台湾陆委会主委邱太三23日对两岸协商提出一个说法，如果“维护中华民国主权”不算台独的话，是跟大陆谈判时一个比较好的基本条件。24日他进一步说明，他的主张跟蓝营不太一样，两岸应该“互相承认主权”。
邱太三24日在立法院上台备询前，向媒体进一步解释他前一天说“维护中华民国主权”的相关谈话指出，他的主张跟马前总统不太一样，他说，国民党在大陆应该要大胆坚持中华民国的主权，而不是互不承认主权。邱太三说，“过去马前总统的说法是‘互不承认主权、互不否认治权’这已经不足，应该‘互相承认主权’。”
针对邱太三的说法，大陆国台办发言人朱凤莲24日回应说，陆委会负责人的言论继续混淆是非、颠倒黑白，夹带“两国论”私货，进一步暴露民进党当局推卸“破坏台海和平稳定”的责任，持续谋独挑衅的本性。
她还说，民进党至今顽固坚持台独分裂立场，把海峡两岸由于内战延续的政治对立特殊状态，歪曲为“两国论”和“一边一国”。“无论变换何种说词，要害都是图谋否定两岸同属一个中国事实，破坏中国主权和领土完整”。
她强调，只有承认“九二共识”，认同两岸同属一中，两岸关系才能回到和平发展的正确轨道上，舍此别无他途。
国民党则表示，关于国家领土主权涵盖的范围、两岸的现状，以及未来努力的方向，中华民国宪法及增修条文早有明定，并以此为基础制定“台湾地区与大陆地区人民关系条例”来规范两岸事务。
国民党说，邱太三的主张，事实上已经违宪违法，同时也冲击两岸的政治默契和沟通基础，反而让恢复交流协商，变得更加困难。
国民党呼吁陆委会，如果真想改善两岸关系，拥护现有的宪政体制和规定，回归既有的两岸对话基础，尽可能的维护两岸关系和平稳定，才是改善两岸关系最务实、最有可能的一条路。
马英九基金会执行长萧旭岑表示，按照邱太三的讲法，两岸条例与陆委会都不应该存在了。如果相互承认主权，就只剩外交部，没有陆委会，邱太三是不是要修宪把自己废掉呢？他建议邱太三多读中华民国宪法与两岸人民关系条例，会有比较正确的发言。
