直到此时，程世清感到局面有些不好收拾了，才下命令禁止乱杀人。程世清对江西“三查”运动中的恐怖罪行，负有不可推卸的责任。
历史让我们这样看到，从而一定会引起后人深深玩味的是——
“文革”中，越是瑞金、兴国、于都这样的昔日“苏区”，杀人的事件越是蔓延难止，越是暴戾成风，表现为一种群体性的走火入魔，民间性的血色狂欢。在赣南的许多地方，恍如回到上世纪30年代红军被迫北上，国民党打回中央苏区的日子，不同的只是那时被称为“白色恐怖”，而现在的恐怖，则是“红色”的。
据不完全统计，江西在“三查”和随后进行的“一打三反”运动中，共揪斗了90多万人，制造冤假错案4102起，被错误打成“反革命”的有17.1万多人，其中被打死、逼死2万多人。(《当代江西简史》)
江西开展“三查”运动的影响，还波及到了国外。1968年9月7日下午，中国驻刚果(布)大使馆给外交部去电：驻在江西的水电部×工程局派有一个工程队帮助刚果(布)建设一水电站。最近，这个工程队不少人(大部分是技术人员，也有工人)到大使馆反映，国内亲属来信说他们被群众揭发有严重问题，有的是历史问题，有的是现行反革命，已没有资格援外，要他们自动申请回国，接受群众审查，否则从严处理。中国驻刚果(布)使馆人员说，刚果(布)与刚果(金)(即现在的扎伊尔共和国)只相隔一条刚果河，游泳就可以过去。而刚果(金)与台湾建立了外交关系。如果问题处理不好，当事人随时可能游过刚果河，到东部的刚果(金)申请避难。外交部把情况报告周恩来总理，周恩来指示，由江西省革委立即派人调查处理。后将该工程局革委会的全体成员集中到南昌办学习班，才将这个问题解决。
再来说一说“一打三反”。“一打三反”按中央文件的原意，是“打击反革命分子，反对贪污盗窃，反对投机倒把，反对铺张浪费”(《建国以来毛泽东文稿第13册》中央文献出版社，1998年版)可“贪污盗窃”和“铺张浪费”本与百姓风马牛不相及，而在一个全部商业活动几乎都被政府垄断了的国度，民间的“投机倒把”活动，撑死了，也不过是螺丝壳里做道场。就全国来说，“三反”并未成一个运动，“一打三反”其实只有“一打”。
这“一打”与前些时的“清理阶级队伍”明显不同，“一打”的打击重点是“现行反革命分子”。“现行反革命”虽不是“文革”的产物，自从建国后疾风骤雨般清算“历史反革命”开始，以现实言论、思想治罪的“现行反革命”就对应而生了。但就规模与力度而言，这是建国后最大的一次，也是最严厉的一次。遇罗克，就是在个运动里陷入囹圄的，他的“罪状”是：“反革命气焰十分嚣张，书写十几万字的反动文章，组织反革命集团，阴谋暗杀伟大领袖毛主席”。
在江西，总算在当年的报纸上留有踪迹的几件案子是——
吴晓飞，1949年生。“文革”爆发时，刚从福州市第五中学转学到南昌市第一中学。1968年5月6日，因其父吴亚雄(原南昌铁路局局长)被揪斗抄家，牵连抄出吴晓飞的两篇文稿。一篇是1966年10月开始写作的《论文化大革命》，称文化大革命“是一件反常的政治事件”，“人民不管从政治上和经济上说来都得不到一丝好处”;又说林彪“神化毛主席”，江青“是文化革命中无政府主义泛滥的根源”……另一篇是写于1968年初的论述刘少奇一生功过是非的文稿，全面驳斥毛泽东强加给刘少奇的各项罪名，认为这一迫害“不择手段、不通情理”等等。
两篇文稿迅速上报到程世清处，被其定为“全省特大的、罕见的反革命案”。5月7日下午，吴晓飞被捕入狱，连夜进行刑讯逼供。又将其全家拘捕审查，并牵连其亲友20余人，试图挖出一个“反革命集团”。其父在逼供中被折磨致死。
1970年2月27日，吴晓飞以“现行反革命”罪被处决。1980年，获得平反昭雪。
赣南医学专科学校教师陈耀庭、谢聚璋(女)，是一对年轻的夫妇。自1966年10月至1967年12月，两人书写和投寄了10万多字的文章和信件，对毛泽东发动“文化大革命”表示强烈不满，指出已给和将要给国家和人民带来的巨大灾难，并为刘少奇等从中央到地方遭到迫害的一批党政军领导人鸣不平。夫妇俩先后于1967年12月和次年2月因“现行反革命”罪被捕。1970年3月，陈耀庭被执行枪决。谢聚璋被处死刑、缓期二年执行，1971年7月死于劳改农场。
1980年10月，中共江西省委作出为他们平反昭雪的决定，并授予夫妇俩“革命烈士”称号。
再一个是李九莲，1966年的高三学生，原赣州三中红卫兵“卫东彪战斗团”副团长。家庭出身工人，“文革”前任校团委宣传部长、学生会学习部部长。
1969年2月以后，已经摘下红卫兵袖章，分配在赣州冶金机械厂当学徒的李九莲，在日记里写道——可恨乎?宫廷里指鹿为马，无人敢言，是宗派分裂。还是阶级分裂?百姓难断是非，何必跟着瞎跑呢?真是欲加罪名，何患无辞!
抓阶级斗争有什么用呢?只是使人敢怒而不敢言，老老实实，不乱说乱动罢了。“一抓就灵”，有的时候也会失灵。比如下乡工作中的阶级斗争吧，是根本错误，抓学生中的右派，原来不是取消了吗?通过无产阶级文化大革命，人们乃至青年的资产阶级思想是少了呢?还是多了?我看是多了，把政治那一套都看透了。
残冬的太阳余光是明亮的，略有温暖的，然而实在是无力的，不能持久的。尽管是这样，即使穿着棉袄还在发抖的人们，仍不得不赞叹——在人群中说：“啊，多么伟大，多温暖的太阳啊!”为的是……只有那些还没有棉衣的“无产者”才能大胆地说：“它并不伟大，也并不温暖，不然，我怎么会冷得发抖呢?”
她还在给男友的第一封信里这样写道：“马克思说过：‘使人生具有意义的不是权势和表面的显赫，而是寻求那种不仅满足一己私利，且能保证全人类都幸福和完美的理想’。我决心按马克思所说的去度过自己的一生。所以，不能保证自己不走向‘反面’，成为‘罪犯’，这是作了最终的估计……故渴望生活中有同甘共苦、不因任何风险和耻辱而动摇、仍保持生活友谊者。因想到你，希望如此。这是我写这一封信的全部思想与动机。你见信后三思而决。”
男友的名字叫曾昭银，当时是驻福建的解放军某部队的战士。原来也是赣州市三中高三的学生，《卫东彪战斗团》的副团长。此时，他接到李九莲的来信，距他从赣州参军已经整整一年。他很快将信交给了部队政治部。部队政治部又即转给赣州地区革委会保卫部处理。
1969年5月1日，赣州地区革委会保卫部查抄了位于赣州市陈家巷七号的李九莲家。
在她房里，抄出同年元月至4月14日写的三十余篇日记。保卫部认定李九莲写给曾昭银的那封没有署名的信为反动匿名信，搜缴的李九莲日记是反动日记，于同年5月15日，以“现行反革命罪”将其正式拘留审查。1970年元月，赣州地委常委会，依据地区革委会保卫部审查结论和赣州冶金机械厂党委、群众意见，讨论研究了两次，拟定对李九莲教育释放。
分工主管政法工作的地区革委会的一位副主任，也是“支左”部队的一名副师长，不同意此意见，即去南昌，直接将李案材料面呈程世清。程世清听完汇报，匆匆翻了几页案卷后即说：“这不是坦白交代，这是向我们示威!像李九莲这样全面系统地反林副主席，在全国还是少有的!”程当即批示：“性质是敌我矛盾，要从严处理。”副师长回到赣州，在地区“工代会”上传达程世清的指示后说：“李九莲犯的罪，都够杀头了，有人还说放了她!”
程世清干预的结果，迫使地委常委会决议被推翻。在拘押李九莲已经一年零八个月之后，地区革委会保卫部拟就了判决书，称“其手段恶劣，罪恶严重，本应重判。但认罪态度尚好，根据党的‘坦白从宽、抗拒从严’政策，依法判处罪犯李九莲有期徒刑五年。”
程世清的定性和干预，多少“先承旨意”：李九莲的遭际，不过是日后造反派、红卫兵命运惊天逆转的前兆。当然，也标志了其中的一切怀疑和叩问者，与他们早先雀跃投入的“文革”的彻底决裂。
遇罗克、吴晓飞、李九莲，都是“思想犯”，或者干脆说是“良知犯”。倘若说有所区别，遇罗克还有批判“血统论”的文章印在公开卖的小报上，一时洛阳纸贵，满国传抄;吴晓飞既然写好了两篇“反动”文字，早晚可能投寄出去，或张贴去大街上;但李九莲案发时，只是将自己不合时宜的某些想法，写在了日记和给男友的信件中。
李九莲一案表明——在1966年炙手可热的“红八月”里，“老子英雄儿好汉，老子反动儿混蛋”盛极一时，你的出身可以决定你的命运。可到了1970年的“一打三反”运动，则不管你血统如何，只要你有被当局视为异端的思想，就可以治你的罪，杀你的头，而且，一切经过堂而皇之的法律程序。按照古人的说法，这便是“诛心”，哪怕是藏在灵魂最深处的东西，哪怕仅仅是亲友间的悄然私语，都得一网打尽，无所逭逃。
1977年，始终不承认罪错、并以绝食相抗争的李九莲，经两次加刑后，终被认定十恶不赦，死于粉碎“四人帮”的一年又两个多月之后。与她同时被处以极刑的，还有因同情、支持她，并怀疑那个十月胜利的小学教师钟海源。
如果说程世清仅仅是个善于破坏旧秩序、旧世界的革命者，那显然是不全面的。他还是个对建立新秩序、建设新世界充满激情与创意的人。
在新秩序的建立上，程世清最出色的举措，就是将江西整成了一个兵营，军队的建制在赣鄱大地上全面铺开，无论是学校、机关，还是工厂、农村，几乎统统编成了团、营、连、排、班。在乡下，一个公社就是团部，大队就是营部。在中学，各个年级是营，班级则为连。一篇《关于江西拖拉机厂四车间试行军事编制的情况调查》称：“将车间380余人，编成三个连。班是连队的最小单位，每班10-12个人。党支部建在连上，排上有党小组，每班逐步都有党员。经过半个多月的实践，证明军事编制完全适用于工厂企业，对于突出无产阶级政治效果很好。”(1968年9月18日《江西日报》)
各单位里能侥幸逃脱这一建制的，大概唯有厕所了。连劳改农场都笼进去了，将大批中学生送进去后，成立了江西生产建设兵团，下属二十几个团，一团是赛湖农场，二团是芙蓉农场，四团是珠湖农场，八团是恒湖农场……在整个不沿边的中国中部地区，只有江西成立了生产建设兵团。
在“备战备荒”的旗号下，城市各方面大规模地搬迁——
南昌大部分工厂搬去远郊山区的湾里、石岗，程世清宣称要在此建立南昌的“卫星城”。这两个山窝子里，既没有生活配套设施，又都离城里三四十公里，几万人上下班，就靠挤刚开出的十几辆公共汽车，好几次挤死过人。开始用毛竹、泥巴、油毛毡建干打垒，有俩口子新婚住进去，顶棚未干，一下垮下来，压死在里面。机器一转，就算开工了，拉起人马，敲锣打鼓向省革委、市革委送喜报：“XX厂投产成功!”多的时候，一天有十几张喜报，城里总有过节似的热闹。
全省13所大专院校被砍掉8所，另5所被迁到边远山区。如江西师范学院和江西大学文科、江西教育学院合并，改名为井冈山大学，搬迁到井冈山脚下的拿山。江西医学院和江西中医学院合并，改名为江西医科大学，下迁到吉安县的青原山。中学也迁，南昌二中迁市郊梅岭，八中迁永修县马回岭，师院附中迁靖安县，十四中迁奉新县罗坊……除了教学设备、图书、仪器等由汽车运输，十几岁的孩子们统统徒步而去，“忠不忠，铁脚板下看行动”，“苦不苦，想想长征二万五”，一路上毛主席语录歌唱得震天价响。
自1968年8月起，四个月里，全省大学、高中、初中毕业生，到农村落户的已有98610人，同时有87所中学由城市迁往农村，计有学生35240人，还有5000余名大学生下乡当普通农民。加上随父母下放的知识青年，总数达20余万人。(1968年12月24日《江西日报》)
城市居民也下放，每天都有几百辆从各厂矿机关调集来的大卡车出发，主要下放地是奉新、靖安两县。虽然口号是“我们也有两只手，不在城里吃闲饭”，但下放人员中鲜有在城里吃闲饭的，多数人是合作商店的从业人员，个体商贩，以及手工业者。程世清把合作商店和个体商贩一律视为“资本主义尾巴”。在一次商业工作会议上，他重拳一砸，喊出“打倒商人主义!”仅1968年里，南昌市就取消了400多个商业网点，下放291名有影响的工商业者。他宣布，江西是全国第一个“消灭了资本家”的省份。
程世清说过一句在江西几乎妇孺皆知的话：“江西决不做上海的殖民地。”
于是，手表厂、缝纫机厂、自行车厂、保温瓶厂……纷纷上马。在所有的工业产品中，他最青睐的是汽车和拖拉机。“一万年太久，只争朝夕”，1969年底，他一声令下，全省各地同时展开生产1万辆汽车和10万台拖拉机的“大会战”。各地市专门成立汽车制造领导小组，由革委会主要负责人亲自挂帅。程世清亲自以井冈山的五大哨口命名了新成立的汽车制造厂：“黄洋界”，“双马石”，“朱砂冲”，“桐木岭”，“八面山”。何止这五家汽车厂，先后有15个汽车主机厂、306个配件厂、152个拖拉机总装厂、102个动力厂“参战”，其规模之大，战线之长，参加的人数之多，在江西的历史上，也在““““新中国””””的历史上，可能除了搞“两弹一星”，空前绝后。
将军走到哪儿，都是战场，将军出口即是命令。程世清在全省农村强制推行“早、小、密、矮”四字规章，提出早稻播种越早越好，苗越小越好，插秧每亩要3万株以上，并一律要种矮杆品种。千百年来“鸡鸣早看天”，现在全省农民都看程政委的脸下地，他说：“种矮杆路线对，减了产不批评;种高杆路线错，增了产也不表扬。”
将军见什么，什么都是可以裁决成块的兵营。1969年冬，程世清提出“一化带七化”，即“思想革命化带动社队公路化、耕地田园化、灌溉水利化、良种矮杆化、养猪糖化饲料化、运输车子化、路边村旁绿化”。不久，又指示“新农村基本建设模式”——“八字头上一口塘，两边开渠靠山旁，中间一条机耕道，新村盖在山边上”。在将军的一双疾扬不止的大手下，江西的山山水水像面团一样被搓揉，被挤压，即便是鄱阳湖上饱经风浪的老麻雀，也会心力交瘁……
看着脚下一个个战役，如同新春的爆竹一样砰砰然炸开，他大约有一种“天不生仲尼，万古如长夜”的感觉。程世清的膨胀感，给1969年10月间先后下到江西的邓小平、陈云留下了深刻印象。毛毛的《邓小平文革岁月》一书中，只是一笔带过：“父母亲到步校后不久，江西省革委会主任、省军区政委程世清来看了他们。对邓小平，程世清倒没有当面严声厉色地训斥，而是大谈‘文革’后江西‘飞跃的变化’及他在江西的‘政绩’……”
陈云的秘书在回忆录里，则有较详细的描绘——
当天下午4点多钟，招待所的一个工作人员急急忙忙来通知说，省委书记程世清来招待所看陈云。话音刚落，程世清就到了。我们对于程世清这种事先不打招呼，突然来访的作法，心里有些不快。看到他要和陈云说话，我们就离开了。大约过了半个小时左右，程世清走了。
第二天上午，陈云在院内散步时对我们说：昨天程世清来批评了我，他说我过去管经济没有管好，发展太慢。他说江西准备年产六、七万辆汽车，还要把国家现在每年进口的100亿斤粮食包下来(即国家不进口，由江西每年多向国家上缴100亿斤粮食)。我问他江西有那么多钢板吗?如果江西每年多向国家上缴100亿斤粮食，剩下的粮食还够江西老百姓吃的吗?他说江西有办法解决。我没有问他用什么办法解决，因为我知道这是根本做不到的。真是军管经济，胆子好大啊!以后的事实，果然验证了陈云同志的话。(肖华光《记“文革”中陈云同志在江西的日子》)
整整过了十年，陈云对程世清的一番话仍记忆犹新。
1979年3月21日，在中央政治局的一次会议上，陈云谈到当前的经济形势时说：
文化大革命中的军管时期，将军们管经济，有些人经验少，胆子大。像程世清，全国那时搞六七万辆汽车，他说江西也要搞六七万辆。哪有那么多钢板?全国进口粮食的任务，他要江西包下来。过去，江西长时期每年只上交十五亿斤粮食。那时，全国每年进口粮食一百零七亿斤，江西全年只产一百九十七亿斤稻谷，折合一百三十三亿斤大米。把全国进口粮食都包下来，老百姓只剩下九十亿斤稻谷，那还不造反!这些人胆子大，他们说搞什么，就搞什么……(《调整国民经济，坚持按比例发展》)
“军管经济”，或者说“将军们管经济”，在江西，使国民经济受到极其严重地震荡与破坏。
以工厂大规模搬迁而言，仅南昌市轻化行业就拆迁114个工厂，拆掉厂房60万平方米和不少生产线。搬去了湾里、石岗的，虽然投产捷报频传，实际上却没有一家厂具备了开工的条件，只充分具备了工伤与其他意外伤害频频发生的条件，以至于几年后许多厂子又不得不迁回城里。据有关部门计算，全省因搬迁工厂这一瞎折腾，造成直接损失3.2亿元，白白耗去钢材万吨。
以汽车、拖拉机的“大会战”为例，几百家工厂互相争设备、争投资、争人员、争材料，本来就较弱小的地方机械工业的布局与结构完全被打乱。据统计，历时三年的“大会战”，浪费国家资金亿元，钢材2.9万吨。仅制造的“安源—70”型拖拉机零部件积压，损失即达649万元，1200台半成品成了一堆废铁，专用设备也基本报废。“起宏图”——这种走起来“突突突”乱叫、还一路冒黑烟的车子，由原来的板车工人开着，更造成了大量的交通事故，成为当时全国没有、江西独有的一大街头风景。
在农业和农村建设上，所谓“一化带七化”、“八字头上一口塘”……这些喧嚣一时的话语尘土，也未能在江西的大地上开花结果。相反，放眼望去，许多地方是劳民伤财的后遗症，一片民不聊生的常叹息!
