在现代育种技术、转基因作物和大型种子公司的排挤之下，中国大量的地方品种不仅没有市场定价的权利，甚至因为缺乏市场竞争力，逐渐消失了。
从2003年开始，中国科学院农业政策研究中心的研究员宋一青和团队多次调查研究了中国西南的广西、云南和贵州三省，尤其是山区当地种子的多样性。她对“中外对话”说，有很多地方种随着商业种子的普及逐渐消失了——在云南宝山的石头城，村里以前大量种植青稞大麦，现在只有一两户人家种青稞，大麦则只剩一个品种，也是因为当地需要用它酿酒才保留下来。农民以前吃菜籽油，在气候变暖以后，菜籽植株开始大量生虫，需要洒更多农药，不合算，农民便大多放弃种植。目前这里普遍种植的是小麦、杂交玉米和水稻。
宋一青说，种子是活的，是不断自我更新的。它们在自然中生存，和自然有交流，能够获得适应环境变化的新基因，基因库的种子无法替代那些在生产中消失的种子。而且，地方品种是适应当地气候的，商业种子则可能无法适应当地气候。
中国的国家和地方农科院都设有基因库，存贮了多种农作物的种子，以保存基因的多样性。宋一青团队在地方搜集了176个农家种，并把它们和基因库里30年前留存的、同产地同品种的种子一一进行了基因对比，发现新搜集的种子比基因库种子基因更丰富、更多样性、抗逆性(植物抵抗恶劣环境的特性)更强。而多样性，正是生态系统抵御自然灾害的重要方式。
宋一青提到，更糟糕的事情是，现在大量的商业性种子采用相同和相近的亲本(用于杂交的母本和父本)进行杂交，导致大量的杂交品种的基因基础狭窄。种质的多样性大大减小了。
她希望，中国应该出现更多像河北“一墩青”马铃薯那样的地方农业品种品牌。
“一墩青”是河北省怀安县种植了40多年的马铃薯品种，近年由于经过了品种改良，并坚持不添加任何化学药剂进行有机种植，在农产品博览会上赢得了良好的声誉。正是因为能够自己留种育种、掌控马铃薯的整个繁育过程，农民拥有更多自主的权利。
靠着“一墩青”马铃薯品种，当地发展成立了自己的可持续示范农场——“一墩青”怀安可持续示范农场，生产包括“一墩青”土豆在内的有机农产品。村民也已经以“一墩青”为名，在民政局注册了一个民间组织——“一墩青”农村发展促进会，不仅推广和延续了传统品种，也为这个当地品种争取了马铃薯市场的定价权。
市场贩售的种子，也称为商业种子，一般具有更高的产量，或者抗倒伏、抗虫等改良的性能，能获得农民的亲睐迅速占领市场。但是，据青岛农业科学院王殿纯说，为了保护自己的知识产权，种业公司的种子99%以上是杂交种，无法繁殖。农民因此需要不断买种子，种植的自主权利和利益受到很大的限制。
拥有自己的种子，并能够改良和交换种子，称为种子主权。它和农产品定价权一样，都是生产者应该享有的基本权利。但是，宋一青对“中外对话”说，在当前的中国，农民这种独有的权利正在丧失。
除了生态功能，种子还牵涉到文化传承等社会功能。留种、育种，都掺杂着农村的耕种活动和交流，是农村文化的一部分。如宋一青所说，“生物多样性和传统文化多样性、小农生计多样性是密切相关的，小农的问题，都是交织在一起的，动态的。”保护生物多样性、维护农民权利，都要考虑农民作为持续转承和创新者的多元价值和作用。
种子主权的申诉，并不是中国人才面临的问题。早在2011年，数千印度人曾发起“孟山都滚出印度日”，游行捍卫食物和种子主权，抵制大公司强行接管农业。孟山都是一个跨国农业生物技术公司，也是转基因(GE)种子的领先生产商，占据了多种农作物种子70%–100%的市场份额。
