6月16日，朝廷发布上谕更明确地说，虽然拳民仇杀教民，肆行无忌，本应严行剿办，但“愚民无知，姑开一面之网。即著责成刚毅、董福祥，一面亲自开导，勒令解散；其有年力精壮者，即行招募成军，严加约束。该拳民既以义勇为名，如足备折冲御侮之资，朝廷原可宥其前愆，以观后效。究竟该拳民临敌接仗，有无把握，世铎等须细加察验，谋定后动，万不可孟浪从事。”
此谕虽责成刚、董二人“亲自开导，勒令解散”，但实质是要拣选义和拳中的年轻力壮者“招募成军”，一些拳民就可以军队的名义继续存在。但形势变化极快，义和团尚未被招募成军，6月21日，慈禧最后决定向列国开战，发布战争动员令，传旨嘉奖团民为义民。23日，命令各督抚将“义民”召集成团，抵御外侮，特别强调“沿江沿海各省尤宜急办！”这几道谕旨，标志着清廷对义和拳由剿到抚政策最终完成。
朝廷的这几道谕旨，使袁世凯此前严厉处置义和团的种种规定的合法性顿然丧失，在他严打下潜藏数月的山东义和团突然重起，来势凶猛。面对这种情势，袁世凯决心抗不遵命，上奏朝廷说山东良民无心聚众结团，如果现在召集成团，那些一向为非作歹之徒必然会借机公然啸聚，结果是他们不但根本不能抵御外侮，反而使大陆先受其祸，所以对“匪”依然要严厉查禁。当然，对朝廷谕旨他也不能全然反对，表示朝廷办团的决定完全正确，自己会延举公正绅士，认真举办团练。
曾有义和团首领持端王载漪、庄王载勋的令箭到山东济南见袁世凯，说奉端、庄二王之命来此设“坛”。袁世凯大惊，集僚属商议，认为如果允准，则祸患地方；如果不准许，端、庄二王把持朝政，严谴立至。最后决定采取王士珍提出的建议，以“盗王家令箭罪”将该首领斩首，令箭封还。
在找种种理由拒绝朝廷谕旨时，他又一再向朝廷大表忠心：“倘有敌兵登岸，即当躬亲出省督队，与之决战，捍患固圉”，“无论何国来犯，即当亲督各营，竭力剿办，但有臣在，必当尽守土之职分”，“共保危局”。
东南互保以及慈禧太后西狩图
对义和团，无论是山东本地的还是闯入山东的直隶义和团，袁世凯都无情镇压。由于整体不赞成朝廷政策，所以他加入了东南诸省督抚与开战国达成的“东南互保”行列。甚至可以说，他在东南互保中起了非常重要的作用。由于北方各省的电杆电线多被义和团砍毁，包括京师对外电讯基本中断，传递消息非常困难。只有袁世凯在山东境内严控义和团，保护电线电局，所以还能保持线路畅通。朝廷的宣战上谕只能以传统的“六百里加紧”的方式传送全国各省，除直隶外，山东离京城最近，所以袁世凯是除直隶总督外最早接旨的。他知道此事极其重大，在6月23日利用电报率先向李鸿章、刘坤一、张之洞、盛宣怀四人通报了中外决裂的消息，并表示自己未敢声张。盛宣怀与东南一众督抚得到消息后，开始了紧锣密鼓的“东南互保”谋划，并高度称赞袁的不事声张。加入“东南互保”的省份只有山东是北方省份，是义和团的发源地且又开始活跃，这是他与刘坤一、张之洞、李鸿章等远处“东南”且局面相对平静等人的处境大不同之处。而且，烟台设有领事馆的有15个国家，能否在义和团的故乡保护洋人的安全，是对他的考验，甚至是对东南互保的考验。
他决心一定要镇压义和团，但此举又违背朝廷旨意。精于权谋、善于应变的袁世凯抓住八国联军猛攻天津、朝廷命令他派兵马前去增援的机会将计就计，采取了极其狠毒的一招。他命令所有义和团都前往天津增援，令示地方官员：“查东省与直隶交界一带，冒充拳民而实为匪者甚多。现经本部院分缮谕单，派员饬赴各属剀切示谕，果系忠愤义民欲为国家效力，谕令其即日驰往天津等处，帮助官军齐心拒敌，以伸同仇之忱。倘畏葸不前，仍复结党横行抢掠滋事，即系乱民而非义和，应即严捕渠魁，照土匪章程惩办。如敢拒捕，格杀勿论。”
他还四处张贴告示，劝诱义和团迅速离开山东，北上抵制八国联军，强调真正的义和团现在都聚集在北京天津，为朝廷效力，攻打洋人，并且功成之后还有重赏，所以切勿在本省停留。凡是依然逗留本省的，必定是假冒、伪托的义和团，毫无忠义之心，都是黑团。良民要千万留神，不要受这种“匪”的诱胁。官兵剿捕时，玉石难分，保住自己身家性命最重要。“津沽战船毕集，洋兵麇集一方。现已调兵勒捕，断难任其逞强。洋人罪大恶极，无不立见消亡。谕尔拳民义勇，均各效力疆场。现既叠邀重赏，尤应激发天良。速赴前敌助战，毋再羁留故乡。”
如果是义和团，就应赶赴天津与洋人作战，不去天津仍在山东境内的，就是不忠于朝廷的应剿之匪，且格杀勿论！这个办法一方面表示了自己对朝廷的忠诚，另一方面派兵把山东战斗力最强的一部分义和团“礼送出境”，大大减低了消灭山东义和团的困难。
