12月25日，孙中山突然回国，4天后，孙中山以17省中的16票绝对多数当选临时大总统。1912年1月1日，孙中山在南京就职中华民国临时大总统。次日，张作霖、冯国璋等15位清廷元老通电反对共和、主张君主立宪。袁世凯对孙中山占据大总统位置相当不满，孙中山表示同意退让，条件是清廷退位和保证共和。袁世凯满口答应，但他两面讨巧，不愿背负背叛清廷的恶名，逼宫退位结束帝制的历史重担就落到了段祺瑞的肩上。
1月26日，湖广总督、第一军军统段祺瑞领衔联名北方诸军统兵大员46人，通电全国、宣示中外，要求清廷退位，“立定共和政体”，2月5日，段祺瑞再次联合军头通电逼宫。
2月12日，隆裕太后带着6岁的溥仪，举行了最后一次朝见仪式。之后发布了《清帝退位诏书》，2000多年的帝制宣告结束。
段祺瑞以“一造共和”的首创功名载入史册。2月13日，孙中山辞任临时大总统，2月15日，袁世凯出任临时大总统。段祺瑞逼宫有功，出任陆军总长。
在袁世凯的眼中，段祺瑞是他袁氏王朝的开国功臣，而非什么立定共和的时代英雄。然而，事实证明，袁世凯这一次看错了，错的相当离谱。
反对帝制险遭暗杀，二造共和
袁世凯出任民国第二任大总统后，表面高唱民主共和，暗地里却紧锣密鼓，加紧帝制复辟步伐。1913年3月20日，即将出任内阁总理的宋教仁在上海遭到暗杀。之后，袁世凯弹压了二次革命，解散了国会第一大党国民党，孙中山、黄兴被迫流亡日本。
对于坊间传说袁世凯要复辟的事，段祺瑞向来半信半疑，早在袁世凯镇压二次革命之时，袁克定曾托人试探段祺瑞：“二度全国通电，拥护袁大总统称帝，如何？”段祺瑞一愣，立刻反击：“胡闹！我段某人只知通电共和，岂能通电复辟？大总统也断然不允。”
袁世凯决定搬掉这个绊脚石。1914年5月，袁世凯废除了孙中山南京《临时约法》，另立新法。同时成立了陆海军大元帅统帅办事处，以大元帅的身份直接控制军权，由北洋之龙王士珍节制海陆军，段祺瑞的陆军部名存实亡，段祺瑞成了办事处的办事员，一个打杂的小吏了。
1914年10月，袁世凯决定成立模范团，计划取代半壁江山都是段祺瑞人马的北洋军，并打算让袁克定出任团长，段祺瑞为人向来刚直，公私分明，在统帅办会议上，段祺瑞直来直去：“云台（袁克定字）没带过兵，我看不行！”袁世凯气得肝儿颤，“你看我行不行？”
段祺瑞没有料到的是，更大的冲突还在后面。
1915年5月，袁世凯为取得日本人支持其称帝，冒天下之大不韪签订了丧权辱国的“二十一条”，段祺瑞领衔19省将军通电请缨，强烈反对，不惜与日本人决一死战。并表示，通电共和、又取消共和，二十四史中绝无仅有，这种出尔反尔的事不干！
袁世凯复辟帝制箭在弦上，一方是家国大义，一方是昔日恩义，段祺瑞陷入了前所未有的困境，内心久久不能平和。
“论公，宁死不参与，论私，芝泉只有退隐。”5月31日，段祺瑞主动请辞。
接着，袁克定干了一件让他老子袁世凯都震惊不已的事，袁公子派人在段公馆安放了一枚炸弹，准备引爆，万幸被及时发现了，段府上下一片恐慌。袁氏心惊之余，正式免除了段祺瑞的陆军总长职务。
1915年12月12日，袁世凯称帝，这个洪宪帝制仅仅存活了83天。期间，四面楚歌的袁世凯病倒在床塌上，走投无路之下，再三请求段祺瑞去中南海一叙。宅心仁厚的段祺瑞动了恻隐之心，中南海怀仁堂，袁世凯几乎用哀求的口气对段祺瑞说：
——“请芝泉出山，再帮项城一次……”
——“取消帝制，芝泉当鼎力相助。”
——“好，好，取消帝制。”
1916年6月6日，忧愤中的袁世凯撒手人寰，段祺瑞在历史的纷闹与叹息声中完成了二造共和。
谢绝黄袍加身
袁氏弥留之际，口中喃喃，“他害了我”，所指究竟何人？多少能猜测到一点了：少主袁克定。
坊间有个故事，袁氏某次午睡方醒，宫中小童玉杯进茶，失手把玉杯摔得粉碎，小童赶紧解释说，看到床上有一条‘五爪金龙’，才惊慌失措摔碎杯子。袁大人听后，表面故作镇静，内心暗自窃喜。
大公子袁克定要把袁氏甩出好几条街。一心想做皇太子的他，不仅暗杀段祺瑞，还伪造日本政府在天津官媒《顺天时报》，专编一些日本人支持袁氏称帝的假消息，每天送给父亲看，终于把袁氏从英美派整个洗脑成了投日派。伪报被袁克文和其胞妹叔桢无意中发现，东窗事发，袁项城大怒，鞭打太子，大骂其“欺父误国”，然木已成舟，悔之晚矣。袁氏临终前多有感触，特将藏在“金匮石室”中的“嘉禾金简”上袁克定的名字替换成了段祺瑞，袁氏定下的三个接班人依次为黎元洪、徐世昌、段祺瑞。
据民国史学者唐德刚《段祺瑞政权》所述，袁氏尸骨未寒的数小时之内，北洋系文武要员数十人坚持要段氏黄袍加身，继任大总统，段氏拼力拒绝，唇枪舌战，亲赴黎府向黎元洪三鞠躬行国礼，拥戴黎氏出任大总统。
纵观段祺瑞一生为人，公忠体国、不栈恋权力，传闻倒也符合段氏节操，段氏之后力举袁氏国葬，也颇能反映出他公私分明、知恩图报的儒将风范。
袁世凯离世提到的“约法”二字，无人知晓是指孙文“民元约法”，还是他本人“袁记约法”，但无论何种约法，如果没有复辟称帝的闹剧，历史将完全进入另一条轨道，袁氏归西后北洋集团分裂、军阀混战，乃至红魔乘乱侵袭我中华大地的概率将大大减小。
历史的记忆与轮回
袁氏当国结束后直至蒋介石一统天下十年间，段祺瑞执掌过黎元洪政府国务总理，粉粹了张勋复辟梦三造共和，1924年出任中华民国临时执政府，在风云激荡的转型世纪中，段祺瑞成为共和路上的坚定守护人。
盘点段氏人格操品，颇可圈可点。一生清廉可风，不贪污肥己，不卖官鬻爵，不抽大烟，不酗酒，不嫖娼，不赌钱，赢得“六不沾总理”美名。更令人想不到的是，段祺瑞一生没有房产，是民国少有的买不起房的国家领导人。
1919年五四运动，为共产党的街头政治、群众运动、打砸抢暴力大开方便之门，国民革命被共产革命篡改变异。1926年3月18日，李大钊等人在段祺瑞执政府门前导演了一场激进的学生运动，47人死于枪弹。此后中共教科书上，段祺瑞成了亿万人唾骂的刽子手与民族罪人。然而，诸多史料佐证，段祺瑞当时不在执政府内，更没有下令开枪。翻阅当年北京警察局问询笔录，领头学生个个有备而来，挥舞着削尖的木棒，疯狂袭击卫队，攻占总统府，卫队开枪更像是一场职责范围内的合法自卫。
“三一八”事件，段祺瑞被迫下野。1933年，为了抵抗日本人的裹挟，段氏受蒋介石邀请，南下远赴南京，后移居上海。
1936年11月2日，段祺瑞于上海宏恩医院病逝。国民政府和蒋介石给予段氏隆重国葬，哀荣之极，回想段氏给予袁氏的盛大国葬，历史完成了一个公允的轮回。
