一九五一年初巫宁坤突然接到燕京大学陆志韦校长的急电，邀其尽快回国担任英美文学教职。随后，也收到中国国务院发来的信，观迎留学生回国工作。巫宁坤毅然丢下写了一半的英国文学博士论文，带着几大箱进步书刊，兼程回国任教。当时巫宁坤问前来送别的李政道，为什么不回去为新中国工作?李政道笑笑说：我不愿让人洗脑子。
巫宁坤回国不过两个月时，周恩来在中南海怀仁堂做政治报告长达7个小时，号召高级知识分子带头进行思想改造。此时，他想起了回国时李政道送别时说的「洗脑子」。
「十一」一过，思想改造就开始成为教师的中心任务，全体教授分别在各系学生中作「自我批评」，接受学生「帮助」，人人过关。巫宁坤平日与学生交谈中的三言两语竟被记录在案，再加上一本被学生借走的美国普及小说《了不起的盖茨比》，成为他散布资产阶级思想的罪证。
思想改造的下一阶段是「忠诚老实运动」。全校教职员人人都要写一份自传，交代从出生到目前的全部经历，重点是交代本人的政治历史问题和各方面与美国的关系。巫宁坤先在三人小组会上交代了历史，接受了盘问，又到文学院教授会上做了交代，接受了大家的启发帮助，最后还写出了一份自传。人称「燕京摄政王」的翦伯赞约见巫宁坤，叼著香烟喷云吐雾地对他说：「看你年纪不大，生活经历可不简单。……你从美国回来，这本身当然是件好事，但是到底为什么回国，又是怎样回来的？还有真正的动机吗？」这次，巫宁坤没有配合。然后「院系调整」，教会大学一律并入国立大学，巫宁坤被发配到天津南开大学。
一九五五年九月轰轰烈烈的「肃反运动」开始，巫宁坤成了南开大学头号「暗藏的反革命份子」，被软禁在家中，不得擅自离校，不得在家接待亲友。上、下午的批斗会成了常规。每次会上，巫宁坤都被要求「彻底坦白自己的罪行」。
五七年，党中央号召在全党开展「整风运动」，带来了全党全国的「大鸣大放」。经不住一再动员，巫宁坤在「鸣放会」上发言，向党提意见，于是成了反党、反社会主义、反毛泽东思想的典型，在一次又一次的批斗后，被划为「极右份子」，开除公职，送劳动教养。
也是在这一年，不愿被洗脑的李政道成了第一批荣获诺贝尔奖的华人，名誉声望如日中天，事业到达最高峰，迎来人生最光辉灿烂的时期。
五八年四月十七日，巫宁坤被送进了半步桥北京市劳动教养所，和「历史反革命」、流氓、小偷等「坏份子」关在一起，一日两餐啃有霉味的窝头。四、五十天里，天天「交代罪行」，「认罪守法」。
之后，巫宁坤与八百多名「劳教份子」，由大批武装警卫，押送到与西伯利亚为邻的兴凯湖国营劳改农场，通称北大荒。从日出苦干到日落，每天十多个小时，赶上大跃进「放卫星」，还得连轴转。夏天，蚊子成群，漫长的冬季冰天雪地，最低气温摄氏零下四十度，「劳教份子」们都照样在户外劳动。
一九六○年十月，三、四百名「右派」奉命转移到位于天津与唐山之间的清河劳改农场。从此，三餐改为两餐，吃的是代食品，加上乾白菜帮清汤。越来越多的人患上浮肿，大便时鲜血淋漓，痛苦呻吟。两个月以后，为了进一步体现党和政府的宽大和「革命人道主义」的精神，准许「劳教人员」写信要家属送食物来。于是三岁的女儿随母到清河劳改场，第一次见到了父亲，此时小小年纪的她已经历经饥饿、贫困、动乱斗争和赤色恐怖。在她八、九岁时，在合肥甚至两次被强奸。
文化大革命开始，巫宁坤又成为「专政对像」，被打成“牛鬼”，关进了牛棚，每月七十元的临时工工资减为十五元的「生活费」，大会批、小会斗、挂牌游街示众、罚款、扣工资等等，成了家常便饭，并进一步株连全家老小，其久患糖尿病的七十多岁的寡母被勒令二十四小时内离开安大，不久因缺医少药孤苦伶仃地含恨病死。
一九七零年，巫宁坤总算走出牛棚，前往其家人所在的和县孙堡公社高庄生产队「接受贫下中农再教育」，每月十五元的生活费停发，当上了「不给出路的政策」的典型。
一九七九年，巫宁坤看到“爱国美籍华裔科学家”李政道博士从美国回来讲学的消息，便到北京饭店的国宾馆去看望。在分别二十八年后，两个人的身份有了天壤之别：一个是国之瑰宝、名扬四海的大科学家，一个却是来到北京办理“右派改正”手续的沧桑苦命人。
试想一下，假设当年在旧金山是他送李政道回国而非李政道送他，结果会怎样?我们可以推测：李政洪道，极有可能会受巫宁坤那样的苦难，还可以肯定的是，李政道是得不到诺奖的，不管他智力如何超群工作如何努力，因为这不是以个人能力和意志而转移的，在那个制度下，他至多是个螺丝钉。
从一九五八年被戴上右派帽子到一九八零年改正〝错划右派〞，巫宁坤耗费了二十二年黄金岁月。一九八十年代，巫宁坤偕夫人和儿女返回美国。
一九九三年巫宁坤劫后余生回忆录A Single Tear(<一滴泪>)在纽约出版，在英语世界引起轰动，被《纽约时报》评选为当年出版的图书中「notable books值得读的书」。但是其中的一些情节得罪了某些人，光天化日之下，国际关系学院领导下令动用军警毁门砸锁，将其全部财物扫地出门，夫妇二人的退休费也被停发，虽经一再申诉，退休费开始恢复发放，但是扣发六年多的退休费却始终拒绝补发。巫宁坤说那是他为《一滴泪》支付的罚款。
