《港版国安法》横空出世，加入《基本法》附件三，却可凌驾《基本法》之上，使香港的法制和人权保障顿时掉进陌生的世界。
《国安法》令人讶异之处，除了隐秘立法，实施时才公布条文，更在于行政机关握有不受制约的权力。同刑事案件相比，行政机关在执法丶宣传、检控丶司法等方面，都有更大公权力。制度上，除了特区当局创设维护国家安全委员会，又在警务处成立国家安全部门，法律亦规定由北京在港设置维护国家安全公署，而前两者的开支及人手编制，由行政长官批核即可，无须立法会审批。
职责上，维护国家安全委员会的工作，还涉及「采取必要措施」，加强对学校、社会团体、媒体、网络的「宣传、指导、监督和管理」。这些工作涉及甚么并不明确，会否影响办学自主丶新闻自由和言论自由，亦欠制度约束，因为该委员会的工作，有异于其他公共机构，信息不予公开，其决定（如监听疑人）亦不容司法覆核的挑战。
司法方面，行政长官可直接委任法官专门审理国安案件，任期一年，委任者当然可按其表现决定是否续任，而任期之内，亦可因言行不妥当而被取销资格。同时，法院审理规则有变，一是可免除陪审员制度，二是申请保释提高门槛，须由控方证明被告保释期间有可能继续犯案，而拒绝保释，变成辩方证明被告不可能犯案，才能批准保释。
加上在审讯过程中，某些行为是否涉及国家安全，某些证据是否涉及国家机密，法庭不能自行研判，须由行政长官证明，而其证供将直接影响被告罪名是否成立（如叫「林郑下台」是否危害国家安全丶报道特首办向中央提交的抗疫工作报告是否泄露国家机密）。最后是释法权，则由全国人大常委会把关。整个审讯程序，由国安法官、特首证供到法律解释，都跟控方有关，如今可以不用回避利益冲突，跟现行法制有天渊之别，大家又怎会不惊异呢？
《国安法》问题多端，不少舆论已经指出，这里不赘，上面主要指出，此法是打破《基本法》的限制，授权执政者大量不受约束的权力，在原定以普通法为本的《基本法》框架之外，另设一个《国安法》框架，令香港的法制若非有平行时空，也是二元并存。
表面看，只要不掉进《国安法》框架内，避免国家安全单位的招呼，市民依旧享有普通法制度的保护，因此即使《国安法》抵触现行香港法治制度，但若影响者不多，大多数人仍可生活如常。问题是，该法涉及的四项罪名含义广泛，可以牵连甚大，如「分裂国家」可以不涉及武力或武力威胁（如挥动写有「香港独立」的旗帜、标语）、「颠覆政府」目的可以不是推翻政府（如群众非法集会阻挠立法会通过法律）丶「恐怖活动」可以是以非法活动（如破坏交通灯）实现政治目的丶「勾结外国势力」可以是向外国提供国家机密（如记者报道一些独家新闻）等等。结果现时属无罪的便跌落法网，另一些本可由《公安条例》或《刑事罪行条例》检控的，都变成破坏国家安全的大罪人。
若可选择以「国家安全」框架或一般框架去对付违规行为，当局自然偏向选择前者，因为调查权力大而约束少，无须向公众交代，而成功起诉机会又高，兼且免受独立机构监管。加上《基本法》不能制约《国安法》，发展下去，「国家安全」框架成为管治香港的常用手法，维护国家安全委员会亦会坐大，成为统治重心。到时主政者不单针对反对者，更会密切留意同阵营的政敌，掌握他们的情报，从而消除来自内部的威胁，但亦会挑起内部矛盾，香港的政治局面亦将加添不稳定的变数。
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