蒋中正在上海清共成功后，发布了通缉南京事件祸首第2、第6军政治部主任李富春和林祖涵(林伯渠)的通缉令。
江右军首领程潜和张辉瓒在南京事件发生后次日发出的报告中称，抢劫风潮是残留城内的“逆军余孽”和“地方流氓”在“反动分子的煽动”下干的，蒋介石抵达上海后也宣称南京事件祸首是直鲁军宣传队的何海鸣等人“乔装南军”所为。
但是，南京事件的排外和抢劫风潮发生在江右军全面占领并控制南京之后，持续时间之久、规模之大，如果全系溃败的直鲁军所为，是不可能的。遭到抢劫的外侨也指出，抢劫者是身穿国民革命军制服、讲湖南、广东、江西等地方言的军人。英、美、日领事的报告也分别以大量事例证明抢劫领事馆的是江右军士兵和下级军官。[9]
此外，在抢劫过程中，江右军长官和政工干部曾赶到日本领事馆和美孚油行，命令和劝告抢劫者离去，从他们采取的制止方式判断，抢劫者属于友军或本军，而不是“逆军”。程潜在报告中也承认“此次克复南京，不图有反动分子，勾结地方流痞及逆军溃兵，并煽动少数不肖士兵，有掠夺危害外侨生命财产之事”，承认有江右军的“不肖士兵”参加了抢劫。中国记者事后调查报告也称江右军士兵是肇事祸首，《国闻周报》第4卷第22期《轰传世界之南京案调查纪实》中称，“有湖南口音兵手舞枪支大声言‘有要发洋财者统随我去抢’，于是车夫流氓等，千百成群，附之而入外人之教堂学校医院者”。此外，江右军一些部队，如第40军贺耀组部，在1927年1月收回九江英租界时，就已有抢劫外侨的先例。
蒋介石得知南京事件的消息后，下令追查抢劫者的责任。3月25日下午2时，程潜携第6军第17师师长杨杰会见前来交涉的日本第24驱逐舰队指挥官时，指责共产党是煽动南京事件的幕后主使。第40军军长贺耀组也派人到日本领事馆，通报江右军各部的标志。
日本外务大臣币原喜重郎认为中国共产党设计南京事件，目的在吸引列强介入北伐来打击蒋中正，若蒋中正对列强妥协、道歉，亲共势力就可借题发挥整肃国民党右派;若不妥协，更能让蒋中正嫡系部队与列强兵戎相见，达成消灭蒋中正的目的[10]。对于南京政府所说的此事是中共煽动的说法，美国方面有人认可，有人不以为然[11]。对蒋中正而言，打倒中国军阀才是北伐宗旨，不可能无端策动南京事件与英国为敌。
善后处理
1928年2月，黄郛出任国民政府外交部长，开始和英美协商“宁案”善后。英国因此时中国局势并不明朗，不急于善后，而美国则态度积极。
南京政府首先答应美方提出的“惩凶”和“保障美人在华安全”的要求，并在3月26日，下令处决宁案“肇事士兵及流氓”33人。关于赔偿一事，美方索赔甚巨。因英美炮击也造成了中方百姓的重大伤亡和财产损失，南京政府希望美国能表示些许歉意做做样子，但美方态度强硬，只同意为考虑南京政府面子，不把赔偿写入任何正式文件，秘密进行。3月底，中美“宁案”交涉结束。4月4日，南京、华盛顿同时发表《宁案中美协定》全文。由于美方在交涉中没有让步，美国国内认为此事是外交上的一项胜利，而中国国内舆论则对此表示了普遍的不满。
之后，英、法、意纷纷效仿美方的“接受国民政府道歉和赔偿”和“开炮系正当防卫”的立场。8月，中英达成善后。
而日本由于若槻礼次郎首相坚持“不干涉中国内战、支持蒋介石统一运动”的政策，也就没有追究责任。但隔年发生的济南事件令情况趋于复杂，于是“宁案”的善后又和“济案”的交涉连在一起，迟至29年5月才了结。
“宁案”善后中，国民政府付出了大笔赔款，本身并无绩效可言，但这确是在国民政府建立之际打破外交孤立的一次努力。通过妥协，换来了列强的承认，实现了南京国民政府和欧美列强邦交正常化。
1吕芳上，北伐时期英国增兵上海对华外交的演变，中央研究院近代史研究所集刊，27期
2 Keiji Furaya, Chiang Kai-Shek His Life and Times, translated by Chun-Ming Chang,(St.John’s Universtity1981)p.189
3郭廷以，俄帝侵略中国简史，1985年6月，文海出版社，第65页
4《矢田致币原函》、1927年4月5日，《日本外务省档案》(缩微)PVM26;Foreign Relations of the United States,1927, VO.III.P.153.
5郭廷以，中华民国史事日志，台北，中央研究院近代史研究所，1985年
6《昭和二年三月二十四日南京事件南军暴行情况》，《日本外务省档案》(缩微)PVM26。
7有关南京事件里中方人员死伤人数统计，见《南京市总工会关于南京事件的调查报告》，1927年4月，南京市档案馆藏;《申报》，1924年4月7日;《革命文献》第14辑，罗家伦着，606-607页、612-615页。
8日本外务省，日本外交文书，昭和2年，第一部第一卷，第527页
9美国国务院档案，U.S. Dept of State: Records of Depaitment of states Reatling to Internal Affairs of China,1919-1929. M.329; H.G.Woodhead: the China Yearbook,1928, pp723-726.
10卫藤沈吉，卫藤沈吉著作集，第3卷，东方书店
11费正清.剑桥中华民国史.
