1966年3月，由北京市委书记万里出面，让吴晗下乡去参加农村“四清”工作。显然，市委领导是想保护吴晗，让他换一个环境。当吴晗来到北京郊区昌平县大东流村时，对“三家村”的声讨已经遍及全国。吴晗下乡时化名李明光，群众并不知道他就是要批斗的吴晗。
村里开会批判吴晗、“三家村”时都请他去参加，整天广播喇叭都在喊“打倒吴晗”。有一天公社批斗一个流氓小偷，揭发批判时，有人居然说这个流氓小偷是受吴晗的影响和腐蚀的。此时的吴晗心如刀绞，他怎么也想不通自己的一番心血竟会成为令人痛心的众矢之的。
自5月8日开始，京沪两地各大报刊纷纷发表姚文元、关锋、戚本禹等人的文章，矛头直指北京市委。八天之后的5月16日，毛泽东亲自主持制定了《五·一六通知》，“文化大革命”正式开始。斗争目标从吴晗扩展到党政军各级领导干部和文艺、理论、教育、新闻、出版等各界的知识分子。此时，吴晗已被称作“反动学术权威”“反党反社会主义的资产阶级代表人物”，逐步失去人身自由，被揪到各处批斗，经受更加残酷的迫害。
走向人生终点
吴晗以真挚的热忱，按照当政者的意图，让海瑞这具政治僵尸再度复活，结果反使自己和两位亲人相继丧命。
1966年5月，吴晗被正式揪出来为长达十年的“文化大革命”开刀祭旗了。他几乎每天都要接受揪斗，饱尝难以忍受的痛苦与屈辱。当时八岁的儿子吴彰后来在回忆文章中写道：“我永远忘不了他们把爸爸跪绑在烈日下的枯树干上，往他脖子里灌晒得滚烫的沙子。他们抡起皮带抽他，揪他的头发，拧他的耳朵，用各种想得出来的法子侮辱他。爸爸三天两头被拉去游斗，学校要斗，区里要斗，县里要斗，这里要斗，那里也要斗。”
在批斗之初，吴晗全家住在北长街原来的住处，但后来被扫地出门。红卫兵勒令他和妻子袁震每天到北长街扫街道，并且随时把他们夫妇揪出来侮辱。酷暑烈日下，吴晗被拖到马路上，跪在粗硬的瓦砾上，遭受残酷的毒打。每次爬起来之后，都是膝盖皮肤划破，鲜血染红双腿和土地。而这时的吴晗，一拐一瘸地回到住处，擦去身上的血迹，便拿起毛泽东签名送他的着作来看。
1968年3月，吴晗正式被捕入狱。
就在吴晗入狱的第二个月，他的妻子袁震也被送入“劳改队”，实行“群众专政”。
吴晗和妻子袁震几十年同甘共苦，很为熟知他们的人所称道。袁震长期身患重病，不能生育。新中国成立后，他们的家庭生活比较安定，袁震的身体也慢慢地好了起来。这时，夫妻俩都想有个孩子。他们的心事被康克清知道后，建议他们从孤儿院领个孩子抚养。吴晗接受了康的建议，从孤儿院借来几张孩子的照片，并看中了小彦。这个小姑娘长得很机灵，很讨人喜欢。吴晗亲自到孤儿院把她抱回来。不久，又从孤儿院抱回一个男孩，取名吴彰。从此他们的家庭增添了新的内容和欢乐。
在全国一片声讨“三家村”的喧嚣声中，这个温暖的家庭被破坏了。吴彰在《幸存者的回忆》中写道：“深夜里的猛烈砸门声常常把人吓醒，我缩在妈妈怀里。他们翻过围墙，破门而入。整个院子里贴满了‘该死’‘砸烂’的大标语。外国友人送给爸爸的礼品当做‘四旧’被砸烂了，电视机也不能幸免。就连爸爸珍藏的姐姐从三岁起画的图画，都在斥骂声里付之一炬……”
进入1969年，一件件更加悲惨的事向这个家庭不断袭来。3月17日，袁震被允许从劳改队回家看病。当晚，住同院的万里听说袁震回家的消息，特地送来了一碗红豆稀粥。谁也没有想到，这竟是她“最后的晚餐”。备受折磨，身体已垮的袁震，当天夜里突然病情加重，大口喘气，全身抽搐。小彦和吴彰立即把母亲送到北京某医院，但由于她是吴晗的家属，同时又是右派，医院把她视作敌人，没有进行抢救，翌日凌晨，一生苦难的袁震撇下了两个未成年的孩子，与世长辞了。直到小彦去太平间为她更衣时，袁震的双眼还半睁半闭，面颊上残留着几滴清泪。
1969年10月11日，突然有人来叫小彦和吴彰去看他们的爸爸。姐弟俩异常兴奋。他们将近一年未见爸爸的面了，以为这次是造反派大发善心，让他们探监。但当他们出门时，来接的汽车竟是医院的牌子。姐弟俩预感到这是不祥之兆。果然，来人对他们冷冷地说：“你爸爸今天早晨死了。”
吴晗的尸体已被带走，只有一条血迹斑斑的裤子留在了姐弟俩手中。从此，姐弟俩相依为命，苦度人生。1975年，小彦被捕入狱。被抓走那天，刚动过阑尾炎手术，身上还有医生当日开具的证明。她脚带镣铐，阑尾疼痛就给止痛片，哭喊就注射冬眠灵，门牙被打掉了，额头上打开了口子……农历八月十五之夜，小彦在牢房里想起了全家一起度过的最后那个中秋节，此时彼时，此地彼地，死者生者，百种滋味交杂缠绕，她毅然用死向当权者们提出了抗议，但未能如愿。她刚被抢救过来，就又被送回了牢房。
1976年9月23日，在黎明之前的黑暗中，22岁的小彦死在狱中。此时，距江青集团垮台和文革结束只有两周时间。
吴晗以真挚的热忱，按照当政者的意图，让海瑞这具政治僵尸再度复活，结果反使自己和两位亲人相继丧命。富有戏剧性的是，海瑞和吴晗，尽管相隔三个多世纪，但无论人生遭遇、政治主张、道德观念，还是个人生活，都有着惊人的相似之处。只是吴晗似乎远不如海瑞幸运，至少那位“海青天”的结局，是得到了嘉靖皇帝的宽恕。
