东航云南更名与持股比例变更后，该公司内部管理的问题并未获妥善解决。东航并未对2008年返航事件做更进一步说明，仅对涉事人员进行惩罚，飞行员因补缴个人所得税而触发罢飞、返航的消息也被掩盖，官方媒体对东航的劳资纠纷几乎避而不谈。
据官媒《人民网》报导，云南机场赴市区的计程车司机曾与记者侃侃而谈：“云南这个地方旅游很发达，听说云南分公司对东航的利润贡献最大，但云南分公司的员工工资比其它分公司要低，出现不满情绪很正常。应该说东航的管理有问题。”东航管理混乱和压榨公司内部底层人员，飞行机组人员对公司管理层存在普遍不满情绪已成为当地人的谈资。
2010年，云南省政府取得35%的股份后，“东航云南”也未与“东航”平起平坐，云南地方政府并不具有东航云南的决策权，或分得对等利益。东航利用上市资本收购云南航空后，获取其在大陆西南航线的优势，但显然未承当应负的责任和解决问题。
当时东航现有的国际航线并不能完全适应云南省“招商引资”和“内引外联”政策的需求，因参与中国－东盟自由贸易区（CAFTA）、大湄公河次区域经济合作（GMS），以及孟中印缅区域合作组织建设，云南省对外交往的需求越来越频繁，云南省市领导曾多次召开专题会议讨论开通新国际航班的可行性，希望获取东航支持，但效果不彰。
对于东航而言，东航云南就像是个烫手的金鸡蛋，尽管获利丰富，但却问题不断，包头空难和331返航事件，造成东航整体品牌受创。
“东航云南”与“东航”长期的纷争原因之一是云南省政府与“东航”的利益冲突，但真正受影响的是所有搭乘飞机的旅客，因东航云南与东航长年累积的问题，严重影响了飞行团队的稳定性，331东航返航事件是一极为显着的例子。
