2003年7月第一台发电机组试运时发生故障
2002年10月29日朱镕基主持国务院三峡工程建设委员会第11次会议，确定在11月6日进行导流明渠截流的合龙，自此三峡水库开始蓄水。这是朱镕基最后一次以国务院总理兼国务院三峡工程建设委员会主任的身份主持国务院三峡工程建设委员会会议。
2002年11月15日74岁的朱镕基在中共十六届一中全会上不再担任中共中央政治局委员和政治局常委职务，退出了中共中央领导核心层。接着在2003年3月全国人大会议上卸任国务院总理，退居二线。
2003年6月1日三峡水库和三峡船闸开始试运行。7月1日上午9时58分，三峡工程第一台发电机组2号机组开始进行72小时并网试运行。就在并网试运行即将结束时，4日5时52分，2号机组发生运行故障，机组随即跳闸停机。经过一天多的紧张抢修，2号机组于5日11时16分重新启动，开始新一轮72小时并网试运行。此时已经退居二线、闲散在家的朱镕基还是未出席首批机组发电和永久船闸通航的庆典。
2003年7月13日零时20分三峡库区秭归县千将坪村发生山体滑坡，造成15人死亡和9人失踪，4家乡镇企业被摧毁。三峡水库蓄水是导致山体滑坡的主要原因之一。
2013年9月5日《21世纪经济报道》发表题为“三峡电站频现非计划停机运行十年就已老化”的报导。报导揭示，自2013年以来，三峡电站已发生了7次非计划停机，其中，5、6、7月三个月的时间里，就发生了6次。运转10年，隶属于长江电力的三峡电站已开始陷入设备老化的困扰。报导还揭露，为了维护好32台大机组和2台小机组，长江电力花了大力气。如今电站运营人数几百人，但维护人员就有接近一千人。三峡工程平均每台发电机组的维护人员高达30多人，这个数字本身就说明，发电机组的质量不好，维护成本非常高，导致三峡水电站的管理成本非常高。
三天之后，三峡集团向《第一财经日报》回应称，今年出现非计划停机集中在近两年投产的“婴儿”机组，这是新机组在磨合期的正常现象。
2025年7月19日雅下水电工程开工，官媒宣传，雅下水电工程的年发电量为3000亿千瓦时，是三峡工程的三倍。由此推论，三峡工程的年发电量为1000亿千瓦时。中共官媒的宣传，把雅下工程吹上了天，但把三峡工程直接架在火上烤。三峡工程的平均年发电量距离1000亿千瓦时还有很长一段路。三峡工程的年发电量没有达到1000亿千瓦时的目标，应该是和发电机组的质量有关。
