五四运动对中国近现代历史最深远、也最值得反思的负面影响之一，就是在思想激进化的浪潮中，为马克思主义在中国的传播和共产主义革命的兴起创造了条件，最终使中国走上了一条以阶级斗争和暴力革命为核心的政治道路，并为后来长期的政治专制埋下了祸根。
五四运动原本以民主与科学为旗帜，追求思想解放和民族振兴，激进知识分子在反传统的道路上越走越远，不仅批判儒家文化，也将宗教信仰视为社会进步的障碍。随后兴起的非基督教运动，更是将基督教与帝国主义、文化侵略相联系，使宗教信仰受到政治化、意识形态化的攻击。
这种激进的反传统思潮，在后来的革命运动中不断被强化。尤其是在共产主义意识形态取得统治地位之后，阶级斗争逐渐压倒人性，政治忠诚凌驾于个人良知，传统伦理、宗教信仰和社会道德不断受到冲击。到了文化大革命，这种极端思潮发展到登峰造极的地步：破四旧、毁文物、砸寺庙、批斗师长、迫害知识分子，甚至鼓励亲人之间相互揭发，使中国社会的伦理秩序和人与人之间的基本信任遭受严重破坏。
一个社会如果只强调斗争而不尊重生命，只崇拜权力而不敬畏真理，只讲政治立场而不讲良知与道德，那么法律、信仰和伦理便很难成为约束权力与人性的力量。
为什么一场高举民主与科学旗帜的思想启蒙运动，激进思潮最终却与反自由、反多元的政治实践发生了联系？为什么追求人的解放，最后演变成对人的思想、信仰乃至生命的严酷控制？
中国近现代史最沉痛的教训之一，就是一个民族不仅需要科学与民主，也需要信仰自由、道德良知、法治精神和对权力的制度性约束。没有对生命的敬畏，革命就沦为暴力；没有对权力的制衡，理想就变成专制；没有不可逾越的道德底线，所谓的社会进步也演变成文明的倒退。
