三门峡工程失败的直接结果，是对黄河河流生态环境、特别是中下游流域生态环境的严重破坏：黄河三门峡至潼关的淤积泥沙至今没有解决；关中平原50多万亩农田的盐碱化；水库淹没了大量的农田；水库毁掉了文化发祥地的珍贵文化古迹；黄河航运的中断；30多万移民的生活未能安置好，许多移民仍生活在贫困线以下。三门峡工程直接经济的损失为：高坝当低坝用，工程本身就浪费了大量人力、物力、财力；发电机装机能力只有原来的1/5，发电目标没有达到；高坝低用，防洪目标无法实现；两次改建增加的费用，以及增加的常年运行费用等等。据最保守的估计，这些直接经济损失已经超过三门峡工程的总造价，当时又是所谓三年大饥荒期间，如果把三门峡工程的投资用于救灾，中国至少可以减少上千万非正常死亡人数。
三门峡工程失败了，毛泽东的威望却通过造神运动达到了顶峰，张光斗的学术地位也达到了顶峰，他不但是中国科学院的院士，也是中国科学院主席团成员兼技术科学部副主任、国务院学位委员会副主任、清华大学副校长、党委副书记、校务委员会副主任、校务委员会名誉副主任、水利水电科研院院长、中国水利学会副理事长、《中国科学》和《科学通报》副总主编、《水利学报》主编、黄河水利委员会和长江水利委员会技术顾问、中国国际工程咨询公司、成都、中南、西北、贵阳、昆明勘测设计研究院的技术顾问。1994又成为中国工程院的院士，就是人们所说的双院士。
三门峡工程的失败了，被实践证明是正确的黄万里仍然顶着右派的帽子，后来摘帽之后仍然没有授课权。经过黄万里本人和清华大学师生的抗争，直到1998年长江洪水后，他才重新获得授课权。此时他已87岁高龄，并患有癌症，但他还是十分珍惜这来之不易的授课权。他批评黄河三门峡工程论证中有专家竟肯放弃了水流必然趋向挟带一定泥沙的原理，而奴颜地说黄水真的会清的，下游真会一下就治好，以讨好领导的党和政府。试想，这样做，对于人民和政府究竟是有利还是有害？他的动机是爱护政府还是爱护自己的饭碗？正因为如此，黄万里的头衔只有两个，教授和右派。
三峡工程上再次针锋相对
1982年邓小平为长江三峡工程开了绿灯，1984年国务院原则批准三峡工程。刚刚摘掉右派帽子的黄万里，对中国决策者在没有工程可行性论证报告的情况下就作出决策的做法，提出了严厉批评。1986年，中共中央和国务院决定进行长江三峡工程可行性研究报告，由水利部负责组织。两院院士张光斗被邀请为特别顾问，而黄万里则被拒绝门外。1993年，国务院组织审查长江三峡工程的初步设计，张光斗担任审查委员会技术总负责人。之后国务院又邀请张光斗担任三峡工程质量检查主要负责人。由于张光斗在审查长江三峡工程初步设计中的贡献，当时的国务院总理专门从总理基金中拿出钱，奖励张光斗等人在三峡工程论证决策中的特殊贡献。
到2002年底，三峡大坝就要建成，现在回过头来看，长江三峡工程可行性论证和初步设计有许多严重错误，仅举其中三峡水库的库容量计算错误一例，来看张光斗的科学态度：一个水库工程的库容量计算错误，是水库工程设计中最严重的技术错误，根据加拿大国际勘测组织发表的张光斗给国务院三峡工程建设委员会副主任郭树言的信和谈话，张光斗进言道：三峡的防洪库容问题可能你们知道了，没有那么大。这个研究是清华大学作的，长江水利委员会也承认这是真的。张光斗建议以牺牲长江航运的利益，来弥补计算中夸大的库容量，即把洪水控制水位由原定的海拔145米降到海拔135米，而这样做的结果将造成长江航运周期性中断。张光斗向郭树言献策∶但这件事在社会上公开是万万不行的。张光斗还是三峡工程质量检查的主要负责人，其职责是向国家领导人撰写工程质量报告、如实报导三峡工程质量情况。新闻界以张光斗等人的报告为基础，在电视、报纸上吹嘘三峡工程质量百分之百合格，四分之三以上的个体工程质量为优秀。但张光斗对郭树言说：关于三峡工程的质量问题，我们的质量检查报告写得比较客气，主要是怕人家攻我们。质量一般，这要说清楚，不是豆腐渣，但也不是很好。关键是进度赶得太快。张光斗在信中特别强调：我给你们写了封信，全是真话，没有假话。如果此话为真，那么张光斗参与的三峡工程论证和他主持审查通过的工程设计中的论据和结论都为假话。他在中国的学术地位是所谓泰斗了，可是他从来没有成为一个知识分子。
黄万里的子女们对父亲一生的评价是：他是一个诚实的人。他只说真话，不说假话；只会说真话，不会说假话。1989年6月之后，对三峡工程提出反对意见，已经被定义为大逆不道的行为，在中国没有杂志报刊敢刊登黄万里的反对三峡工程的文章。但是黄万里寻找一切可能，要让世人知道三峡工程的危害。美国出版的现代中国研究杂志就多次发表了他的文章。
他也曾三次给中共中央总书记写信指出：长江三峡高坝是根本不可修的，是什么早修晚修的问题、国家财政的问题，不单是生态的问题、防洪效果的问题，或能源开发程序的问题、国防的问题；而主要是自然地理环境中河床演变的问题和经济价值的问题中存在的客观条件，根本不许可一个尊重科学民主的政府举办这一祸国殃民的工程。但是他一次也没有收到过回信。
黄万里于2001年8月26日在清华大学的学校医院病逝，享年90岁。黄万里留给子女的遗嘱，是关于长江堤防如何修筑的措施。人们都说，他真是一个书生。
1935年，黄万里获得美国康乃尔大学水文科学硕士，1937年，获美国伊利诺依大学工程博士（该校第七名、中国人中第一名该学位获得者），并在田纳西工程实习，任TVA诺利斯坝工务员，比国民政府派员前往见习要早10年。26岁学成回国后，他历任国民政府全国经委水利技正、水利工程师、涪江航道工程处长、水利部视察工程师，甘肃省水利局长兼总工程师；1949年，任东北水利总局顾问1953至今清华大学水利系教授。如今，全国上下，从科学/工程两院院士、水利系统、黄河长江三门峡三峡建设委员会大小干员，有哪一个能在学历资历上与黄万里一较高低，还不要说他作为科学家的良心、作为公民的责任感。
他以自己数十年的研究观察，只想提醒别再犯愚蠢的错误：国家浪掷几百几千亿、百万生灵涂炭、大好山河糟蹋。
这不是危言耸听。他要说的，是万万不可在中国的命脉大河筑高坝。这话他在1957年说，对于造床质为泥沙的黄河，是万不可在三门峡筑坝的──没有人听。不到两年，所有他预警的灾难（潼关淤积、西安水患、移民灾难）一一兑现。
