在文革中发生过许多令人发指的暴力迫害事件。如果目光仅仅停留在各种群众组织举行的规模宏大的批斗大会，显然是不够的。因为这些比起现在仍然不被外人所熟悉的中央专案组（亦称中央专案审查小组或中央专案小组）所实施的法西斯行为，都只能算是小巫见大巫。中央专案组不仅令人谈虎色变，而且其具体的操作更是罕为人知，中央专案组的结构和作为迄今难于见诸公开出版物。杨成武的回忆揭开冰山一角，领导杨成武搞专案的是周恩来。实际上，整个中央专案组的实际领导者就是周恩来，连康生、江青等都是其手下工作人员。整个专案组的材料最后审批以及在报告毛泽东之前都要经过周恩来之手，材料的真假不是关键问题，关键是能否迎合组织的要求。无论早期的彭德怀专案还是文革期间的刘少奇、贺龙等专案，都是依据中央专案组所提供的材料定性的。
中央专案组的发端与演变
中央专案组和中央文革小组不同，中央文革小组的活动和意见可以在媒体上显著报道，而同样是1966年5月在政治局会议上成立的中央专案组却是秘密的，这个名字从未出现在媒体上。但是，在它存在的13年时间里，它行使的权力不仅远远大于一度存在过的中央监察委员会和中央组织部，也远远大于中央的公、检、法机构。它的成员在文化大革命中拥有的特权相当于列宁的"契卡"和希特勒的"盖世太保"。如果说中央文革小组是文化大革命中煽起动乱的第一个环节，那么，中央专案组则是最后一个环节，它负责为中央文革小组发起的行动作最后的定案。
中央专案组发端于专案审查委员会，而专案审查委员会来源于文革之初成立的一个处理彭（真）、罗（瑞卿）、陆（定一）、杨（尚昆）的临时机构。在刘少奇主持的1966年的5月20号左右的中央政治局扩大会议上，根据毛泽东的指示，会议决定成立对彭（真）、陆（定一）、杨（尚昆）和田（家英）的审查小组（王力称之为四个人谈话委员会），罗瑞卿由军委处理，同时决定由周恩来总负责并且直接担任专案委员会下的彭真专案组的组长。中央的专案审查委员会和军委的审查工作都是由周恩来做统一布置，例如召开专案会议等等。其他各个小组的情况是：陈伯达负责陆定一专案，康生负责杨尚昆专案，安子文负责田家英专案。陈伯达主管的陆定一专案后来转给陶铸继而是谢富治接手。田家英自杀后，在这个临时小组基础上成立了政治局常委领导下的专案审查委员会（实际是向毛泽东负责），下设彭（真）、罗（瑞卿）、陆（定一）、杨（尚昆）四个组，专案审查委员会的主任是邓小平。上述两位作者都认为，在八届十一中全会后，邓小平交班于康生，但是都认为，在整个文革期间〔除周恩来病重期间和去世之后〕，负责中央专案组的是周恩来，并且由周恩来直接对毛泽东负责。）随着文革的深入，此专案机构不仅对所谓的"四大家族"——彭罗陆杨调查，而且对其他的众多人员做调查。随着斗争的深入开展，专案委员会更名为中央专案组，而且制度化，变成一个半永久性的机构。揪出、批斗、逮捕、关押都是由中央专案组作出决定。
自1967年2月起，中央专案组的成员同中央文革碰头会的成员相差无几。中央专案组和中央文革小组不是一个组织，虽然名义上都是直属于中央政治局常委领导、人员组成上基本上也是同一套班子，二者实际上都是直接对毛泽东个人负责。但是中央文革小组是公开的，而中央专案组是秘密的，而后者直接掌握超过国家公检法的权力，负责决定整人、揪斗、隔离、逮捕等等，超越于党章和宪法，凌驾于党组织和政法机构之上。最重要的是，中央专案组和中央文革小组从起源、发展至结束都是不同的。
文革期间，中央专案组同国务院一样成为常设组织。中央专案组的具体工作是由谢富治和汪东兴负责，但是康生、江青觉得需要加强专案组骨干力量。在林彪主持的常委扩大会上，决定从部队调人进入专案组工作，于是大量军队人员被调入，包含李德生等人。最后专案组工作人员多达数千人，其中一度有789位来自解放军的官员，126位解放军军官担任专案委员会下属的专案小组正副组长。
在1967年的秋天，中央专案组极度扩张，调查的案子数量大大增加，由解放军空军司令员吴法宪负责的"罗瑞卿专案组"就已经分成了至少三个小组，处理所有与罗有牵连的案子。毛泽东和周恩来下令中央专案组分成两个办公室，就是后来俗称的"一办"和"二办"。"一办"由汪东兴负责（即任主任），下属多个专案组：例如彭真专案组、陆定一专案组、安子文专案组、胡耀邦专案组、李维汉专案组等，以及后来成立的刘少奇专案组、王光美专案组、"薄一波等六十一人叛徒"专案组、陶铸专案组等，此专案组主要负责对中共中央和国家机关的负责人以及各省、市、自治区、直辖市的党政负责人的专案审查。"二办"和中央军委挂钩，由杨成武负责，杨成武倒台后由黄永胜负责，主要负责军队内部系统的高级将领的专案审查。例如彭德怀专案、罗瑞卿专案以及后来成立的贺龙专案等。
以贺龙专案组为例，称其为主案祖，下面设17个分案组，计有：总参的"王尚荣专案组"、"雷英夫专案组"、总政的"金如柏专案组"、"李贞专案组"、装甲兵的"许光达专案组"、通信兵的"陈鹤桥专案组"、"樊哲样专案组"、工程兵的"谭友林专案组"、北京军区的"廖汉生专案组"、成都军区的"黄新廷专案组"、"郭林样专案组"、武汉军区的"杨秀山专案组"、新疆军区的"张仲翰专案组"、空军的"成钧专案组"、"向黑续专案组"、国家体委的"荣高棠专案组"等。
1968年，"三办"成立，主要负责公检法系统领导干部的专案，三办的主任是谢富治。但是"三办"开始成立的直接目的却是调查"五一六反革命阴谋集团"。"三办"后来也处理许多其他的案子，例如"抓叛徒专案组"。其中最出名的可能是"中国（马列主义）共产党案"，涉案的一个中国科学院经济研究所研究员在拷打下招认存在一个由朱德领导的中共的秘密"影子"，与国民党、与苏共、与蒙古共产党有联系。还有康生的姨妹兼情人苏枚的"谋杀案（法医的证据认为是自杀），此案导致99人遭迫害，其中9人入狱，23人被软禁，3人被逼疯，2人死于审讯者之手。
文革期间，为中央专案组服务，成为许多党、政、军机关的重点任务。1967年10月，中央专案组下又成立了一个专门的中央敌伪档案清查组，而且在北京以外的18个城市由常设的分支专门就嫌疑人的政治历史提供信息。1968年8月，谢富治下令清理公安部的全部档案，为此解放军抽调了700多人，花了18个月的时间才完成这项工作。
中央政治局曾一度考虑撤销中央专案组，就像九大以后撤销中央文革小组一样，但是中央专案组变得太有用处而无法轻易撤销。1970年，它又负责"审查"陈伯达的专案，一年后又有了林彪专案。1975年，中央曾经设想尽快结束专案，中央专案一办、三办和"五一六"专案组随即撤销。但是最终撤销中央专案组还是在文化大革命之后（1978年12月的中共十一届三中全会做出这一决定）。具有讽刺意味的是，它的最后一项任务是为毛以后的领导人处理"四人帮"专案。
周恩来是中央专案组的实际负责人
周恩来虽然不是中央专案组的正式成员，但却主持其工作会议，参与其所有的立案调查活动，给予指示，批阅下面调查小组所提出的报告，并报告毛泽东。但是对外界来说，周恩来同中央专案组的关系并不明朗。但是在很多回忆录中，仍然不免露出些蛛丝马迹。李锐曾经这样回忆：1967年8月间，北京专案组的几个人，持中央办公厅和公安部的介绍信来，要我交代同胡乔木、吴冷西和田家英的关系，特别是在庐山时的情况，并说专案组长是周恩来。曾任中共新疆维吾尔自治区委书记处书记、自治区人民委员会第一副主席的武光回忆说：专案组的人员告诉他，武光专案组是在周恩来和康生同志直接领导下工作的。
在八届十一中全会后，邓小平受到批判，无法继续工作，邓小平把工作移交给康生，但是王力在《王力反思录》中引述戚本禹的话表明，专案组的会议是周恩来主持的。实际上，此专案委员会及以后的中央专案组，都是由周恩来主持其日常工作并直接向毛泽东负责。实际上，决定成立什么专案组、由谁分管、选派专案组工作人员，均是在周恩来主持的中央文革碰头会上，由周恩来亲自提出，经大家讨论同意，再由周恩来签名报毛泽东、林彪批准。
例如在1967年10月8日，一张署名为"中国共产党中央非常委员会"的传单引起了中央高层的深切关注。传单批评了毛泽东、林彪等，唯一对周恩来提出了表扬。周恩来接到此传单后立即转交给毛泽东。10月10日，毛泽东在人民大会堂召开中央常委扩大会议，研究传单问题。毛泽东在会上决定由周恩来负责组织破案。当天晚上周恩来主持召开中央文革碰头会，并指定陈伯达负责，谢富治和吴法宪参加。
由于中央专案组的极度扩张，从部队抽调了一大批人员充实到专案组工作。所有的抽调人员在北京集合后，由周恩来带领中央文革碰头会的成员召集开会，说明任务的重要性，并布置工作。周恩来每隔半个月就在人民大会堂的东大厅主持召开一次专案组全体工作人员会议，由每个专案组依次汇报工作。
