1937年，抗战爆发，钱穆随学校迁移川、滇。当时考虑，待稳定后，让妻子张一贯带子女前来团聚。但战火蔓延，千里路险，一个女人带4个孩子，从北平跋山涉水前往四川委实艰难，张一贯只好带着孩子回了苏州娘家。
抗战胜利后，51岁的钱穆回到无锡老家居住，在江南大学任文学院长，一家人终于团聚。平静的日子没过多久，战端再开，国共内战越演越烈，学生频频上街游行，钱穆劝导无效，闹事已成风潮。
1949年8月14日，在内战中取得节节胜利的毛泽东，为新华社撰写社论《丢掉幻想，准备斗争》，点名批评胡适、傅斯年和钱穆三人，说他们是“被帝国主义及其走狗的中国反动政府”所能控制的“极少数人”。
对于毛泽东的点名，钱穆始料未及，却也无可奈何。社论发表时，胡适早已远赴美国，傅斯年去了台湾。面对如此局面，钱穆只好再次抛家别子，南下香港。
一路上，钱穆都在想，自己乃一介书生，怎么就成了不被见容的“少数人”？
反思自己的研究领域，他钱穆对于中国传统文化的热爱，那可是深入骨髓。1939年，钱穆在西南联大教书期间，只用了13个月就完成了《国史大纲》的撰写。在这本书中，钱穆系统、全面地回答了当时困扰整个中国的问题：中国凭什么能取得抗战的最后胜利。许多青年学子，就是在读了钱穆的《国史大纲》后，看到希望，精神振奋，投笔从戎而走上战场的。
当时，钱穆是学术界第一个在报刊上公开发表文章，宣称中国一定能取得最后胜利的知识分子。随即《国史大纲》被国民政府教育部指定为全国大学用书。
也是这本书，让喜欢传统文化的蒋介石与钱穆成了朋友，而且私交甚厚。有一阵子，蒋曾打算邀请钱穆出任教育部长，钱穆婉拒不就。蒋也尊重钱穆的意愿，不作勉强。1946年3月间，选举总统前夕，蒋介石在南京找钱穆叙谈。钱穆坐定之后，蒋介石拿出一份书面报告，交到钱穆面前，蒋问钱穆：“听说你反对我当总统，这份文件纪录了你谈话的内容。”
钱穆毫不讳言地答复说：“这些资料我不必看。不错，我是讲过反对你当总统的话。”蒋介石问钱穆为什么不赞同他选总统，钱穆说：“中国近一百年没有出现一个像你这样的英雄，所以我不赞成你当总统！”蒋介石闻言，半晌没有说话。最终，蒋介石虽然没有听从钱穆的建议，但亦不改彼此间的友好关系。
也许，这就是所谓被“控制”的证据吧。
既然已被点名，就只有选择离开了。离开之前，钱穆特地到岭南大学拜访了陈寅恪，与他相约去香港任教，遭到拒绝。转而去乡间邀请熊十力，对方表示无意离开。钱穆给远在重庆的梁漱溟写信，也未得到回复。他又到中山大学去见杨树达，杨树达也无意离开。
毕竟人各有志，彼此尊重，这些人也都不劝钱穆不走。反倒是钱钟书的伯父，以研究古典文学成名的钱基成先生，劝钱穆留下来。钱穆问，君研究古文辞，你看军队渡江的那篇布告，有无大度包容之气象？钱基成沉默不语。作为史学家的钱穆，书真不是白读，他敏锐地预感自己难有容身之地，所以毅然决定离开。
钱穆来到香港，见许多青年学子流落在外，感觉责无旁贷，决定创办亚洲文商学院，在香港传播中国历史和文化。办学之初，只有三间教室，没有图书馆。学生大多为来自内地的流亡青年，不少人露宿学校天台、楼道。很多学生交不起学费，老师发不了薪资。为此钱穆决定学武训行乞办学，游说台湾，获得蒋介石资助，加上美国耶鲁大学、哈佛燕京学社的援助，学校经费问题得以解决。
在香港刚站稳脚跟，钱穆便给家人写信，要3个儿子赴港就读。但兄弟3人看到报上的社论，认为父亲是站在反动立场的知识分子，决心和钱穆划清界限，拒绝前往香港读书。钱穆收到回信，只能眼望北方，浩然长叹。
1950年，亚洲文商学院更名“新亚书院”，步入正轨，流亡学生得以弦歌不绝。因办学有成，香港政府在1955年赠予钱穆香港大学名誉博士学位。1960年，钱穆应邀去美国耶鲁大学讲学，又获赠人文学名誉博士学位。
随后新亚书院逐渐壮大，1963年，在港英当局的主导下，新亚书院、崇基学院、联合书院三校合并，钱穆亲定校名为“香港中文大学”。并通过力争，做到了学校必须是中国人担任校长。香港后来成为世界汉学的中心之一，比肩欧洲、美国、台湾，享誉全球，钱穆功不可没。
在逃难到香港的大陆人中，有个人叫胡家风，后来成了钱穆的岳父。胡家风是江西世家，长期在国民政府任职，曾官居江西省主席。他有个女儿胡美琦，是厦门大学一年级学生，胡家风拖家带口一路南逃时，见形势紧急，长江防线崩溃在即，赶紧通知女儿到香港汇合。
因一次偶然的机会，胡家风认识了钱穆，两人一见如故。胡家风见钱穆在兴办学校，便让20岁的女儿胡美琦到新亚学院继续就读。胡美琦被钱穆的儒雅风度和学识的渊博所倾倒，从此种下崇敬之心。
一年后，胡美琦跟随父亲去了台湾。
1952年春，钱穆在台北演讲时，礼堂突然塌方，钱穆被掉落的泥块砸中头部，当场晕倒。胡美琦听说钱穆受伤，心急如焚，直奔医院探望。钱穆出院后，在台中休养，胡美琦每天下班后，都会过来探视。过了四个月，钱穆伤愈，回到香港，两人便以书信保持联系。
两年后，胡美琦从台湾省立师范学院教育系毕业。经过慎重考虑，胡美琦决定飞赴香港，一边继续求学深造，一边照顾深受胃病困扰的钱穆。
此时大陆内地，革命运动一浪高过一浪，夫妻团聚已无可能，甚至，连书信联系都一概中断。给人感觉，今生今世，只能客死异乡了。
1956年，钱穆作出了一个艰难的决定，跟胡美琦结为夫妻。钱穆知道，他这样做，对不住远在老家的妻子。
曾经，有这样一个机会，大陆对流亡香港的钱穆展开统战，派他的老师吕思勉和侄子钱伟长给他写信，劝他返回大陆，但被钱穆拒绝。钱穆在给老师吕思勉的回信中写道：回来虽无刀镬（huò）之弄，但须洗心革面、重新做人，那样做如同行尸走肉，丧失了人的尊严，这是学生万万做不到的。学生对中国文化薄有所窥，但不愿违背自己的主张。愿效法明末朱舜水流寓日本时的做法，在香港继续传播中国传统文化。
1967年，大陆运动冲击到香港，钱穆决定前往台湾定居。其实早在1950年，钱穆在香港创办新亚书院时，蒋介石便屡屡派人前往邀请钱穆赴台定居。但钱穆一直没有答应。直到1967年，钱穆才以归国学人的身份去了台湾。
当时，他看中了台北故宫旁边的一块空地，就托付萧政之帮忙办理。萧政之是钱穆私交甚笃的朋友，抗战时在昆明便有往来，他告诉钱穆，故宫地处偏僻，入夜之后一片漆黑，悄无人迹，你一个老人家和太太两个人，孤伶伶的，生活上会很不方便。后来，萧政之替钱穆在双溪东吴大学旁边选中了一块地皮，钱穆看了后非常满意，决定自己购料盖房。
这件事被蒋经国知道了，他出面阻止说，钱先生是国家延请回国的，怎么可以让他自己出钱盖房子呢，这笔钱由国家出。钱穆坚持说，自己住的房子理应自己出钱，和国家无关。蒋经国说不动钱穆，便将此事告诉了蒋介石，最后是蒋介石亲自出面，钱穆无法推辞，只好听由公家拨款兴建。小洋房落成后，素雅脱俗，钱穆为其取名“素书楼”。
1990年，时任立法委员的陈水扁提出素书楼乃公家建造，指控钱穆霸占公产，95岁高龄的钱穆一句话不说，立刻搬了出来。事实上，房子的主体结构是公家付的钱，但内部装修及后来的几次改建，都是钱穆自己掏钱做的，公家再没出过一分钱。
前行政院长李焕得知钱穆搬家的事，主张由救国团买下素书楼，转赠钱穆安度晚年。钱穆婉拒了李焕的好意，从素书楼搬迁到了台北杭州南路居住。
数月后，钱穆在台湾去世，享年95岁。
91岁时，钱穆在素书楼为博士班学生上了最后一课。讲课结束后，钱穆说：
不要忘了是中国人，
不要忘记中国，
不要抹杀自己的文化。
终其一生，为传播中国传统文化，钱穆做了自己该做的一切。剩下的事情，就要看后人怎么做了。
