地下水的水资源费最低征收标准为0.48元/立方米，整体平均下来要低于0.41元/立方米。
南水北调东线一期工程是江苏省既有的“江水北调工程”扩大规模并向北延伸的升级版，此前江水北调每年抽的水是免水源费的。不过，张劲松表示，不必对“0.41元/立方米”过于敏感。由于江苏农业耗水超过该省总供水量的七成，如果完全按0.41元/立方米征收，会增加农民的负担。为避免这种情况，江苏方面有两个设想，一是将此费用摊到整个江水北调工程供水总量中去;二是更进一步摊薄，将之纳入到江苏全省的用水总量中去。如此，可能每立方米水的工程水源费就几分钱。当然，截至目前，上述设想尚在研究中。
山东省也同样遇到南水北调水价比当地水贵的情况。
