李锐撰写了《论三峡工程》一书，阐述了他对三峡工程的意见。此时的李锐与1958年的李锐已经有了很大的不同，他更多的是从决策民主化与科学化上去分析三峡工程“像三峡这样关系国计民生的巨型工程，不是哪个部门或地区的事，是全国人民的事；不是我们这一代人的事，而是关系子孙万代的事。这样的大事本来是应该集思广益的，可是过去年代，主观自是，专断成风，巧言偏信，好大喜功，怎么能够谈得上决策民主化和科学化呢？”。但是李锐在偌大的北京找不到敢出该书的出版社，只好回到他曾经担任省委宣传部长的湖南省，让湖南省科技出版社公开发行。之后李鹏把李锐出书一事告到了总书记胡耀邦那里，因为李鹏担任三峡工程筹备小组负责人时搞了一个规定，不许公开讨论三峡工程问题。没有办法，胡耀邦只好给他的副手、他的好朋友李锐以党纪处分。不久胡耀邦因反对资本主义自由化不力而下台，闲赋在家。李锐去看望胡耀邦，并赠送《论三峡工程》一书。胡耀邦读完该书后，以一首诗回赠李锐。
戏题李锐同志不赞同修三峡水库论著
妾本禹王女，含怨侍楚王。泪是巫山雨，愁比江水长。愁应随波去，泪须飘远洋。乞君莫作断流想，流断永使妾哀伤。
胡耀邦的这首诗写得很有感情，与他之前在会议上批评李锐不服从纪律、不准李锐发表反对三峡工程的文章相比，完全不同。也许此时的胡耀邦有充足的时间细读李锐的文章，得以从另一角度认识三峡工程。诗中，胡耀邦对李锐的意见不能被听取，表示同情，也有对自己过去的做法表示歉意。请注意诗的最后一句“乞君莫作断流想，流断永使妾哀伤。”让长江永远流淌，是三峡工程反对派的愿望，也是他们的诉求。
之后，李锐将此诗略做修改后，发表在《新观察》一九八九年第八期，纪念英年去世的胡耀邦：
妾本巫王女，含怨侍楚王。泪滴三春雨，愁染六月霜。泪愁应随东逝水，乘风直下太平洋。乞君莫作断流计，天地灵药八千方。石壁立，平湖望，流断永使妾哀伤。
李锐在修改后的诗句中，对三峡大坝的建造（石壁立）、对三峡水库的出现（平湖望）、对三峡工程改变长江自然水流的批判就更加强烈。
七、李锐和林一山都没有参加三峡工程可行性论证
1986年中国中央和国务院决定展开三峡工程可行性论证工作，由水利部部长钱正英主持领导这项工作。钱正英没有邀请李锐参加三峡工程可行性论证，理由是她也没有邀请林一山参加，似乎是一碗水端平。其实参加三峡工程可行性论证的很多人都是来自长江水利委员会，都是林一山手下的兵，林一山的原秘书魏廷铮、林一山手下的工程师徐乾清甚至是三峡工程可行性论证领导小组成员。
在那个时候，三峡工程反对派并不处于劣势，因为赵紫阳并不支持建设三峡工程，但他也不表态反对建设三峡工程，赵紫阳的策略就是拖。国家计委经济研究所副所长、习仲勋原秘书田方和研究员林发棠就编辑整理出版了两大本反对派意见的书，《论三峡工程的宏观决策》和《再论三峡工程的宏观决策》。后来他们又补充了《三论三峡工程的宏观决策》和《三论三峡工程的宏观决策（续）》两本。
1988年底三峡工程可行性论证进入结尾阶段，三峡工程反对派认为他们的意见在工程可行性论证中未得到应有的重视。著名记者戴晴将反对派的意见汇编成《长江，长江》一书，于1989年3月在北京公开发行，里面包括了戴晴对李锐的采访。李锐指出：“自古以来，（长江）北有云梦泽，南有洞庭湖，荆江两侧有九穴十八口天然滞洪泄洪，因此，唐宋以前无大水患。后来到了明朝，湖北人张居正作了宰相，为了保北舍南，北岸仅有的郝穴口被堵塞，从此荆江大堤连成整片，荆北不再进洪。1870年，上游发生了千年一遇的特大洪水，因为荆江南堤比北堤低，洪水于是首先冲开松滋口”，造成重大洪水灾难，这是长江洪水灾害的起因。五十年代林一山提出的三峡工程蓄水位海拔235米，防洪库容1000亿立方米。而现在规划的三峡工程蓄水位海拔175米，比原来低60米，现在的防洪库容只有221.5亿立方米，不到过去的四分之一，所以论证报告提出的三峡工程的防洪效益是夸大的。
六四天安门事件发生后，戴晴被当作六四事件的幕后黑手被抓入秦城监狱，戴晴主编的《长江，长江》一书被下架、焚毁，《长江，长江》一书中的被采访者均被牵连，无法公开发表对三峡工程的意见。
1992年元旦，李锐再次向党中央上书，建议推迟兴建三峡工程的时间。这是李锐在全国人大审查国务院提出的兴建三峡工程议案前的最后一次努力，这时的李锐已经不再有受纪律处分的顾虑。
八、林一山的叹息：三峡工程是用做西装的料做了一件马甲
1992年4月3日下午全国人民代表大会通过了建设三峡工程的决议，参加投票的人大代表一共2633人，投赞成票的1767人，占67%，刚好超过三分之二，投反对票、弃权票和未按表决按钮的共866人，占33%。这个结果将载入全国人民代表大会的史册。这是全国人民代表大会投票表决中投不赞成票最多的一次，可谓前无古人，后无来者。任何一个懂得中国历史的人都知道，这个结果真正的内涵是什么。那些投弃权票和反对票，甚至拒绝按表决钮的人大代表，他们需要多么大的勇气。也可以看到，三峡工程是多么不得人心。
根据李鹏三峡日记，为了保证全国人民代表大会能够通过三峡工程的决议，江泽民亲自到两会党员领导会议上就三峡工程去做动员，用党的纪律要求党员代表投支持票。投赞成票占三分之二强，这与全国人民代表中的中共党员代表比例十分接近。
林一山在得知全国人民代表大会通过三峡工程决议后，十分激动。同时他表示，现在的三峡工程（蓄水位海拔175米），是用做西装的料做了一件马甲。他坚信，三峡工程大坝的高程一定还会加高，三峡水库的蓄水位也一定也会加高。他说，萧规曹随嘛。这次林一山说的是真话，因为三峡工程的许多效益都是夸大的，特别是防洪功能。林一山最早提出的三峡工程蓄水位海拔235米，防洪库容1000亿立方米，比现在的三峡工程高出60米，防洪库容大778.5亿立方米。
九、三峡工程的防洪效益是将长江中下游、特别是荆江堤防的防洪能力从百年一遇提高到百年一遇
1994年12月14日三峡工程正式开工。1996年4月李锐再次向中央上书，要求将已经开工的三峡工程停下来。李锐将意见寄给了朱镕基，希望朱镕基在看完之后，如果同意李锐的意见，再转给其他常委。之后，朱镕基给李锐打电话，说已经转给江泽民看了，江泽民要李锐顾全大局，以后不要再提反对意见。李鹏在三峡日记中记载：4月14日，朱镕基对我说，李锐给他打电话，要求中央停建三峡工程。他已经报告江泽民同志，并对李锐做了工作，劝他不要搞串联。4月15日，昨天，江泽民同志在电话里向我谈了几点：李锐上书要求停建三峡工程已被制止，要他从大局出发。
李锐对于党中央领导的态度十分失望。他把1985年发表的《论三峡工程》一书拿出来重新修改，并增加了二十多篇文章，准备重新发表，告知天下。可惜，北京乃至中国大陆没有一家出版社敢出版李锐的新版《论三峡工程》。后来一家香港出版社予以出版。李锐在序言中写道：“出版此书始终有两个目的：一是便于世人了解有关三峡争论的历史过程。二是希望有助于国家重大决策的科学化和民主化。至于三峡工程本身，几十年来尤其直到上马之势已定后，我要说的话都已经反复说过，说够了，区区寸心，天人共鉴。我已经尽了自己的历史责任，或者聊以自慰：‘我已经说了，我已经拯救了自己的灵魂。’”
1997年11月8日，三峡工程大江截流，江泽民、李鹏率领中央、地方领导到现场祝贺。这是三峡工程最辉煌的时刻。从那之后，三峡工程开始走下坡路。1998年长江发生洪水。三峡工程反对派的陆钦侃先生指出，1998年长江洪水灾害的主要原因是中央政府忽略了长江大堤的加高加固工作，而只是迷信三峡工程的所谓防洪效益。朱镕基接受了陆钦侃先生的意见，从1999年起从国债中拿出大量资金，投资长江大堤的加高加固工程。而三峡工程可行性论证的结论是：要达到能抵御1954年大洪水的水平，荆江大堤须普遍加高2至3.5米，不仅工程上难实现、而且经济上不合理。其实三峡工程的所谓221.5亿立方米的防洪库容，只相当于长江中下游地区在一个2万平方公里的区域内蓄水1.11米的洪水。正如赵紫阳在1986年5月考察三峡地区所指出的，如果在长江中下游的分洪区、滞洪区、百年一遇洪水的淹没区修建多层楼房，让一楼作为洪水时可以淹没的楼层，并让居民备有船只作为交通工具，就可以解决防洪问题。正如李锐所总结的：长江本无事，庸人自扰之。
有人把中共官方媒体列年来关于三峡工程的防洪效益的报道摆在一起：
2003年6月1日，《三峡大坝固若金汤，可以抵挡万年一遇洪水》；
2007年5月8日，《三峡大坝今年起可防千年一遇洪水》；
2008年10月21日，《三峡大坝可抵御百年一遇特大洪水》；
2010年7月20日，《长江水利委：不能把希望都寄托在三峡大坝上》。
随着时间的推移，随着三峡工程的进展，官方媒体报道的三峡工程的防洪效益越来越小。后来有专家出来解释说，说这是读者对三峡工程的防洪能力的误读，而不是官方媒体的误导。三峡工程的真正防洪效益是：将长江中下游、特别是荆江堤防的防洪能力从十年一遇提高到百年一遇。这是三峡工程防洪效益的正式定义。
告诉李锐先生一个好消息，从1999年起，中央政府投资对三峡工程可行性论证认为不可能加高加固的荆江堤防以及长江干流中下游堤防进行加高加固，到2016年3月荆江堤防已经普遍加高了1.5至2米，加宽了3至5米，土石方量若筑成1米见方的土墙，可绕地球4圈，荆江防洪能力已经提高到百年一遇！现在对三峡工程的防洪效益的准确表述应该为：三峡工程的真正防洪效益是将长江中下游、特别是荆江堤防的防洪能力从百年一遇提高到百年一遇，而不是从十年一遇提高到百年一遇。
十、同路异归
李锐成为毛泽东秘书不久，就在庐山会议上支持彭德怀，走到了毛泽东的对立面，而且他对毛泽东和中国共产党的认识越来越深刻。不久前，李锐对家人表示，死后不开追悼会，不覆盖党旗，不进八宝山，其决裂的决心清晰地展示在公众面前。林一山在1970年也曾经一度反对毛泽东，反对毛泽东的三三零工程，但是他还是回到毛泽东的旗帜下，在捧高毛泽东的同时，也捧高他自己。2007年12月30日，林一山病逝。家中设灵堂追思，灵堂中间挂的是1952年毛泽东召见林一山时的照片。2008年1月7日，中国共产党的优秀党员，久经考验的忠诚的共产主义战士，水利部原顾问林一山同志（部长级待遇）遗体送别仪式在北京八宝山殡仪馆举行。悼念林一山的挽联为：
一山独秀林不老；
大江浩荡水长流。
不知道是哪位秀才写的挽联，建三峡大坝是为了卡住长江洪水。有了三峡大坝，长江还能浩荡？长江水还能常流？
作为对比，在此再录李锐修改过的胡耀邦的诗：
长江水长流，妾本巫王女，含怨侍楚王。泪滴三春雨，愁染六月霜。泪愁应随东逝水，乘风直下太平洋。乞君莫作断流计，天地灵药八千方。石壁立，平湖望，流断永使妾哀伤。
如果大江浩荡水长流，李锐还会哀伤吗？如果大江浩荡水长流，林一山和李锐还有这一生的争论吗？
死者为大。这位秀才本不应该这样来对待林一山，因为“大江浩荡水长流”这一句诗，将将林一山贬入了地狱。而参加林一山追悼会的人，其中多有共产党的高级领导和院士专家，却无一人看出其中奥妙，真是可悲可悲。
