台湾国防部为了国防部大楼设电磁脉冲防护一事遭监院纠正。（粤语组制图）
在台湾，国防部是最早就进行电磁脉冲防护的政府单位，还曾规划投入2.6亿元（新台币，下同），为国防部大楼设置电磁脉冲防护设施，但相关项目半途而废，因此遭到监察院的纠正，批评相关计划制定过程有问题，严重浪费公帑。
根据监察院纠正案文指出，国防部早在2002年4月就提出电磁脉冲防护设计，并在2005年核定由中科院执行这项「电磁脉冲防护屏蔽隔离系统需求计划（电磁脉冲防护案）」，建构高空核爆电磁脉冲（HEMP）屏蔽防护室，计划经费合计2亿6654万馀元。
但根据监察院纠正案文指出，国防部后来以项目的总预算将超出行政院核定总经费为由，于2006年10月正式令颁停止。不过，军方又在2012年核定「电磁脉冲防护设施的补强计划」，并再投入约5千万元补充经费，文件直指相关项目的决策过程「凸显军方决策反覆所造成的矛盾及浪费」。
台湾行政院国土安全办公室曾要求各单位强化电磁脉冲防护能力，并且纳入国家安全演练项目，政府各机关应将电磁脉冲防护设施纳入规划，一旦遭到电磁脉冲攻击时，就可在最短时间内恢功能。
