查士丁尼瘟疫（541-542）当时出现了许多诡异恐怖的情景：当人们正在相互交谈时，便不能自主地开始摇晃,然后就倒在地上；人们买东西时，站在那儿谈话或者数零钱时，死亡也会不期而至。鼠疫最严重的时候，一天就有5000到7000人，甚至上万人不幸死去。
在所有灾害类型中，瘟疫对文明发展的影响是深刻而长远的，与气候灾害相比，可以说是有过之而无不及。
从短期内看，瘟疫是以造成大量的人口死亡而对文明发展发挥其巨大影响的。历史上死于瘟疫的人要比死于战争的人多得多，这一点在古今中外历史上都得到验证。中国汉代医学家张仲景在《伤寒杂病论》序中即已指出“馀宗族素多，向馀二百。建安经年以来，犹未十年，其死亡者，三分之二，伤寒十居其七。”在克里米亚战争（1854——1856年）中，因痢疾死亡的英军士兵是被俄国人杀死的10倍。
瘟疫是所有自然灾害中造成人口损失最多的，其对文明发展的巨大影响自然不言而喻。瘟疫的巨大破坏性甚至会导致一个国家或地方性政权瓦解。据说曾称雄西亚的赫梯王国于公元前1200年突然销声匿迹，就是由于瘟疫传播的原因。1831年从伊朗传入的瘟疫在伊拉克肆虐，结果导致了伊拉克马木路克王朝的终结。
古代战争中，由于成千上万的人员聚集，很容易造成瘟疫的流行，而瘟疫的发生会在较短的时间内造成军队战斗力的严重受损，直接影响战争的结果。公元259 年，罗马帝国皇帝瓦勒里安在抵抗波斯入侵的战争中，虽然其军队受到了瘟疫的袭击，他却不管不顾，仍然率军进入美索不达米亚，结果在埃德萨附近遭到了惨败，而他自己也被敌军俘获。而拿破仑于1798年至1801年远征埃及和叙利亚的军事行动，也因鼠疫而损失惨重。到1801年法军撤离埃及时，患鼠疫致死和战死者过半。鉴于瘟疫对军事行动影响的严重性，军事统帅一般避免在发生瘟疫的情况下发动战争。1836年，因呼罗珊发生瘟疫，伊朗国王穆罕默德沙就改变了远征赫拉特的计划。
如果从较长的时间尺度来看，瘟疫对人类文明发展的影响更是深远而显著。中东历史上发生过两次大规模的瘟疫︰一次是公元6世纪，一次是14世纪。这两次大瘟疫之后，中东地区兴起了两个大帝国。6世纪的大瘟疫之后崛起了阿拉伯帝国，14世纪的瘟疫过后崛起了奥斯曼帝国。一个大帝国的崛起固然是很多因素促成的，但大瘟疫极大地削弱了中东地区原有强国的力量，为新兴力量的崛起留下了空间，不能不说是一个重要的原因。6世纪的大瘟疫给了拜佔庭帝国致命一击，瘟疫使拜佔庭帝国的人口缩减了约三分之一，也导致市场萧条，农村和城市的基础设施也遭到了严重的破坏。而在经济方面，其国民生产总值至少减少了 10％，并且其减少的百分比可能高达15％。据戴维•基斯估计，直接由于瘟疫所造成的损失，估计达3500万金索利迪（约合今天的430亿英磅），帝国的削弱又引起外敌的入侵，阿位瓦人和斯拉夫人趁机入侵巴尔干半岛，给帝国造成了1300多万金索利迪的损失。波斯帝国趁机向拜佔庭帝国发动战争，在20年的战争中，双方损失惨重，两败俱伤。“鹬蚌相争、渔翁得利”，这就为伊斯兰教的崛起和阿拉伯帝国的建立创造了极佳的历史机遇。而14世纪大瘟疫沉重地打击了埃及马木路克帝国和拜佔庭帝国，为昙花一现的贴木尔帝国和随后的奥斯曼帝国的兴起奠定了基础。
爆发于14世纪中后期的黑死病，对欧洲文明发展方向也产生了重大影响，西方学者认为它已成为“中世纪中期与晚期的分水岭”、“标志了中世纪的结束。”黑死病对中世纪欧洲社会的经济、政治、文化、宗教、科技等方面造成了剧烈的冲击，产生了巨大的影响。有许多学者把黑死病看作欧洲社会转型和发展的一个契机。经历了黑死病后，欧洲文明走上了另外一条不同的发展道路，更加光明的道路，原来看起来非常艰难的社会转型因为黑死病而突然变得顺畅了。因而它不仅推进了科学技术的发展，也促使天主教会的专制地位被打破，为文艺复兴、宗教改革乃至启蒙运动产生重要影响，从而改变了欧洲文明发展的方向。
