杭州艺专教师郊游合影，林风眠夫妇与女儿（前排左一至左三）、潘天寿（前排左四）
怕连累他人亲手毁画
1966年，文化大革命开始了！紧接着，林风眠20多年的挚交傅雷夫妇在家中双双自尽。得到消息后，林风眠不敢相信，派学生去傅家证实。林风眠预感自己在劫难逃，他决定毁掉自己几十年来所有的画，以绝后患。
这是中国美术史上多么讽刺而残酷的一幕：画家关紧门窗，烧画的烟把他的脸熏得乌黑。他怕烟囱冒烟被人发现，又改了办法，把画撕碎，泡成纸浆，然后从马桶冲下去。据义女冯叶回忆，林风眠的脸坚毅决绝，一反平时的和蔼可亲，帮他毁画的学生舍不得撕碎其中几幅精品，林风眠毫不犹豫地说：“我不要连累任何人，我不要留下任何一张可以作为证据的作品，我要亲手毁了它，我还会再画……”
拒不“认罪”监狱惨遭酷刑
画还没毁完，抄家的红卫兵就到了，橱柜都被贴上封条，林风眠和上海其他知名画家都被送到上海美术馆进行政治学习，接受审查。1968年，刚刚从美术馆放回家住了几天的林风眠被公安人员带走。直到预审，他才知道自己的罪名是“特务”。其实，林风眠并没有什么政治问题，而是他的一个学生是当时的某部副部长，解放前被追捕，曾经在他家呆过3天。文革时，说这个人是变节分子，就让林风眠交待问题，他于是就被关起来了。
由于拒不承认“罪行”，他的双手被反铐起来，手腕肿得厉害，手铐都嵌进了肉里。吃饭时也不给解铐，他把嘴凑到饭盆边吃以求生存。他的许多朋友都自杀了。他说，“我绝不自杀。我要理直气壮地活下去。”
是当年他力保的叛逆学生赵无极救了他
1972年底，在周恩来干预下，林风眠被释放，他不敢再画画，带着一身伤病，艰难生活。有一天，他忽然接到通知，说有外宾要接见他。匆匆赶去，外宾竟是三十余年未见面的学生赵无极。当年赵无极就读杭州艺专，生性叛逆，特别不喜欢必修的国画课，从教室窗子跳出去逃课。在国画期终考试的试卷上，他涂了一个大墨团，落款“赵无极画石”，惹得国画教授潘天寿大发雷霆判他零分，他险些被强迫退学。
林风眠爱惜赵无极的天赋，坚决把他保了下来，在他毕业后还让他留校当助教。后来赵无极赴法国留学并定居，竟然成了“外宾”。众目睽睽之下，赵无极疾步奔到恩师面前，长跪不起，林风眠老泪纵横，俯下身来，师生抱头痛哭。事后，林风眠对人说，这是赵无极要救他呢，“外宾”如此重视他，造反派也不敢再把他怎么样。
他凭记忆想画出文革被毁掉的那些画
“文革”结束后，林风眠在叶剑英帮助下被批准出国探亲。他被允许带走34幅旧作，换得一张从香港到巴西的单程机票的外汇，转机四次，飞行40多个小时，到巴西看望分别22年的妻子女儿。临行前，他把带不走的画全部赠予朋友。好友巴金收到的是一幅《鹭鸶图》，这幅画至今挂在上海武康路113号巴金故居的客厅中。学生吴冠中收到的是芦塘和归雁，吴冠中想到先生此去孤雁离群，不禁潸然泪下。
晚年林风眠客居香港，深居简出，凭记忆重画在“文革”中毁掉的作品，几乎一直画到生命的终点。他一生颠沛流离，没有时间整理画册，更谈不上出版全集，以至今天市场上林风眠画作赝品不计其数。林风眠虽与徐悲鸿、刘海粟齐名，他的作品却因真伪难辨价格远远落后。
黄永玉眼中的林风眠
1991年7月，心脏病突发住在医院里的林风眠，应傅聪之约，题写了“傅雷纪念音乐会”几个字，落款林风眠。这是他对老朋友最后的交代，也是他留给人世的绝笔。
黄永玉在《比我老的老头》一书中，这样写到林风眠的去世：
九十二岁的八月十二上午十时，林风眠来到天堂门口。
“干什么的？身上多是鞭痕？”上帝问他。
“画家！”林风眠回答。
