由解放军报社主管主办的《国防参考》近日刊发《“起底”炎黄春秋》一文，文中大批特批《炎黄春秋》，指出《炎黄》打着“秉笔直书”的幌子，但实际上变成了兜售历史虚无主义的大本营，它抹黑英烈，虚无历史，实际上是把新中国的历史颠倒过去，为把中国拉回资本主义做舆论准备。
文章指出，《炎黄春秋》创办于1991年，起初十年是一份中间偏左的杂志，发表的文章整体上还是坚持马列主义，坚持1981年中共中央的《关于建国以来党的若干历史问题的决议》，坚持四项基本原则的，而抹黑烈士、否定中共历史、搞历史虚无主义的文章即便存在，也是凤毛麟角。但从2002年开始，《炎黄春秋》发生了质变，开始试图推动中国政治体制改革，推动的方向是：废除人民民主专政、落实宪政，批判邓小平思想，鼓吹中国要照搬欧美政治制度来实行政治改革。
《炎黄春秋》杂志网站如此评论自身——“《炎黄春秋》由资深的老革命家领衔创办”，“独家披露重要事件的内幕真相，评论重要人物的历史功过，剖析中国社会进程中热点问题和敏感话题”。读者都是老干部和老知识分子，用杜导正的话说，“都是有过血和泪经验教训的人，对《炎黄春秋》的未来寄予热望”。该杂志因得到许多享有名望的退休自由派官员的支持，其中也包括习近平的父亲、已故中共元老习仲勋。据悉，习近平的父亲、原中央政治局委员习仲勋曾给杂志社题词“办得不错”。
炎黄春秋近来多次遭到整肃，走到今天可谓一波三折。2008年11月，北京知情消息人士传出消息，由于《炎黄春秋》多次刊登涉及前中共中央总书记赵紫阳的文章(包括《文革后期我与四川省委书记的交往》《我看党与国家和人民的关系》《中国政治体制改革论稿》等)，江泽民担心自己的影响会因此被削弱，甚至被否定，所以引起江泽民不满，要求时任中共中央政治局常委李长春严肃处置。故而文化部以杂志相关人员年龄过大劝其退休。但在时任中共中央总书记胡锦涛的干预下，当时的社长杜导正继续任职。该事件引起海内外的广泛的关注，杂志的命运被华人社会担忧。
《炎黄春秋》亦曾因六四事件多次遭遇坎坷。2009年5月22日起，炎黄春秋网站开始无法访问，据推测可能与六四事件20周年临近有关，至5月25日下午网站恢复正常。不久(截止5月30日14:00)该网站的炎黄论坛显示“设置数据不存在，调用已终止”而无法访问。5月31日论坛恢复正常。2010年11月，李普去世后，炎黄春秋论坛亦不能访问，其介绍说因为技术原因只能周一至周五早9点至晚5点开放。
2013年1月4日9时左右，炎黄春秋网站被关闭。炎黄春秋编辑部在新浪微博中称，2012年12月31日分别收到署名为“工业和信息化部网站备案系统”的短信和邮件：“您备案信息中的网站《炎黄春秋网》已被注销，该网站的备案号‘京ICP备08100492号-1’已被收回。特此通知!”但通知中没有注明网站被突然注销的原因。1月5日，炎黄春秋网站使用一个临时网站暂时恢复上线。
港媒稍早前报道，炎黄春秋受到的压力正不断加大，现任总编辑杨继绳被中共官方新华社约谈，要求他退出杂志编辑部。杨继绳对此并没有否认此事，仅回应说：上面不让对外面说，现在不能说。2014年9月面临主管机构变更时，该杂志曾联名写信给习近平，希望给予《炎黄春秋》更多自主空间。报道称，习近平已经收到信件，并作了批示，但批示具体内容尚未得知。
而《炎黄春秋》顾问之一曾彦修，是参与给习近平上书的6名退休老干部之一。他于3月3日去世。习近平及中共退休高层乔石、朱镕基、温家宝等人赠送花圈。1957年中共“反右”期间，曾彦修(笔名严秀)是被《人民日报》头版点名批判的“右派”。对于曾彦修去世，外界注意到，习近平等中共领导人悼念规格之高很罕见。
