1976年粉碎四人帮后，如何清算四人帮，如何评价毛泽东在文革中的所作所作，以及其与四人帮的关系，林彪问题如何评价等等，成为摆在中共面前天大的难题。最终，在邓小平的拍板下问题得以定性，林彪的问题要重新审理，揭批四人帮必须联系林彪;起诉书中不能涉及毛泽东、周恩来的错误。在中纪委审查完毕后，两案移交最高人民法院、解放军军事法院审理，这是中共党内斗争第一次以法律形式定谳。本文摘自文史作者舒云个人博客。
庭审四人帮现场
邓小平复出后，以中共中央副主席、国务院副总理、中国人民解放军总参谋长的身份，听取各方面的汇报。中央组织部部长胡耀邦向邓小平汇报平反冤假错案的进度。邓小平说：“清查‘四人帮’帮派体系!”“林彪反党集团的问题也该重新审理了，在揭批‘四人帮’中必须联系林彪!”
1978年6月2日，邓小平在全军政治工作议上讲话：“要把‘四人帮’揭深批透，非联系揭批林彪不可!”“林彪、‘四人帮’早就勾结在一起阴谋篡党夺权。揭批‘四人帮’，联系揭批林彪，正是弄清他们在‘文化大革命’中的罪行。”“林彪对军队毒害很大，过去没有怎么批，被‘四人帮’包庇下来。他们不批林，假批孔，把矛头指向周总理、叶剑英副主席。揭批‘四人帮’联系批林彪，这是顺理成章的事，不存在算历史旧账的问题。”
邓小平会见意大利记者奥琳埃娜·法拉奇时说：“必须承认毛主席晚年犯了错误，而这种错误属于好人犯错误。而这一点必须说清楚。”1978年秋，邓小平与陈云谈话，说：“有些事是毛泽东同志的错误，但关键问题在林彪、江青这些人起了坏作用。”“林彪、江青反革命集团揭批要划一个段落。有些问题要用法律的问题来解决。”“林彪、江青一伙的问题弄清楚之后，党内解决不了，就交给人民。这是公正的……”
1979年1月4日，中共中在纪律检查委员会成立。中共十一届三中全会决定把林彪、江青反革命集团案，交由中央纪律检察委员会审理。陈云召开中纪委会议，认定林彪、“四人帮”触犯了中华人民共和国法律，党内审查基本结束，交由司法部门处理。这是中共历史上首次采取法律形式解决党内矛盾。
1979年7月28日，中央“两案”审理领导小组召开第一次会议，组长胡耀邦传达中央指示。8月经邓小平提议，全国“两案”会议在京西宾馆召开。邓小平说：林彪案同“四人帮”案这两个案子要合起来通盘考虑，处理上避免畸轻畸重。确定由解放军总政治部成立“两案”领导小组，负责审理林彪反革命集团案，最初决定审理十几名。
中华人民共和国刑事诉讼法规定：“公安机关侦查案件，侦查结束后，应写出起诉意见书，”“连同案卷材料，证据，一同移送同级人民检察院审查决定。”为了赶时间，公检法在中央领导下，平行作业。
1979年9月3日，中央政治局在人民大会堂听取“两案”审理情况的汇报。华国锋、邓小平、胡耀邦等指出：不要一个人一个人的判，黄吴李邱、陈伯达可以算一案，王张江姚作一案。把它作为篡党夺权、阴谋颠覆政府的集团案来处理。按集团案把起诉书写出来，审判时注意把他们的祸国殃民的主要罪行写出来就行了，其它小的罪行不一定写那么细。
1979年9月11日，中央“两案”审理领导小组办公室通知总政治部，组织专人起草起诉书。根据中央公布的林彪三批罪行材料，老干部的揭发，中纪委二办的审查材料等，先列举八条罪行提纲：一、打击迫害党政军领导干部;二、反军乱军，破坏国防建设;三、挑动武斗，支持打砸抢，迫害群众;四、破坏社会主义建设;五、阴谋篡夺国家主席职位;六、阴谋发动武装政变，谋害毛主席;七、阴谋另立中央，分裂党和国家;八、逃跑苏联，叛党叛国。因第三、四条证据不足，减为六条。
1979年10月17日，根据中央“两案”领导小组指示，林彪案主犯中增加了原空军副参谋长王飞。10月25日，起诉书第三稿把第二条“反党乱军、破坏国防建设”分为两条：“篡夺军委、总参、总后、海军、空军领导权”和“制造分裂、捣乱军队、破坏军队建设”。为增加气势，出庭12人，包括江腾蛟、胡萍、王维国、陈励耘、周建平、李伟信等。
20天中起诉书五次大修改，从出庭108人，递减到80人、60人、40人、20人，最后经中纪委副书记、“两案”领导小组副组长王鹤寿建议，彭真同意，最后特别法庭审十人，其余由地方法院和军事法院审判。
总政治部审判林彪案进入司法程序，总政保卫部成立预审组，取证组，起诉组。起诉书14稿，林彪案罪行由8条到10条，再到5条：一、诬陷迫害军队领导人，篡夺军权;二、诬陷迫害老一辈革命家、阴谋篡夺国家领导权;三、阴谋发动武装政变;四另立中央;五、外逃叛国。
1980年3月30日，全军“两案”审判工作会议召开，要求4月底以前写好起诉书。法庭拟用中华人民共和国最高人民法院特别军事法庭。
1980年夏，中央成立彭真为首的“两案”审判指导委员会。“两案”起诉书修改了20稿，从60条，减到55条，50条，48条。
1980年8月，全国人民代表大会常务委员会宣布：对林彪、“四人帮”进行审判。原订6、7月审判，一推再推，9月4日，中央书记处制订新的审判方案。
1980年9月8日下午3时，人民大会堂福建厅，华国锋、邓小平、李先念、胡耀邦及赵紫阳听取汇报。9月8日，彭真向中央政治局报告：十名主犯确定，一案是黄吴李邱加江腾蛟，一案是王张江姚加陈伯达。列入起诉书的罪行都不涉及毛、周和中央其他领导同志的过错。彭真主张“一案起诉，分庭审理”。黄吴李邱江由军人组成的第二审判庭，这几个人一定要审，判刑可以轻一点，他们同江青不一样，历史上还做过一点好事，打过仗。时间上一定要抓紧，9、10月开庭。彭真说：自上次中央书记处会议之后，一直比较犹豫，但在前不久研究了这一稿起诉书时突然下了决心，公开审判好，罪行证据都公布。通过这一的工作，证据完全能站得住脚。邓小平第一句话说：“这个起诉书可以用了。”“起诉书的内容不能涉及毛主席、周总理的错误，这一点要特别慎重。”成立特别法庭，一审终审。
邓小平说：“一案起诉，两庭审理，可能简单一点。”
审判委员会同时汇报了未写进起诉书的13件大事：
对刘少奇同志的定案问题;
文艺黑线专政;
上海一月夺权;
二月逆流;
七二○事件;
文攻武卫问题;
杨、余、傅事件;
军委办事组代替军委常委问题;
中央文革小组代替中央书记处问题;
诬蔑周总理所谓“十一次路线斗争代表”的问题;
1976年诬陷迫害邓小平同志的一些问题;
天安门事件问题;
向维特克泄密问题。
1980年11月20日，北京正义路中华人民共和国最高人民法院特别法庭开庭。经过42次法庭调查、辨论，有49名证人和被害人出庭作证，对各种证据873件进行了审查。如江腾蛟谋害毛主席、策动反革命政变，法庭调查出示书证、物证13件，宣读证词23件，7名证人出庭作证。
特别法院判决书经过26稿修改，以少数服从多数通过。1981年1月23日16时，特别法庭举行判决书签字仪式，历时77天的“两案”审判结束。
