1．法隆寺地区的佛教古迹（奈良县）（1993）
法隆寺是圣德太子于飞鸟时代建造的木造寺庙，现在是日本佛教圣德宗的本山，是深受中国影响的木造建筑群，其建筑样式是所谓“飞鸟样式”的代表。此外，圣德太子也在这一地区兴建了许多寺庙。这些木造建筑物记录了日本接受佛教的历史，以及佛教由中国传入的过程。
2．姫路城（兵库县）（1993）
因为姬路城的外墙为白色，因此也被称为白鹭城。作为日本最具象征意义，且保留度最为完整的城堡，姬路城既是日本政府指定的国宝及国家特别史迹，也是日本首批世界文化遗产之一，在日本100名城的评选之中，连续几年都是居于首位，非常具有观赏和研究的价值。
3．屋久岛（鹿儿岛县）（1993）
绳文杉是日本屋久岛上的神木，是1966年由屋久町观光课课长岩川贞次发现并介绍给日本大众的，当时本来要命名为大岩杉，后来经过学者鉴定年龄在7000年以上，为日本绳文时代时期，因此定名为绳文杉。
4．白神山地（青森县、秋田县）（1993）
白神山地的世界遗产区域包括中央核心区域以及周边缓冲地域，这些地域在世界遗产登录时未经人类破坏，保持了原生态的环境。因此这些地域在遗产登录以前既有的登山道以外再没有其他道路，今后也不会铺设。如果想深入白神山地腹地的话，必须事先提出申请。
5．古都京都遗址（京都府、滋贺县）（1994）
公元794年，日本皇室下诏迁都平安京。平安京就位于现在的京都市，是一座模仿中国洛阳兴建的都市。平安京在8世纪至19世纪中叶是日本的政治、文化中枢。众多建筑物，诸如神社、寺院，都见证了日本文化在这一段期间的飞速发展，也是研究那一时期历史的最好教材，因此被登录为世界遗产。
6．白川乡和五个山的合掌结构村落（岐阜县、富山县）（1995）
合掌造是日本一种特殊的民宅形式，是以茅草覆盖屋顶，呈人字型的屋顶如同双手合十一般，因而得名。合掌造通常为木造建筑物，在兴建的过程中完全不用钉子，但仍然十分牢固。合掌造的屋顶十分陡峭，这样设计的目的是为了使积雪容易滑落不会堆积，以避免冬季的大雪将屋顶压垮。
7．原爆圆顶馆（广岛县）（1996）
这是一座建筑物遗址，位于日本广岛县广岛市市中心、元安川河畔。1945年8月6日，美军以原子弹轰炸广岛，爆炸中心附近的建筑物几乎全数被夷为平地，因为这座建筑刚好位于爆炸点的正下方，没有受到爆炸时产生的冲击波的影响，因此屹立至今没有倾倒，成为了战争的见证，随时提醒世人要不忘和平。
8．严岛神社（广岛县）（1996）
严岛的神社创建于约公元593年，拥有约一千四百年的历史，为日本国内其他五百余座严岛神社的总本社。神社前方立于海中的大型鸟居是被誉为“日本三景”之一，是神社境内最知名的地标。
9．古都奈良的历史遗迹（奈良县）（1998）
在公元710年~794年之间奈良曾是日本的首都，日本在这一时期与中国唐朝的交流促使了日本文化的形成与发展。在迁都至平安京（今京都市）之后，也继续以宗教中心的角色保持着繁荣。这段期间在奈良建造的诸多神社、寺院以及皇宫等建筑物见证了日本文化在奈良时期的发展。
10．日光的神殿与庙宇（栃木县）（1999）
1616年，德川家康的灵庙，即日光东照宫开始兴建。此后，日光一地就成为德川家族及幕府的圣地。1636年，东照宫进行了大规模的翻修，形成了现在的规模，接着还兴建了德川幕府第三代将军，也就是德川家光的灵庙，即现在的大猷院。
11．琉球王国的城堡以及相关遗产群（冲绳县）（2000）
从公元2世纪开始，琉球地区出现了国家，史称三山时代，到15世纪被统一为琉球王国。琉球国的文化，融合了这段时期的当地文化和日本、中国等地区的文化，形成了特殊的文化风貌。其中，最具有代表性的就是琉球式城堡。2019年10月，首里城突发火灾，正殿、北殿和南殿被全部烧毁。2020年3月，日本政府确定首里城重建计划，将于2022开工，争取于2026年完工。
12．纪伊山地的灵场和参拜道（三重县、奈良县、和歌山县）（2004）
这一地区世界遗产的主体是高野山、吉野山及金峰山三个灵场。自古以来，这三座山就是山岳信仰的圣地。平安时代，真言宗的创立者空海大师跟随遣唐使到中国学习佛法，学成归国后在此创教建寺，也就是现在著名的金刚峰寺。
13．知床（北海道）（2005）
知床半岛是日本北海道东北部的半岛，突出于鄂霍次克海，于1964年成为知床国立公园。2005年7月，作为“位于北半球，是能够看见浮冰的最南地区之一”正式被登录为世界自然遗产。
14．石见银山遗迹与其文化景观（岛根县）（2007）
石见银山的矿脉位于石见国东部，相当于今天的岛根县大田市大森地区中央的位置，因此又被称为大森银山。早期的开采区是仙山山顶周围的银矿石，在开发期间陆续发现黄铜矿、黄铁矿、铅矿等矿脉。
15．小笠原群岛（东京都）（2011）
虽距离东京1000公里，但行政区划上还是属于东京。其中著名的有父岛、母岛和硫磺岛等等。
16．平泉—象征着佛教净土的建筑庭院及考古学遗迹群（岩手县）（2011）
平泉，象征着佛教净土的庙宇、园林与考古遗址，是日本岩手县平泉町存在的一系列寺院的总称。按照8世纪传到日本的净土宗的宇宙观建造而成。其中中尊寺金色堂最为有名，还有毛越寺等其他建筑群也是非常值得一看的地方。
17．富士山—信仰的对象与艺术的源泉（静冈县、山梨县）（2013）
富士山可以说是日本的象征之一了，也是日本最高的山峰、横跨静冈县和山梨县的活火山，日本三名山之一，其名称来自于竹取物语，被日本人视为圣山。由于富士山本身的魅力和在日本的地位，成功于2013年正式获选列入世界文化遗产。
18．富冈制丝厂和丝绸产业遗产群（群马县）（2014）
富冈制丝厂建于1872年，是明治维新后第一个由日本政府官方出资建造的，由法国人参与设计与管理的现代制丝厂。富冈制丝厂与周边的田岛家、高山社、荒船风穴合作，在群马县培育良种蚕、并且逐步扩大生产规模，改进生产技术，成功使日本制丝水平跻身为世界一流。
19．明治工业革命遗迹：钢铁、造船和煤矿（岩手县、静冈县、山口县、福冈县、熊本县、佐贺县、长崎县、鹿儿岛县）（2015）
明治工业革命遗迹分布在8个县中的11个市。时间跨度大致为1850年至1910年，涉及钢铁冶炼、造船、煤炭等行业，主要包括：桥野铁矿、韭山反射炉、萩反射炉、惠美须鼻造船厂遗址、大板山炼钢遗址、松下村塾、萩城城下町、八幡制铁所、远贺川水源地泵房、三池煤矿·三池港、三角港、三重津海军所遗迹、小菅修船厂遗址、三菱长崎造船厂（第三船渠、大型塔吊、旧模型室、占胜阁）、端岛煤矿、高岛煤矿、哥拉巴园、旧集成馆、寺山炭窑遗址、关吉水渠。
20．国立西洋美术馆本馆（东京都）（2016）
列入为世界遗产“勒·柯布西耶的建筑作品，对现代运动的杰出贡献”的7个国家17件作品之一。
21．“神宿之岛”宗像·冲之岛及相关遗产群（福冈县）（2017）
冲之岛距离九州本岛约60公里，全岛都是福冈神道教神社宗像大社的领地，山腹有宗像大社的冲津宫，人们在这里祈求海上航行平安。该岛面积仅0.97平方公里，平时是一座无人岛，只有常驻冲津宫的神职人员，这是已经延续了百年的传统。冲之岛最大的特点就是禁止女性登岛，男性只有每年的5月27日才能登岛，并且仅限200人，登岛前必须全裸入海洁净身体。
22．长崎与天草地方的潜伏基督徒相关遗产（长崎县、熊本县）（2018）
这一部分世界遗产由天草市内岛原之乱的舞台、长崎县南岛原市的原城遗迹，以及信仰集中的平户圣地与村落等的12项文化资产区块构成。江户幕府禁止信仰基督教的17世纪至19世纪，基督教在长崎县、熊本县天草地区与传统宗教及社会共存的同时，暗中持续守护信仰的基督徒孕育出了独特文化传统，可以说这一地区记录了日本基督教的历史。
23．百舌鸟・古市古坟群—古代日本的坟墓群—（大阪府）（2019）
百舌鸟及古市古坟群分布在大阪府南部，是指在古坟时代的最盛期（4世纪下半叶至5世纪下半叶）建造的古坟群。由呈世界上独一无二的锁孔形的前方后圆坟以及诸多坟墓密集而成。最著名是位于堺市的仁德天皇陵古坟，坟丘长约486米，是日本最大的前方后圆坟。
（注1）图中蓝色是文化遗产，粉红色是自然遗产。
（注2）"19明治工业革命遗迹：钢铁、造船和煤矿"相关遗迹分布在岩手县、静冈县、山口县、福冈县、熊本县、佐贺县、长崎县和鹿儿岛县。
1．法隆寺地区的佛教古迹（奈良县）（1993）
2．姫路城（兵库县）（1993）
3．屋久岛（鹿儿岛县）（1993）
4．白神山地（青森县、秋田县）（1993）
5．古都京都遗址（京都府、滋贺县）（1994）
6．白川乡和五个山的合掌结构村落（岐阜县、富山县）（1995）
7．原爆圆顶馆（广岛县）（1996）
8．严岛神社（广岛县）（1996）
9．古都奈良的历史遗迹（奈良县）（1998）
10．日光的神殿与庙宇（栃木县）（1999）
11．琉球王国的城堡以及相关遗产群（冲绳县）（2000）
12．纪伊山地的灵场和参拜道（三重县、奈良县、和歌山县）（2004）
13．知床（北海道）（2005）
14．石见银山遗迹与其文化景观（岛根县）（2007）
15．小笠原群岛（东京都）（2011）
16．平泉—象征着佛教净土的建筑庭院及考古学遗迹群（岩手县）（2011）
17．富士山—信仰的对象与艺术的源泉（静冈县、山梨县）（2013）
18．富冈制丝厂和丝绸产业遗产群（群马县）（2014）
19．明治工业革命遗迹：钢铁、造船和煤矿（岩手县、静冈县、山口县、福冈县、熊本县、佐贺县、长崎县、鹿儿岛县）（2015）
20．国立西洋美术馆本馆（东京都）（2016）
21．“神宿之岛”宗像·冲之岛及相关遗产群（福冈县）（2017）
22．长崎与天草地方的潜伏基督徒相关遗产（长崎县、熊本县）（2018）
23．百舌鸟・古市古坟群—古代日本的坟墓群—（大阪府）（2019）
