9月16日，中共国务院总理李克强签署国务院令发布了针对三峡工程的海陆空立体及从中央到地方四级防卫条例。此这一条例的发布，凸显长江三峡水利枢纽的危险增大。大陆《财经》副主编罗昌平在微信上发表文章，详细解读日前国务院发布命令，海陆空立体保卫三峡条例，偏偏将重庆排除在保卫工作之外，此举正凸显了三峡的一大隐患。
文章称，新公布的《长江三峡水利枢纽安全保卫条例》共7章41条，分为总则、陆域安全保卫、水域安全保卫、空域安全保卫、安全保卫职责、法律责任、附则。引人关注的是，条例还明确了从中央、湖北省、宜昌市到三峡枢纽运行管理单位的四级安保工作协调机制，确定了牵头责任主体和重点职责。条例明确了长江流域各港口码头以及进入三峡枢纽安全保卫区船舶的相关安全保卫职责，强化了码头和船舶管理责任人的安全责任制，从源头上预防、消除威胁三峡枢纽的安全隐患。
三峡工程分布在重庆市到湖北省宜昌市的长江干流上，但是条例似乎排除了重庆市参与安全保卫的资格。这正显示了三峡工程的一个危险性。据维基百科称，三峡工程对重庆市造成多重危害：
1、新重庆地区的贫困问题
作为三峡库区于1997年和并入重庆的15个区县因移民造成严重失业，贫困问题严重，而由于这些城市并入相对发达的重庆，更造成重庆市城乡极为悬殊的经济差距(2009年达到了500%)。三峡工程上马导致库区2000多家企业被关闭，失业者大增。库区经济以“吃财政饭”为主，税收持续下降。属于三峡库区的万州当地城镇失业率8.1%，21.9%的城镇移民靠低保生活。三峡库区的涪陵及其以下8个区县，当地城镇失业率8.95%，人均GDP是重庆主城9区的20%不到，全国平均水平的50%。很多移民和搬迁安置款项至今没有到位，造成了重庆主城区与三峡库区居民严重的对立情绪和冲突。
2、泥沙淤积和水位问题
长江上游河流所携带的除了泥沙，还有颗粒较大的鹅卵石，在三峡大坝筑起后将极难排出，会造成堵塞，并向上游延伸，进而影响重庆。
与泥沙淤积问题同样极具争议的，还有水位问题。在三峡蓄水至135米后，有人发现从大坝到库尾之间的水位落差多达34.7米，远远超过了工程论证报告认为的0.4米，因此担忧重庆可能会在三峡完全蓄水后被淹没。三峡大坝可行性论证中关于水库水力坡度的论证被认为存在错误，因此会造成更多淹没地区和移民数量。
3、生态环境问题
三峡工程对环境和生态的影响非常广，其中对库区的影响最直接和显著，对长江流域也存在重大影响，甚至还有人认为三峡工程将会使得全球的气候和海洋环境发生重大变化。
库区人们对三峡工程影响环境的最大担忧来自于水库的污染。目前三峡两岸城镇和游客排放的污水和生活垃圾，都未经处理直接排入长江。在蓄水后，由于水流静态化，污染物不能及时下泄而蓄积在水库中，因此已经造成了水质恶化和垃圾漂浮，并可能引发传染病，部份城镇已在其他水源采集生活用水。同时大批移民开垦荒地，也加剧了水体污染，并产生水土流失的现象。重庆三峡库区污染问题有七成是农业生产以及农民生活对环境造成的污染，已经大大超过了工业污染水平。
