春节即将到来，在傅家甸闯关东的人即将大规模返回山东。如果没有任何的控制措施，瘟疫，将可能会蔓延到整个中国。
38个小时后，伍连德终于收到了清政府的回信。出乎意料的是，朝廷决定免去梅斯尼参与鼠疫防疫的任务，由伍连德继续领导鼠疫防疫小组的工作。
身穿戎装的伍连德
次年1月4日，后援力量陆续赶到了哈尔滨。十多名医生相继加入了伍连德的队伍，他终于有了一支可以调动的防疫队伍。
信心大增的伍连德决心要找到鼠疫杆菌的源头，他想到了自己最开始解剖的那具女尸。那个女人和一个皮货商一起居住，而那个皮货商经营的是貂皮和旱獭皮。
难道是貂或者旱獭的皮毛上携带有鼠疫杆菌吗？伍连德开始了对皮毛的调查果然，在旱獭的皮毛里，他发现了鼠疫杆菌的存在。
原来，生活在高寒地区的俄国人喜爱貂皮大衣，可貂皮产量有限，有些猎人便开始捕捉草原旱獭仿制成貂皮大衣。巨大的利益刺激着捕猎者们，他们开始大肆的捕捉草原旱獭。
在当地，有经验的猎人自然不会去捕捉生病了的旱獭。可闯关东的新移民们没有这样的顾忌，他们大量捕杀巢穴里动弹不得的病疫旱獭，从而导致了病菌的传播。
正当大家因为找到了鼠疫传播源头而高兴的时候，一个意外的消息让他们的心情都低落到了谷底——梅斯尼由于接触了鼠疫患者而患病去世了。这个消息犹如重磅炸弹般投向哈尔滨，最有希望对抗鼠疫的专家死于鼠疫，这让人们感到更加的绝望。
人们将所有的希望都放在了伍连德的身上。与此同时，伍连德也得到了空前的支持。
他立即封锁了经过哈尔滨的日俄铁路，禁止铁路运营，还让俄国铁路局的最高指挥官为他调集了100节空车厢。这些小车厢通风好，易于消毒，很快成为了铁路线上的最佳隔离所。
关闭学校，撤空客栈，他将患者都隔离到这些已经没有人的地方。他要求医务人员必须带上口罩，避免飞沫传播，下班后要经过仔细消毒，以免携带鼠疫杆菌。
在伍连德的组织下，防疫人员挨家挨户检查疫情。一旦发现感染病例，立即将患者送到防疫医院进行隔离，并对其家人进行观察。
伍氏口罩
然而，即便伍连德采取了如此严格的防疫措施，这次的鼠疫却仍然疯狂肆虐，每天死于肺鼠疫的人数都在不断上升，近半数的防疫人员也死于鼠疫。
恐惧与绝望的情绪仍然笼罩在哈尔滨上空，伍连德知道，自己必须做点什么来安抚大家的情绪才行。
冬天的哈尔滨分外寒冷，土地硬得像石头，无法埋葬的病疫尸体排了一公里长，满满当当地堆在哈尔滨城北的坟场。任何途径这里的人，都会被眼前的景象惊呆。这里，更像是一个储存鼠疫杆菌的大冰柜。
无法土葬，或许火葬是一个可行的方法，伍连德想到这里，被自己惊出了一身冷汗。在思想还没有开化的时代，火葬，简直就是大逆不道。
可若是不处理这些尸体，将会是一个极大的隐患。此时的傅家甸，已经有四分之一的人死于肺鼠疫。除夕之夜，在伍连德提交请求火葬的要求3天后，他收到了清政府允许火葬的批文。1911年1月31日，被肺鼠疫夺去生命的人们被集体火葬，这是中国历史上第一次大集体火葬，大火烧了整整3天3夜。
火葬完成后，整个哈尔滨的患病人数急剧下降。时值春节，城市里充满了欢声笑语，肺鼠疫的阴影逐渐被驱散。完成了火葬的一个月后，哈尔滨防疫总部收到了最后一例死亡报告，伍连德也宣布解除对哈尔滨的封锁隔离。
至此，夺去东三省6万人生命的流行大鼠疫宣告结束。
