傅斯年在延安同毛泽东的夜谈中，发现其对于坊间各种小说都相当熟稔，而他正是通过这些材料去研究民众心理，加以利用，因此傅认为毛不过是宋江之流。
原国立台湾大学校长傅斯年（图源：维基百科公有领域）
1948年12月14日，傅斯年派飞机去北平接取大学教授，当时的秘书长郑天挺觉得不大好办，决定公开此次计划，让离开北平的人去登记。15日傍晚6点半，胡适乘坐的飞机抵达南京明故宫机场，傅斯年与王世杰、朱家骅、蒋经国等一起到机场迎候，并把学人们安顿在位于赤峰路的一座招待所。
当晚傅斯年劝说情绪低沉的胡适，并与胡适、朱家骅等一起商量再次抢救空运北平同仁的名单。就在胡适与陈寅恪等人飞离北平后的第6天，1948年12月21日，傅斯年安排的飞机接回了清华大学校长梅贻琦率领的第二批被抢救的学人，同机到达南京的还有李书华、袁同礼、英千里等人。
当此中共大军压城之时，资讯消息不再畅通，抢救也变得艰难。傅斯年原来信心满满地以为还会有许多名教授大义凛然地飞回南京，结果竟让他大失所望。飞机上有不少空位，有些讲师助教们却因有家属在南方要南行，抢得这次难得的机会。甚至有天派了五架飞机到机场，却应者寥寥，北平大多数学者都选择留下。傅斯年不得不停止了飞机抢救。
抢救来的这些学者除了胡适去了美国，陈寅恪南下广州，其余的在傅斯年的安排下大多顺利转移到台湾。傅斯年内心把台湾作为中华正统文化传承和发展的血脉。傅斯年日后在就任台湾大学校长时，所写《台湾大学与学术研究》道：“现在台湾不仅不是殖民地，而且是‘斟灌一旅一成’的根据地，将来‘祀夏配天，不失旧物’，正靠这一个宝岛，赤县已沉，瀛洲遂为正朔所在。”这里傅斯年认为国民政府为“正朔”，台湾乃是中华文化的根据地。
傅斯年对一向共产党心存鄙视，与中共的所作所为向来格格不入。傅斯年与毛泽东在北大时就是旧识，两人曾做过一些私下的交流，但总归是道不同不相为谋。1945年7月傅斯年与毛泽东亲密接触过一次，他与黄炎培等5人被推选为代表飞赴延安，与共产党商谈国共合作事宜。傅斯年在延安停留了几日，他与毛泽东两人单独聊了一夜。
那一夜，傅斯年与毛泽东两人上天下地地谈开，谈到中国的小说，傅斯年发现毛泽东对坊间的各种小说都了如指掌。傅斯年认为毛泽东是从这些材料里研究民众心理，所以心底认为他不过宋江一流，专搞御人之术。二人在言及五四往事的时候，傅斯年不忘挖苦毛道：“我们不过是陈胜、吴广，你们才是项羽、刘邦。”毛泽东在赠傅斯年的字幅中，题了首诗回敬道：
竹帛烟销帝业虚，关河空锁祖龙居。
坑灰未烬山东乱，刘项原来不读书。
这首是唐人章碣的《焚书坑》，诗中毛泽东以“刘项原来不读书”来自比，自认没有傅斯年书读的多，言下之意耐人寻味。
关于毛泽东与傅斯年的隔阂，斯诺《西行漫记》里有段毛泽东谈及的细节：“在那些来阅览的人当中，我认出了一些有名的新文化运动头面人物的名字，如傅斯年、罗家伦等等，我对他们极有兴趣。我打算去和他们攀谈政治和文化问题，可是他们都是些大忙人，没有时间听一个图书助理员说南方土话。”当时傅斯年为名噪一时的五四健将，而毛泽东则是一个相当于师范中专毕业的临时图书助理员，两者相形之下地位悬殊甚大。这些心理阴影可能造成了日后毛泽东对傅斯年没有好感，同时也正是傅斯年不可能对毛泽东产生佩服之情的一个根源。
傅斯年在延安访问时，看到会议室礼堂里密密麻麻地挂满了各地送来的锦旗，心直口快的“傅大炮”忍不住了，语带讥讽地说：“堂哉，皇哉。”毛泽东听出了其中的嘲讽意味，心里自然很是不爽，但碍于情面没有出声。当傅斯年遇见黄炎培等人时，发觉他们竟然把毛泽东送的土织毛毯，好像当作皇帝钦赐饰终大典的陀罗经一样被供奉收藏，让自诩清正的傅斯年极为鄙视和反感。
这次短暂的延安之旅，使傅斯年看透了共产党之本质，也为日后的去从做出了选择。
