1910年的冬天，列强环视下的北京似乎特别寒冷。北京的外务府内，每天忙于周旋于列强之间的外务部右丞施肇基却突然收到了一个来自东北三省的消息：一种染之即死的怪病，迅速的蔓延了整个东三省，它就像是沙尘暴一般，扑向了北京。
10月25日，在中俄边境的一座不起眼的小城市里，有一家叫“魁升员”的客栈，两位从俄国回来中国矿工在这里投宿。这两位矿工突然发起了高烧，不停地咳出鲜红的血液，身上也出现了紫红色的斑点。当地的医生们对这种奇怪的病症都束手无策，很快，两位矿工就死去了。
然而，这不是结局，而是恐怖事情的开始。紧接着，客栈、酒吧里的服务人员也出现了相同的症状。短短几天后，千里之外的哈尔滨，也陆续有居民死于同样的神秘疾病。瘟疫，爆发了，如水泻地，似火燎原，从中俄边境，从哈尔滨，一路南下。长春，沈阳……瞬间就夺去了数百人的生命。恐惧，一下子深入到东三省每个人的心中。
而俄国、日本两国更是以清政府无力控制疫情为借口要求独立主持北满防疫。疫情越来越严重，列强更是对东三省的主权虎视眈眈。
要将主权拱手相让，清政府当然不愿意，可是如果不尽快控制住疫情，这场瘟疫就可能会要了大半国人的命。清政府迫切的需要一位能控制疫情的中国医官。
1911年12月，面对神秘的瘟疫，31岁的他欣然接受了清政府的邀请，出任中国医官。他是伍连德，一位出生于马来亚的中国医生。
当他风尘仆仆的赶到哈尔滨的时候，瘟疫已经在哈尔滨流行了一个多月。而在一个叫傅家甸的地方，聚集着闯关东来的两万多人。这里，也是瘟疫蔓延最严重的地方，每天都有十多个人因瘟疫而亡。
瘟疫中者必死，往往全家毙命，男女老少都难以幸免。马路上横七竖八地躺着冷冰冰的尸体，整个傅家甸，笼罩着浓浓的死亡气息。
在长期钻研细菌学研究的伍连德看来，要控制瘟疫，一定要先了解疾病的起因。多年的西方医学学习经历告诉他，解剖，是最快又最有效的了解疾病的方式。可那是1910年的清朝啊，解剖是一个完完全全的禁区。尽管每天有那么多人死去，却没有一具尸体可以让他解剖。
在他抵达哈尔滨的第3天，一位日本籍的女性因瘟疫而亡。伍连德避开所有人，悄悄的完成了他的第一次医学调查——解剖尸体。
他发现死者是由于肺部炎症窒息而亡，熟练的取下一部分病变组织后，他迅速的离开了解剖现场。这也是清朝时期民间的第一次尸体解剖。
显微镜下的鼠疫杆菌接下来便是严谨的求证过程，只有拿到了足够的证据，才能确定死因，才能控制瘟疫。在一台当时哈尔滨没有一个人见过的仪器——贝克显微镜的帮助下，他找到了瘟疫的元凶——鼠疫杆菌。
那时候的人们普遍认为鼠疫的流行与老鼠身上携带的跳蚤有关，当瘟疫的元凶是鼠疫杆菌的发现流传开来，大规模的捕鼠运动也轰轰烈烈地拉开了序幕。
可让大家目瞪口呆的是，捕鼠运动并没有阻止瘟疫的蔓延。东三省的老鼠被大量的捕杀，可因瘟疫而死亡的人数不降反升，甚至达到了每天死亡50人的高峰。经过检验，伍连德甚至没有发现任何一例携带了鼠疫杆菌的老鼠样本。
没有特效药，鼠疫几乎染之必死。眼看着中国就要沦陷在鼠疫中，变成第二个中世纪的欧洲。
东北鼠疫6个月内的死亡人数统计图表
敏锐的伍连德却发现，东三省的这次鼠疫流行似乎与以往的不太一样。病人表现出来的症状和之前感染了鼠疫的人不同，而且死亡速度更快。既然老鼠已经被排除了嫌疑，那究竟是什么引起了这次的瘟疫呢？
突然，一个细节让伍连德有了一个大胆至极的想法。流行于傅家甸的鼠疫有一个共同的特点：所有的死者都曾处于密封的房屋之内，而且是一家一家的集体死亡，死因也都是肺部感染引起的窒息。那么，空气传播，会不会是鼠疫杆菌新的传播方式呢？
医生团队正在解剖死者伍连德立即起草了一份电报稿，他将这次在东三省流行的鼠疫称为“肺鼠疫”，认为是通过飞沫传播的。他建议清政府立即停止对老鼠的捕杀，并且彻底封锁哈尔滨，切断鼠疫的流通道路。
这时候，深受清政府信赖的北洋医学堂首席教授——法国人梅斯尼，也来到了傅家甸调查鼠疫。梅斯尼对于伍连德关于肺鼠疫与飞沫传染的说法嗤之以鼻。
梅斯尼甚至要求伍连德退出这次的防疫工作，由自己来领导。两个人谁也没办法说服对方，最终不欢而散。
为了能让清政府尽快的采取封锁措施，伍连德连夜给清政府写了一封请辞电文，他说，只要清政府同意封锁哈尔滨，那么他愿意让梅斯尼来负责这一次的防疫工作。
可封锁哈尔滨后，疫情并没有如他所愿的安定下来。就在他等待清政府回音的这一天，疫情开始全面爆发。哈尔滨每天的死亡人数急速攀升，甚至天津、北京都开始出现零星的鼠疫病例。
