口腔卫生不佳的人有较高的风险得到牙龈疾病。
牙龈炎是牙齿表面上的菌斑引起的牙龈发炎。牙周病是一种低度而慢性的发炎。它是由致病菌引的牙龈发炎，可导致骨质流失、沾黏性丧失、牙齿松动甚至丧失。
除非定期看牙医，牙周病常不被人察觉，也常常不会造成不适。美国疾管局的统计，约47%的人有牙周病，而65岁以上的人约70%罹患牙周病。最近几年的研究发现，口腔的细菌除了能够引起阿兹海默症外，也和身体许多疾病有关。
2005年科学家以牙龈紫质单孢菌感染猪做实验发现，即便没有高胆固醇血症，反复的菌血症也会引起冠状动脉和主动脉粥状硬化。有许多研究发现，在动脉的粥样斑块中可找到牙周病的细菌。目前有许多专家认为牙龈紫质单孢菌会促进动脉粥状硬化的发生。美国牙周病学会也指出，牙周病患者罹患冠状动脉疾病的机率比一般人高一倍。此外，与牙周炎有关的细菌进入血液循环会造成C反应蛋白的上升。C反应蛋白是血管发炎的标记。
2014年科学家以老鼠做实验发现，口腔感染牙龈紫质单孢菌会改变肠道菌丛，增加拟杆菌门细菌和减少厚壁菌门细菌，这种菌相的改变会导致回肠的漏失，而产生内毒素血症和全身性的发炎。近年来有研究发现类风湿性关节炎的病人有较高的机率罹患牙周病，尤其是ACPA-阳性的类风湿性关节炎。
由上述可知，口腔卫生和健康极为重要，不是只有造成牙周病而已。所以减少口腔的细菌滋长是非常重要的保健方式。目前已知会增加口腔细菌滋长的情况包括抽烟、用药、基因、食物的种类、青春期和怀孕。此外，如果有牙龈炎的话，也要积极的治疗治疗。因为如果牙龈炎不治疗的话，牙齿和牙龈中间会形成一个牙龈下小袋，其内充满了细菌。在这种情况下几乎不可能除掉细菌了。这是很重要的议题，因为大约一半左右的成年人都曾经罹患过牙龈炎。
比上述例子更骇人听闻的是
口腔细菌“具核梭杆菌”竟然和大肠癌有关！
2011年分别有三组有科学家同时研究大肠直肠癌和远离癌症之正常大肠组织。比较这两组样本的肠道菌丛后发现，大肠直肠癌的样本有一个共同处，那就存在大量的具核梭杆菌基因。
2014年有研究发现，具核梭杆菌竟然是“穴居在”大肠癌细胞中。也就是说这些细菌住在大肠癌中，不过是在癌细胞的外面。研究发现，有一半的大肠直肠癌可找到这种细菌的存在，而且令人惊讶的是肿瘤发生肝转移时，这种细菌也跟着出现在转移的癌症组织中。
研究人员发现，原发的大肠直肠癌和肝脏转移癌相隔两年，但是出现在肝脏癌组织的细菌是原先就感染在大肠癌上面的，并不是后来才感染得到的。
换句话说，如果原先的大肠癌没有感染这种细菌，那么肝脏的转移癌也不会有这种细菌。
研究人员认为，这种细菌显然是随着大肠癌一起转移到肝脏的。这是否表示，这种细菌是大肠癌的一部分？为了回答这个问题，科学家做了一项有趣的实验。他们把这个感染具核梭杆菌的大肠癌接种到老鼠身上，让这个癌组织长大后，再切一小块移植到另外一只老鼠身上。如此重复四次，到了第四只老鼠身上后，还是可以从这个移植的大肠癌内发现这种细菌。这细菌和癌细胞可是黏得紧啊！
更有趣的是，当科学家用杀菌剂“甲硝唑（metronidazole）”治疗移植的老鼠后，具核梭杆菌被杀死了，肿瘤的生长也跟着减缓了。相反地，用红霉素当作对照组（红霉素无法杀死具核梭杆菌），则可以发现，肿瘤的生长不受影响。显然具核梭杆菌可提供某种大肠癌需要的东西。虽然目前还不清楚，但是具核梭杆菌的确在大肠癌的发生上扮演重要的角色。进一步分析发现，伴随具核梭杆菌的大肠直肠癌有较高的比例出现特定的基因变化。
口腔的细菌主要在哪里？答案是舌苔。舌苔是口腔细菌的大本营。舌苔通常是白色的。有时可以变成黄色，甚至是黑色。不管什么颜色，舌苔基本上就是多层细菌和霉菌的组合。舌苔一旦取下来放在纱布上来看都是带有颜色的，从浅咖啡到深咖啡都有。这是因为不同细菌有不同的颜色所造成的。
口腔菌丛之间应该维持生态平衡，用漱口水消毒或使用抗生素都会破坏细菌之间的平衡，这样会让某些细菌成为主流。舌苔也不能够用牙刷去刮，因为会把舌头上面的鳞状上皮细胞弄得粗糙，让细菌更容易附着和生长。一旦菌落之间失去平衡，舌苔颜色会改变、出现口臭，也会有自觉性的口腔异味。
密苏里州的医师于2018年9月在《新英格兰医学期刊》报告一个蛮吓人的个案。一位中年女性因车祸而使用抗生素。结果不到一星期，舌头出现黑色的舌苔。后来停用抗生素并力行口腔清洁后才恢复正常。
