根据江青的旨意，张春桥安排于会泳担任上海京剧院重点剧目《海港》《智取威虎山》剧组的音乐设计组组长。此后，于会泳成了江青和张春桥的智囊。于会泳先在《海港》剧组担任作曲，了解到江青最欣赏四大名旦中程砚秋的唱腔，所以在为《海港》女主角方海珍设计唱腔的时候，充分发挥了程派唱腔委婉深沉的特点。戏中方海珍唱“忠于人民忠于党”这一段时，抑扬顿挫，发挥得淋漓尽致，特别是“有多少烈士的血渗透了这码头的土地”这一句，荡气回肠。于会泳把录音送给江青。江青听后非常欣赏，大加赞扬。
于会泳在江青心中的砝码日益加重，后来又把他调到现代京剧《智取威虎山》剧组，对全剧音乐进行艺术加工。于会泳在进行唱腔设计的时候，摸清了江青的爱好，尽力讨好江青。于会泳把传统京剧的韵味和西洋作曲的技法糅合起来，例如“打虎上山”这段，他把京剧锣鼓的点子与铜管乐器中浑厚的圆号交织在一起，把杨子荣上山扬鞭策马、风雪怒吼的场面表现得非常逼真，在音乐界受到好评。
1966年国庆节，《智取威虎山》首次得到江青的批准，到北京演出。江青还提名于会泳乘飞机去。到北京后，江青派秘书用轿车接他到剧场，让他坐在自己身边一起看演出，看完演出以后，让于会泳陪同一起上台接见演员，使他受宠若惊。
不久，上海音乐学院学生造反了，红卫兵不知道江青重用于会泳的心思，认为学院里院系的领导都要打倒，于是勒令于会泳回上海音乐学院接受群众审查。当时市委还没有垮台，上海音乐学院党委找市委宣传部，宣传部向姚文元打电话汇报。《智取威虎山》在北京演出结束的时候，张春桥找于会泳谈话：“这样吧，你回上海以后，要和革命小将站在一起。”
1966年底，于会泳回到上海。他知道江青和张春桥是中央文革小组的核心人物，要紧跟。于会泳于是在学院里贴了一张《十四点质问》的大字报，宣布造反，表示他和造反的红卫兵站在一起。1967年1月4日，张春桥、姚文元回到上海，领导上海造反派夺权。他们到上海后，找几个人谈话，其中一个就是于会泳，显示了对他的重视。
一月夺权以后，张春桥在上海公开的场合几次宣布，在上海只保两个人：于会泳和艾玲。于会泳在上海重新负责样板戏剧组，并担任上海音乐学院革委会副主任、上海文化系统革命委员会筹备委员会主任，主要任务是抓样板戏。在样板戏剧组，于会泳收集了剧组内很多对江青不满意的材料，向张春桥当面告状。于是这些对江青不满意的人就遭殃了，或被批判或被判刑。
于会泳靠着江青对他的信任，以及张春桥和徐景贤的全力支持，搞了《海港》《智取威虎山》，又到北京抓《过江龙》，积累了不少政治资本。1968年，于会泳带着《智取威虎山》剧组到北京演出，张春桥说于会泳贡献很大，提名于会泳当上海市革委会常委。按照规定，上海市委常委的候选名单要经过审查后再报中央批准。
1969年初，名单审查完后，准备报中央。张春桥在康平路市委小礼堂召开市委领导成员碰头会，听取组织组的政治审查情况。那天，徐景贤比张春桥先到会议室，组织组负责人告诉他：“在于会泳的档案里，发现了一张纸条，这是当年他在山东参加革命部队以后亲笔写的，内容有问题。”徐景贤很吃惊，觉得事情有些棘手，不敢定夺，准备请张春桥来决定。
在市委常委会上，徐景贤刚提到这张纸条，张春桥一点也不吃惊，淡淡地说：“这事我知道。1966年上海音乐学院学生到北京去揪于会泳，这也是一个理由。这封信后来没有成为事实嘛！”张春桥这么一说，徐景贤心中有数了。徐景贤在会上发表意见说：“我看，问题不大。主要看于会泳现在的表现。”市委第一书记张春桥和负责文教战线的书记徐景贤都表了态，其他市领导也没有人反对。市革委会组织组就把于会泳列入名单。徐景贤告诉组织组：“上报中央审查的时候，不必写上纸条的事情。”在张春桥和徐景贤的保护下，于会泳当上了上海市革命委员会常委。以后，张春桥和徐景贤又提名他当“九大”代表。“九大”之后，于会泳担任了上海市文化局党委书记。
成为江青搞样板戏的得力助手
中共“九大”期间，京剧《智取威虎山》作为为代表演出的首场样板戏，在京西宾馆礼堂上演。演出就要开始时，帷幕中间忽然拉开了一条缝隙，于会泳容光焕发地走了出来。他一反平常拙于辞令的常态，在开场白中肉麻地吹捧道：“我们敬爱的江青同志，为培育样板戏呕心沥血。她实际上是这出戏的第一编剧、第一导演、第一作曲、第一舞美设计！”当着大家的面，江青自然需要故作谦虚一番。她站了起来，装腔作势地嗔怪道：“会泳同志，你别这样说了，再这样我可要离场了。”
1969年以后一个时期，深受江青器重的于会泳，自然成了无可怀疑的“正确文艺路线代表”，那时候反对于会泳，就是反对样板戏，反对样板戏就是反对江青。据“文革”后资料统计，此时上海音乐学院受迫害、冲击的师生达100多人，先后有3人被逼疯，一度精神失常的有4人，2人被关押入狱。在抓样板戏方面，于会泳的确是江青的得力助手。他坚定不移地贯彻江青的意志，从不打折扣，连徐景贤也说从没有见过像于会泳那样忠诚于江青意志的人。
于会泳在京剧方面也算是个内行，他搞起戏来废寝忘食，从修改文学剧本、设计唱腔，到舞台美术、舞台监督等，什么都要亲自上阵，还要当导演。江青对某一方面有指示的话，他都不遗余力地贯彻、落实。有一次为了落实江青的一个指示，他四处活动，竟然累倒在宾馆的走廊上。
由于于会泳在搞样板戏的过程中忠诚执行江青的指示，江青对他非常信任。江青知道于会泳身体不太好，经常开夜车，便多次把自己吃的补药、进口药给他吃，让他补养身体。于会泳很感动，他舍不得吃，把一包葡萄糖专门从北京送给“南京路上好八连”，说这是江青关爱革命样板戏文艺战士的象征。
在江青的支持下，当上了中央委员、文化部部长
由于江青的提名，于会泳在1973年党的“十大”上当选为中央委员。于会泳为此激动不已。然而江青的“关怀”还不止如此。1975年初在北京举行的中共十届二中全会，对四届人大关于政府组成问题进行了讨论。在讨论到文化部部长的人选时，周恩来本来准备让国务院文化组组长吴德担任。但是吴德因为已担任北京市委书记兼北京市革委会主任，工作太忙而婉拒。周恩来于是提议由原文化部长茅盾担任，但张春桥和江青不赞成。江青于是提名于会泳当文化部部长，王洪文、张春桥、姚文元都一致表示赞成。这样，于会泳的提名就通过了。文化部部长名义上是归一位副总理领导，当然最后是要请示总理的，但是大家心里都明白，这个部只能归江青领导。
于会泳当了部长后，表示要与文艺黑线统治下的文化部决裂。他不到文化部大楼办公，而是找了一个原东南亚国家驻华大使馆的房子作为办公地点。于会泳还专门请了在上海时期对他帮助很大的徐景贤去参观。于会泳得意地告诉徐景贤：“这个大使馆原来有一个特级厨师，最擅长做北京烤鸭，我接收大使馆的时候，把这个厨师也一起接收下来了。”
吃烤鸭的时候，徐景贤明知故问：“你这个部长是属于国务院的，你今后请示工作，是找周总理呢，还是找张副总理？”于会泳不假思索地回答：“找江青同志，她有什么意见，我再转告他们。”以后，文化部长果然不找总理，连副总理也不找。江青不愿管的时候，她就对于会泳说：“你去找你们的副总理春桥同志，他是分管你们的工作的嘛。”这时，于会泳才会去找张春桥，但转过头来又会找江青。
作为江青的亲信，也有跟不上“首长”的时候。于会泳当文化部长不久，长春电影制片厂拍成电影《创业》，描写大庆工人战天斗地的事迹，当然也要涉及到石油战线上的领导。电影拍好后送北京审查，文化部领导等都在文化部小放映间里审片，在座的还有《创业》的原创人员，如编剧张天民等。影片一结束，于会泳评价很高：“这是一部难得的好影片！”他看完影片后很快打电话给徐景贤说：“好消息好消息，有一部好影片！”于会泳催促徐景贤在上海也要抓几部好影片。
