中共1949年10月建政后，周作人搬回北京八道湾的老房子，专心翻译欧洲古典文学和写作，以稿费维持生计。从1952年8月起，他出任北京人民文学出版社编制外特约译者，每月预支稿费200元人民币，按月交稿。
1957年“反右”运动中，周作人在北京图书馆工作的儿子周丰一被划为右派，停发工资，让他的经济负担大增，他只好给中共领导人写信，他的稿费此后增加到每月400元人民币。这在当时可不是笔小钱。
人民出版社负责与周作人联系的编辑文洁若在《晚年的周作人》一文中写道：周作人翻译了不少日本古典作品，时间跨度达一千多年。每一部作品，他译起来都挥洒自如，与原作不走样。最难能可贵的是，不论是哪个时代的作品，他都能够从中国丰富的语汇中找到适当的字眼加以表达。这说明周作人中文和日文的造诣都很高，只可惜，人品与学品不在一个档次上。
1964年9月起，“社会主义教育运动”进入高潮，周作人的稿费又被减至每月200元人民币，当时他的妻子羽太信子已去世。
文革凄惨境遇，申请安乐死
文革爆发前，出版社联系周作人翻译的最后一部译稿是《平家物语》，他在文革前翻译出了前七卷。
1966年2月的一天，周作人到街上购物，不小心跌倒了两次，在邻居的帮助下，才回到住所。可能是担心跌倒是高血压引起，周作人还找医生量了血压，结果正常。静养之后，依然靠撰文为生。
同年文革爆发后，出版社业务停顿，并于当年6月停发了周作人、钱稻孙的预支稿酬。此时，他们所译的作品早已被斥为“大毒草”，而在上级指示下利用他们的专长组织翻译的出版社领导则被痛斥为“招降纳叛”，还被关进了“牛棚”。
《晚年的周作人》一文透露，出版社的稿酬断了后，周家上下八口人就只能靠周丰一、张菼芳夫妇微薄的工资来维持，日子过得很紧张。由于周作人不属于任何单位，也就享受不到公费医疗。一次，张菼芳陪着周作人去协和医院看病，确诊为前列腺良性肿瘤。还是一位并不宽裕的好友借给他50元作医药费。
1966年8月22日，在毛的鼓动下“造反”的红卫兵们也冲进了八道湾周作人的家中，首先砸的就是其母的牌位。周母是1943年去世的，她的牌位和周作人的女儿若子、周建人的儿子丰子的牌位一道，一直供奉在周作人家的佛龛上。没想到，“破四旧”将这些牌位全部砸毁。
24日，红卫兵再一次来到周家，将房子查封，并将周作人拉到院中的大榆树下，用皮带、棍子抽打。为首的红卫兵看到周作人年迈，就提醒手下的小将们：“不要打头部，得给他留下活口；好叫他交代问题。”待到中午周丰一回家，红卫兵们遂将“革命的怒火”发泄到他的身上，对其一顿暴打。54岁的周丰一右腿被打坏，当时就昏死过去，直到二十多年后还有后遗症，腿经常发麻，行走不便。自然，周作人的几个孙男孙女也跪在旁边“陪绑”。
不仅如此，红卫兵们还占据了后罩房后加盖的一大间屋子，监视周家人在外“反省”。周作人只好蜷缩在后罩房的屋檐底下，后因支持不住，躺倒在地上。这样过了三天三夜，他们靠着老保姆悄悄送来的食物维持着。
后来下起了雨，张菼芳便硬着头皮去找红卫兵，央求对方好歹给个安身之地。红卫兵于是让周作人睡在洗澡间，其他人待在东边的屋子里。夏末初秋，格外潮湿的澡堂里蚊子很多，曾经养尊处优的周作人被咬得体无完肤。
不久，周丰一作为“摘帽右派”，被揪回北图关进“牛棚”。半个月后张菼芳再次向红卫兵求情，算是在厨房的北角给周作人东拼西凑搭了个铺板床，让他睡在那里。
红卫兵还为周家规定了生活标准：老保姆是十五元，周作人是十元。他们向粮店打了招呼：只允许周家人买粗粮。周作人因牙口不好，一日三餐只能就着臭豆腐喝点玉米面糊糊。由于营养不良，又黑间白日囚禁在小屋里，他的两条腿很快就浮肿了。在中学当老师的张菼芳，每天还得到学校去集中学习。但回家的路上，她不时地到药铺去为公公买点维生素片，或到副食品商店去买些松软的糕点。待监视的红卫兵睡熟后，就蹑手蹑脚地踅进小屋去，偷偷塞给周作人。周作人每次都感激涕零地念叨：“我还不如早点死掉算啦，免得这么牵累你们。”
据说，当年9到10月间，他两次给派出所写过“呈文”，这可能是他一生中最后的文稿，“呈文”大意说，他已年过八旬，在延长生命，也只是徒增家人的负担，因此恳请公安机关，允许他服安眠药“安乐死”。可是他并没有得到回复。
随着时间的流逝，红卫兵的监视也就没那么严了。每当监视的红卫兵出去，张菼芳就将周作人搀扶到户外，呼吸些新鲜空气。天冷后，她还给周作人装上了炉子，并用旧报纸把窗缝糊严。就这样，总算将1966年的严冬对付过去。
最后的结局
1967年5月6日，似乎与往常并没有不同。早晨周作人喝了老保姆熬好的玉米面糊糊，老保姆并没有发现有什么异常情况。可是等到下午两点多钟，住在同院的邻居偶然隔着玻璃窗往里看了看。只见老人趴在铺板上一动也不动，姿势很不自然。他感到不妙，便赶紧打电话给张菼芳，把她从学校喊了回来。
张菼芳赶回家后，发现周作人全身早已冰冷，应该是正要下地来解手时猝然发病的，连鞋都没来得及穿。时年83岁。
在当时的情形下，周家人没有办法把遗体送到医院去查明死因，只好匆匆销了户口，送到八宝山去火化了事，骨灰盒也暂时存在那里。但按照规定，三年后必须取回，否则将被处理。三年后，周家人或插队，或去五七干校，各奔东西，周作人的骨灰不知去向。
周作人1964年在八十岁生日时曾作《八十自寿诗》，最后两句是“低头只顾贪游戏，忘却斜阳上土堆”。或许周作人彼时已有预感：贪恋文字游戏的自己，终究逃不脱人生的又一劫，诚所谓寿则多辱也。
