高耀洁与政府的矛盾，主要是在对中国爱滋病传播途径的看法上有很大分歧。她认为输血是爱滋病在中国感染和蔓延的主因，而政府则认为性传播和毒品是主因，"原因是有人想推卸政府在血站管理上的严重失职"。
她反复强调，不要说瞎话；不要做假事；不要做假货。有人跟中国国务院副总理吴仪说，中国爱滋病传播的主要途径是吸毒传播和性传播。高耀洁认为这是蓄意掩盖血传播的事实，她直截了当跟吴仪说："他们在骗你。"
高耀洁收集大量第一手资料，揭露爱滋病在中国主要透过血液传播快速蔓延的严峻事实。
她曾披露说中国的爱滋病90%都跟有偿献血和输血有关，起因在于河南省在九○年代大搞"血浆经济"，透过鼓励农民卖血的方式来致富，结果采集血液失控，献血者交叉传染，很大比例的人感染了爱滋病。这些携带爱滋病毒的脏血又经由输血方式感染更多的人，从而使爱滋病在全国多个省分迅速蔓延。河南省政府成了这场灾难的始作俑者。
"误入歧途"要留清白在人间
她长达11年被河南地方当局打压排挤，她说自己搞爱滋防治，不是因为她多么勇敢，而是"误入歧途"。"我是不小心陷进去的，看见死的人太多，就再也拔不出来了。"
她又说："我不知道这么复杂，这么多黑幕。我感到悲观，许多人还在说假话，这是中华民族的悲哀、国家的灾难。我是医生，不能说假话。要留清白在人间，因为人的生命只有一次。"
自2001年第一次获得国际大奖以来，她成了"获奖专业户"，奖金和荣誉纷至沓来。11年来，她用于防爱滋宣传上费用，至少100万人民币，包括她先后三次得奖的8万美元奖金、几本书的稿费及大部分退休金，国内一家电视台给的5.7万元，还有"华语传媒图书奖"等奖金。"这些奖金，我自己一分钱没花，花了会觉得罪过。渴了连矿泉水都没舍得买一瓶，全部投在了防爱滋宣传和防治上。"
她曾救助164名爱滋孤儿，免费赠送24万册爱滋病防治宣传资料；冒着被抓被打的危险，一次又一次的来到河南爱滋村，给村民们送药送钱送食物（乡政府曾发告示，谁举报高耀洁来访，谁就可得到500元的奖励，但她从来没被举报过）；她曾迈着蹒跚的步子，用自行车拉着免费送人的书籍，一次又一次的到邮局寄发；她曾把近万名读者的来信汇编成书《一万封信》，让全世界听到中国这些最弱者发出的声音……。
由于她的杰出贡献，2001年她荣获联合国全球健康理事会颁发的"乔纳森??曼恩世界健康与人权奖"，2002年被美国《时代周刊》评为"亚洲英雄"；2003年获得有"亚洲诺贝尔奖"之称的"拉蒙??麦格塞塞"公共服务奖。这几次获奖，高耀洁都被河南当局利用各种借口阻拦，无法亲自前往领奖。
高耀洁澄清，有媒体报导她这次来美接受"生命之音"颁奖，奖金两万美元，与事实不符，这只是一个荣誉奖。
2003年，在领取"拉蒙??麦格塞塞"公共服务奖的5万美元奖金后，高耀洁拿出一部分钱，请了15个高校学生和志愿者，与他们"签了生死合同，到死都不能说出他们的名字"。
她安排他们分别去了贵州、云南、四川、广西等省分的十多个地市，调查了各地因卖血、输血感染爱滋病的情况，调查最后集中到她手中，结果印证了她以前的猜测。
高耀洁对中国未来防爱滋工作的前景感到悲观。她说："我巴不得早点死掉，我太累了。"疾病缠身固然影响她的心境，最重要的是形形色色的骗子使她愤怒焦虑，那些"吃爱滋饭、发爱滋财的骗子"，是她最大的心理创伤，她是"心累"。
