同治元年，陕西的回民人口增加，力量也在加强，于是想要建立一个独立的伊斯兰国的念头开始萌生。一些回民首领如白彦虎、马化龙等暗中发动回民，“传帖杀人”。想要借太平天国动乱陕西清军调走之际杀光陕西汉人。在黄河以西建立一个纯粹的穆斯林国家。起事前，他们秘请铁匠打制刀具，并且杀掉铁匠以防泄秘。尽购街上的竹竿以充刀杆。然后出其不意开始暴乱。汉人措手不及，而且也无力抵抗，渭河两岸的全县村庄，30万汉人全被杀光。只有临潼知县得知情况后，紧急关城才保住了一些汉人。
当时西安城里的陕西巡抚提出的政策是安抚回民。对城里回民未杀一人；紧闭城门以防城外回民进城杀人。也阻城内回民出城杀人。再派陕西团练使张芾前去安抚。想不到回民起事的大首领任武杀了张芾。另一位首领白彦虎杀人最凶，立志掘掉黄帝陵，幸被汉人首领董福祥击退。
当时穆斯林武装分子达30万人，号称“陕回十八营”。几个月内在关中平原杀汉人五百万。一年时间关中悉数汉人县长被回民杀害，大量汉人被杀，只有一些县城内和逃入骊山的汉人幸免。
陕甘回乱对汉族的大屠杀很严重。“重灾区”在陕西省。汉人被杀约700万人。
1863年。左宗棠临危受命，被任命为陕甘总督。率湘军进行镇压。陕西回民在被清军镇压退到甘肃后。对甘肃汉人又进行了大屠杀。
甘肃回民也加入暴乱队伍。但最残暴的是陕西回民，杀人最狠。包括白彦虎。据说他就是以杀人狠当上领袖的。不分男女老幼。全部用刀砍死。用火烧死。进行种族灭绝大屠杀。不是为谋财。不是为谋地。单纯为杀人而杀人。当时甘肃地靖远民谣：“同治五年三月间。杀气弥漫天。十余万人一朝尽。问谁不心酸。”
甘肃中部地区的汉民几乎全部被杀。据《中国人口史》一书的统计,回乱前咸丰十一年(1861年)甘肃人口甘肃（即甘肃省、青海省、宁夏区全部）1945.9万人,战后光绪六年(1880年)人口仅存495.5万人,人口损失1455.5万人...损失比例为74.5%。在甘肃。回民一次杀10万以上汉人的大屠杀有很多次。许多县的汉人被杀绝。
陕西甘肃两省共计被杀汉人达2000万。这么多的汉人不敌当时不及200万人口的回民，值得我们深思。
汉民之所以有这么大地损失，一是因为汉人的传统是不私藏兵器。所以遇到问题没武器可用。而当时的回族一般都有。二是回族有骑兵，汉人没有。骑兵对步兵，胜负是明摆的。三是回族聚集之后（估计人数最少有几十万）。首先不是攻击城市。而是以上百倍的兵力集中扫荡各个孤立的村庄。村庄人口少。所以被整村整村灭绝。而中国当时农村的特点是农村人口占全省人口的90%。另外一点是屠杀来得突然。各个农村来不及组织联合以及防御。很短的时间内，陕西就被杀了几百万农村人口。
左宗棠大帅率湘军抵达后，刚开始对参与暴乱的回民格杀勿论。陕西回民首领马化龙粮尽援绝，赴左帅营中请降，表示愿以一人“抵罪”。马化龙及其子马耀邦向清军交出各种火炮56门、各种枪千余杆。并写信向王家疃庄的回民劝降。左宗棠恼恨马化龙反复无常，残杀无辜。死在他手里的百姓有十数万。实属罪大恶极。同治十年（1871年）正月十三日。马化龙与亲属及反清首领共1800余人被清廷处死。清廷将其头颅遍示全国各地达10年之久。其子孙几被剪灭殆尽。陕西上百万回人要么被杀，要么被迁走，要么吃猪肉改回汉族。另一匪首白彦虎逃往新疆，后来又投靠浩罕侵略者阿古柏。后来左宗棠收复新疆，白彦虎又逃到中亚，也就是今天东干人的祖先。而后来民国中马家军的祖辈马占鳌、马海宴、马千龄当年就是甘肃河洲暴动的回民，只是左宗棠接纳了他们投降，马家军由此起家。
