就如同指挥“宜昌大撤退”一样，卢作孚亲自指挥了粮食运输的整个行动。
在卢作孚的调动下，四川成千上万勤劳的农民，冒着烈日酷暑，肩挑背扛，将成千上万吨稻谷从无数偏远农村，运送到公路沿线或航运线上指定的地点和位置。其中，仅巴中一个地区，就动员了30万人运输粮食。数以千计的汽车司机和木船船工，日日夜夜辛勤劳动，将粮食运进城市粮仓，保证了各地粮食的供应。
1940年以后，日军对重庆的空袭更加频繁，日夜不断。卢作孚为保证运粮畅通，常常不顾空袭的危险，坚守在城内办公室指挥运粮工作。即便晚上回到家中，仍还不停地对着长途电话喊叫，询问各地运粮情况，发出各项工作指令，指挥粮食购买和抢运工作的进行，有时忙到通宵达旦。
当时最重要的战场在湖南长沙。驻守湖南前线的第六战区司令部一再电催全国粮食管理局运送军粮到湖南前线。有一次最紧急的时候，战区司令长官陈诚直接打电话催促卢作孚。卢作孚闻听迅疾行动，集中车辆和船只，在一个星期内将所需军粮如数运到了前线。
卢作孚智慧而充满效率工作，保证了战时首都重庆及大后方各个城市的粮食供应，城市居民的粮食供应充足，成批的军粮一船又一船第运送到三斗坪，又从三斗坪转运往前线。
1941年初夏，卢作孚在完成了最艰难的粮食运输任务后，辞去了全国粮食管理局局长职务，回到了交通部，继续集中精力处理当时最为重要的战时物资运输。
美国《Asia And The America’s》杂志1944年6号刊登孙三文章，对卢作孚担任全国粮食管理局局长期间的工作是这样评价的：“其战时的意义，至少与宜昌大撤退的‘奇迹’相等，并且是以同样有效和激动人心的机敏来完成的。”
四、正欲大展宏图，岂料风摧巨柱
抗战胜利后，卢作孚把长江航线的重点移至上海，以此作为向沿海远洋发展的基地，增辟由上海到台湾、汕头、香港及南洋的航线，由上海到连云港、青岛、天津、营口的北洋航线。并在台湾、广州、香港等地设立民生公司分公司或办事处。同时又与金城银行集资100万美金，创办“太平洋轮船公司”，购入海轮3艘，把航线延伸到了越南、泰国、菲律宾、新加坡和日本。
如果没有国共内战，以卢作孚一生所向披靡的航运韬略，必能创造他航运帝国的辉煌。此时正欲直挂云帆济沧海的卢作孚，又一次来到了人生抉择的重大关口。这次，他选择了一个绝不允许私人企业做大做强的巨人，关于这一点，卢作孚当时并不知道。朋友提供给他的信息，都是新政权将组建联合政府，实行英美民主的承诺。
那时候的卢作孚，是国共双方都在竭力争取的对象。
1949年3月7日，中共香港负责人潘汉年找到从上海来港的黄炎培，请黄代中共向卢致意，表示愿意登门拜访。次日，黄以老友身份致信卢，转达中共“美意”。
十天后，何应钦出任国民政府行政院院长，组阁提名卢为交通部长。同年5月，阎锡山筹组新一届行政院，也邀请卢作孚入阁担任交通部长。但前后两次盛情相邀，均为卢作孚所拒绝。
为避免纷扰，卢作孚离开广州，奔走于香港与内地间。其后一年时间，不断有人劝其离开大陆，赴台或是赴美。国民政府行政院长俞鸿钧、外交部长叶公超还特地赴港劝卢，卢未为所动。而在北京的老友黄炎培和张澜等，则分别向卢转达中共邀其北上之意。
1950年，卢作孚将民生公司在海外的18艘轮船，分头驶回上海、广州。
6月10日，卢作孚从香港抵达北京。6月11日，前往黄炎培寓所拜访黄炎培。之后，卢作孚作为特邀代表，出席了6月14日的全国政协一届二次会议。
当时民生公司面临经营困难，卢希望政府作为公股加入，资助民生，度过难关。卢的请求获得政府赞同，为此与交通部洽谈五次。1950年8月10日，时任部长的章伯钧代表交通部，卢作孚代表民生公司，签署公私合营协议书，政府派出七名公股代表加入董事会。
原本，以卢作孚的个人信誉及经营业绩，申请贷款应该是非常容易的事情。然而不知为何出资方变成了政府，经与交通部前后“洽谈五次”方才达成协议，可知谈判并不顺利，而且最终是以公私合营的形式，由政府派出七名公股代表加入董事会，这才达成了融资协议。
民生公私合营后，具体矛盾来了。卢作孚理解的协议，是政府只作为公股，投资民生公司，使之度过难关；公股代表只是参加董事会，并不直接参与公司的管理。但政府语境中的公私合营，却是公替换私，与卢作孚的本意大相径庭。“我们党同意公私合营的目的，就是要让民生这艘资本主义的船，引入社会主义的航道，为此公方代表不仅参加董事会，而且要起领导作用，彻底改革民生公司”
这是自卢作孚投身航运事业以来，未曾经历过的大事变。
很快形势便起了变化。1950年9月30日，也就是协议签署之后的一个多月，中央财经委员会决定，由西南财委的何郝炬负责民生公司，随即增补何郝炬为民生公司常务董事兼副总经理。
从这个决定可以看出，卢作孚名义上还是总经理，但在人事任命权上，已经被边缘化了。
刚开始，以何为首的公股代表与卢作孚为首的资方代表，合作还算顺利，卢对何优礼有加。但一段时间后，何与卢在公司业务、尤其是人事问题上冲突起来。何提出撤换公司高层的几位骨干，使卢作孚颇感为难，一直未表态同意。但即便如此，公司仍然作出了对郑璧成、陶建中撤职停薪的决定。郑、陶二人都是民生元老，也是卢的合川同乡，从创建通俗教育馆起就追随卢作孚几十年。对此，卢作孚心情沉痛，却无法阻止，只能眼睁睁看着他们被清除出民生。
在接下来的肃反运动中，一些民生的职工被捕。民生董事石荣廷是重庆袍哥的老大，石曾积极投身抗战，也掩护过共产党，但肃反时被捕，并当众处以酷刑致死。长年担任民生机器厂厂长的陶建中以“反革命罪”被处决。面对这样的场景，卢作孚大受刺激，痛苦万分。一年多前，这些人被他从台湾、香港带回大陆，怎么也没料到竟会是如此结局。卢作孚深怀内疚，感觉是自己害了朋友。
1951年11月24日，中央财经委发出通知，要求对民生公司实行民主改革。通知称：“由于该公司封建官僚制度根深蒂固，加以公股代表人数太少，以致形成该公司每月仍入不敷出。而目前负债已达七百五十亿元（旧币），到年底将达一千亿元。而该公司卢作孚经理等，则根据其（一）政府需要此企业；（二）政府反正不能使工人工资不开销，以及（三）借款始能纳税等的分析，企图把包袱加到政府身上来……为了掌握这一企业，必须帮助其改善企业管理，彻底进行民主改革……”
这样罔顾事实的严厉措辞，对卢作孚无异胸口插刀。
12月，反对贪污，反对浪费，反对官僚主义的“三反”运动开始。12月8日重庆召开大会，市长曹荻秋作报告，动员检举揭发。
按照上级要求，民生公司的船只必须每周停运几日，参加上述运动。与此同时，民生船只担负抗美援朝相关货物的运输任务，却不能减少。此时的民生公司，管理运作已经不是卢作孚可以调度指挥。抗战时期组织宜昌大撤退都难不倒的卢作孚，已经陷入自己无法把控的局面，鉴于内外种种原因，民生公司负债累累，经营愈难。
在三反运动开展前夕的11月，卢作孚被召到北京，周恩来总理接见他，提出已给他在北京备好寓所，希望他迁居北上，到中央政府交通部任职。这样的安排，旨在将卢作孚调离民生。如果卢能接受，无疑将摆脱沉重的业务压力，同时也避开了三反运动。但这偏偏不是卢作孚的性格，不是他的做人处事之道。卢当时“婉谢了中央请他留京，在中央交通部任职的安排，返回了重庆”。
这一往一返，不过半月时间，全国范围内轰轰烈烈开展的“三反”运动和“五反”运动，已经如火如荼，民生公司本身的民主改革，也已进入高潮。1951年12月4日《重庆日报》发表文章，指斥“民生实业公司民主改革工作极不彻底”，予以公开批评，矛头直指卢作孚。
几个月来之种种阵仗，卢作孚今生今世，是第一次见。在从未有过的压力下，卢作孚开始回顾自己一生，认真检讨。想到年轻时，在“实业救国”理念感召下创办民生的初衷，他不肯颠倒是非，昧着良心给自己抹黑。1952年2月6日，卢作孚在民生公司资方代理人小组会上作“五反”运动个人反省检查，仍坚守底线，实事求是地说：“各位，我自问不是想当资本家来搞企业的。我是小资产阶级，读小学时对数学特别有兴趣……”
五、不能承受之重
然而，让卢作孚始料未及的是，他遇到了民国以来从未经历过的环境，这个环境可以使人性变得异常丑恶。民生公司上层某些人，开始与卢作孚拉开距离，甚至主动与他划清界限。公司中竟然挂出了“欢迎某某某副总经理主持工作”的横幅，此人是卢作孚长年培养的副手，后来又提升其为民生唯一的副总。大会上，另一位民生上层干部李邦典发言称：“群众意见说你卢作孚有贪污。”甚至说：“从前认为公司离开你就搞不好，现在离开你公司一样可以搞好。”
这些话像尖刀狠命刺在卢作孚心上。几十年来卢作孚历尽艰辛，排除万难，将民生建设为国内一流的航运公司。为抗战救国，民族复兴，他做出的贡献有目共睹，功不可没。但凡与卢作孚有过交往的人都有一个共识，他办企业绝非为了个人发财致富。卢本人可谓俭朴成性，作为民生公司的创始人和总经理，起初每月仅领取30元的薪水，他自己几乎没有什么物质追求和享受。国民党元老张群评价卢作孚“是一个没有受过正规学校教育的学者，一个没有现代个人享受要求的现代企业家，一个没有钱的大亨”。有次甚至给他开玩笑说：“你的跟班都比你穿得漂亮。”
1938年夏天，国民政府某军事大员邀请卢作孚去演讲。卢作孚穿着土布衣服坐在汽车前排，随从翁祥福穿着派力司中山装，头戴巴拿马草帽，手拿公文皮包，坐在汽车后排。接待人员不认识卢作孚，见翁祥福第一个跳下车来，人也气派，急忙迎上去热情握手，并一个劲说：“欢迎！欢迎！”后来经旁边人介绍，才知道是卢的助手。
卢作孚一生手握几千万资产，从没想过为自己买地、买房，既无财产，也无储蓄，真正是上无片瓦，下无寸土，连兼职单位送来的车马费都分文不留地捐献出去。许多人慕名请他兼任事业或企业的董事、董事长，最多时达几十个，包括金融企业的董事。有些是请他个人，有些是请他代表民生，每个兼职都有可观的车马费、津贴费，有的比他工资还高。每次支票送来，他总是写上“捐中国西部科学院”、“捐兼善中学”、“捐瑞山小学”等字样，这些捐赠的字条、收据至今还保存在档案馆里。
身为公司总经理，卢作孚在民生最初并没有股权，是刘湘等人凑了一笔钱给他入股，股东大会为感激他对公司的贡献，赠送给他一些干股。他自称“小小的股东”，并非自谦，而是事实，因为他的股本小至全公司的两千分之一。在1949年12月的《民生公司股东名册》中，他和家属名下的股权共两千股，但是他从未领取过分文红利，全家老少一直靠他的一份工资生活。1950年后，他名下股金折合3万元，全部交给国家，始终没拿过一文红利。
1942年春天，民生职员搬到重庆南岸的“民生新村”之后，卢作孚一家7口才住进红岩村2号，大约40平米的公司宿舍，厕所在屋外的菜地里，但这已经是卢家住得最宽敞、最好的时候。他家唯一的一件高级用具，是30年代初的小电扇。卢作孚不喝酒，不抽烟，客人来家，连烟灰缸都没有。抗战时，他有一次病了，妻子想买一只鸡给他吃，却没有多余的钱。
周善培曾经和梁漱溟谈起卢作孚，对其人品称赞备至：“此人再好不过，他心中完全没有自己，满腔里都是为社会服务。这样的品格，这样的人，在社会上找不到了。”梁漱溟评价卢作孚，也是以完人视之，认为他“胸怀高旷，公而忘私，为而不有，庶几乎可比于古之贤哲焉”。
像这样一个舍己为公的无私者，从不计较个人得失，却被颠倒黑白，诬陷其“贪污”，这人间还有公道可言吗？
紧接着，1952年2月8日上午，民生公司召开‘五反’动员大会。此前，公股代表何郝炬离任，更换为张祥麟。张在会上带头做检查，检讨自己与卢作孚一道赴北京出差时，曾和卢一起外出吃饭、洗澡、看戏等。张祥麟检查后，卢作孚的通讯员关怀立刻跳上台去，揭发张祥麟在北京接受卢作孚请吃饭、请看戏是受了“糖衣炮弹”的袭击，是受了资本家的拉拢腐蚀。他严厉追问张祥麟还有什么问题没有交代，此时会场多次高呼口号，气氛十分紧张，使坐在台下前排的卢作孚十分困惑和难堪，心情极为沉重。
