许多人用“没有周总理，文革的灾难可能会更大，换做他人，没人做的比周更好”来为周辩护。首先这是一个伪命题，因为历史不能假设。这正如现在有人说汪精卫是因为突然间死掉所以曲线救国的大业没有来得及证明一样。现在学者们能做的只是弄清楚周恩来到底做了什么。
对于周恩来所作所为，是不能用“那是共产党体制”的错，或者是追究罪魁祸首亦即毛的错来为周恩来辩护。如此，周恩来自己亲手迫害、诬陷、制造冤假错案的责任都推到共产党身上、毛泽东身上而一了百了。正如李南央女士在其著作《我有这样一个母亲》中所举张志新一案，有人质疑到：割喉管的人无罪，押打张志新的人无罪，公安局、法院、省委宣传部那些揭发张志新的无罪，都是在执行上级指示、中央精神、毛主席革命路线，那么到底谁有罪呢？对于体制所造成冤案和罪恶，是没有办法对谁起诉的，只能对具体的犯罪执行者起诉，正如二战之后对战犯的起诉一样。因此，对待周恩来的所作所为也应当是如此追究和审视。
为了证明自己对于文革是鼎力支持的，周恩来采取了“灭亲”（是否“大义”却难说清）的行动。包括其干女儿孙维世、亲弟弟周同宇等人被捕，都是周恩来亲手签署的逮捕令。其亲属是否真的有罪，则完全是不在周恩来所要考虑的。对于中央定性的坏人，周恩来也会将其置之死地。这本身就是中共党内斗争的逻辑，作为其中的一个螺丝钉，周恩来也必须这样做。
统战部副部长张执一在中直机关讨论《历史决议（草案）》时说：对周总理，我是衷心爱戴的，但也要实事求是，不能把他神化了。他也作了许多违心的事。总理最熟的钱瑛、荣高棠同志，钱的拘捕，总理批过，荣的叛徒帽子是周总理给戴的。人就是人，总是会犯错误的。王明当初要没有周恩来同志，王明上不了台。笔者认为，同样道理，没有周恩来，毛泽东能够为所欲为么？
例如周恩来是文革时期中央项目组的总负责，所有重要的大案、要案都归周恩来管，如刘少奇、罗瑞卿、贺龙，以及后来的林彪项目等。中央的要案均需周恩来的签字、批准，诸如关押、审查、外出提审、接受批判、生活起居、转移、看病、家属探视等，事无巨细，面面俱到。周恩来对文革中老干部的遭受迫害负有无可推卸的责任。
中共官方后来为此辩解道：1）周恩来签字不是周恩来个人能够决定的，甚至是违背他的本意的；2）周恩来不得不履行手续；3）更重要的是要看周保护了很多的干部。
但是经过具体研究周在项目组的行为后，笔者认为周所有的签字都不是被迫的。对于是否违背周恩来的本意，周恩来从来没有如此表示过。从一开始组织调查到最后结论的出炉，作为中央项目组的总负责，周恩来没有不得不履行的问题。相反，这些后来被认为受到迫害的人，在当时恰恰被定位为无产阶级司令部的敌人。作为无产阶级司令部对阶级敌人实行专政的具体执行人，周恩来恰恰是自觉履行其必要的职责的，是兢兢业业的。周恩来要执行而且要残酷地执行，没有违心不违心之说，只有执行了和还没执行之分。这也恰恰是中共官方所从不提及的事实。由此可以看出所谓的忍让、服从大局的说法是荒谬的。更何况是，周既然签了字就要负责。
在文革当中，作为毛的决策的最主要的执行人，周恩来带给全中国的灾难远远大于其行使的正常职能所带给国家的正面作用。这个已经由历史证明。那些以周是违心的，被迫的，本身就忽略了一个基本的逻辑：如果周是违心、被迫的，那么数十年下来，周恩来岂不可以称得上是历史上最大的伪君子。而这又是官方所不愿承认的。因此中共在维护周恩来的形像难免顾此失彼。
周恩来的特殊地位决定了其特殊性。例如很多人的定性都是周最早讲出去的。例如对王任重的定性。在我们采访过程中，有人表示当时只相信周讲的，周代表中央么，周讲了出来之后，我们的胳膊就轮的理直气壮了！
还有人为周恩来如此辩解道：周不签，还会有别人签，不会改变受害人被打倒的结果。这如同强盗头子逼你拿刀滥杀无辜，你不但去杀，而且还冠冕堂皇振振有辞：“我不去杀，还会有别人去杀，我不去杀，同样也不会改变受害人被杀死的结果。”这种逻辑是站不住脚的。
文革的最大帮凶就是周恩来。据笔者不完全统计，在文革当中，遭到周恩来点名迫害的人达到200多名以上。对比当时江青、康生的讲话，周恩来的点名远比这两人高的多！在中共高层会议上，周恩来更是对于中共高级将领的往事如数家珍，及时的插话。例如在八届十二中全会上，毛泽东问到：肖×还是打过仗的，国庆节上了天安门，这次没有去，他是什么问题？我也不清楚（周恩来插话说：他有段历史不清楚。他在潮安县一个村庄打了一仗，向敌人交了枪，还回家成了一个党。这次被造反派查出来了。）毛泽东又问到：×××呢？（周恩来回答到：大革命失败以后，他在梧州开书店被抓后，向敌人乞降，原判死刑，改为徒刑，他又乞降，放出来时他跪下说：“再不当共产党。”。经过调查，确有此事，需要审查，现在不能参加这个庄严的会了。）
何方先生在其《延安一路走来的反思中说》：“至于给我个人，九年干校可以说一无所得。人们会说，你总还是读了一些书吧。我却不以为然。如果不是在政治迫害和思想压力下，换一个真正的学习环境，我相信会读得更多更好。”同理，如果说周恩来还在毛泽东的授意下保护了一些人，为什么不说如果周恩来能够坚持“反冒进”时敢于对毛泽东说不的精神，那么许多人也就不可能遭受到迫害呢？更不用说，周恩来为了讨好毛，显示自己的“左”性，在外交部大抓特抓牛鬼蛇神、“五•一六”反革命分子了。对于周恩来的所作所为是应该批判还是存有感激之情，不是很显而易见的事情么？“没有周总理，文革的灾难性可能会更大，换做他人，没人做的比周更好来为周辩护。”则是不折不扣的歪理了。
周恩来要扮演很多不同的政治角色，但是首要的角色则是要无条件的忠实于毛个人，热衷于吹捧对毛的个人崇拜，千方百计维护毛泽东的个人权威，不折不扣的执行毛的所有指示，大大的扩大了文革的后果。“没有周恩来文革的灾难更大”则是地地道道的谎言了。
中共建政之后，一旦党内斗争开场，周恩来就决不含糊，立刻就认准了谁是未来的赢家，站在强者的一边，同时巧妙地和注定要倒霉的那一方疏远。事后，周恩来都要痛打落水狗，决不会“丧失立场”，充当毛的第三只手。1959年彭德怀一事就为一例，早期王明也为一例，后期“林彪事件”又为一例。随着越来越多的史实披露，周恩来参与迫害的事实即使现在官方也不得不含蓄的承认。虽然中共官方不得不用违心、不得不履行组织手续为其辩护，进而提出如果换做他人，只会比周更糟的谎言。除此之外，挺周派退而求次，提出周恩来从来没有主动的害过一个人。但是这也是一个经不起推敲的谎言。
文革伊始，周恩来还在国务院系统的国家对外文委、中国科学院和国家科委亲自抓了文革试点，把这些单位的负责人张彦、韩光和张劲夫统统打入“反党集团”。
自1967年夏季开始到1972开始收尾的清查“五•一六分子”运动，则是周恩来主动迫害人的一个铁证。全国因此受牵连的不下百万之巨。在清查“五•一六分子”运动中，手段之残酷，时间之漫长，涉及面之广，逼死逼疯逼残的人之多，为文革其它运动所未有。在这株连甚广、卑鄙残暴，不可宽恕的清查运动中，反对周恩来就是反革命，周恩来同其它无产阶级司令部的人更是密切、通力合作，充分展现了和江青等人作战在一个战壕的风采。同时，周恩来也借机在外交部等领域铲除异己，清洗对立面。文革结束后，此冤案因为周恩来的关系竟然没有被官方所正式平反过，虽然最后证实这是一场人为的打击实际上并不存在的“阶级敌人”的政治运动。
清查“五•一六分子”运动，缘起于1967年春夏之交的受到无政府主义和怀疑一切思潮影响的红卫兵炮打周恩来的行动。但是这些红卫兵组织在8月下旬基本上全部被镇压。由于周恩来失责，外交部发生了火烧英国代办处的事情。周恩来把外交部的失控归于“五•一六”反革命的破坏。抓“五•一六”则成了周恩来在外交部扫荡对立面稳定外交部的一个有效和有力的策略。从抓捕王力开始，到整肃陈家康，直至姚登山，周恩来在外交部掀起了腥风血雨。外交部三千个工作人员抓了一千七百个“五•一六”，更甚的是，在1972年二十人被周恩来亲自定为“五•一六反革命分子”，在全国是独此一家，别无分店。在全国清查“五•一六分子”中，“谁反总理，谁就是反革命”是重要的一个口号。
