但是，潘光旦毕竟对国民党政权极其失望，因此，眼看中共能够一统江山，迅速恢复经济，并且深得工农学生拥护，他对中共的成功亦不能不口服心服，这使得他对自己过去批评一切主义的态度及坚持学校和学生应与政治保持距离的看法，都不免逐渐发生变化。对于新政权下缺少自由，他理解为“革命刚成功，个人没有自由，将来还会有自由的”。对于自己的优生学上不了讲堂，他的解释是“马列主义解决饮食问题，优生学解决男女问题，将来仍是有用的。”由于意识到自己的一套知识结构必须补充更新，他也开始习惯，甚至自觉地去接受中共的一些政治术语，包括用毛泽东的“四面八方”和“胜利负担”等用语作联，写一些“教职空前大团结，向人民低头学习；看齐了工农劳绩，为新文化努力”之类的新式口号来做祝词，等等。
潘光旦逐渐意识到自身知识结构和政治才能难以适应新形势和新社会的一个最典型的例子，就是他撰写批评美国对华政策白皮书的过程。
1949年8月5日，美国国务院公开发表题为《美国与中国的关系》的白皮书，承认对华政策失败，但指责国民党政府的腐败无能是丢失中国大陆的关键所在，同时寄希望于“中国的悠久文明和民主的个人主义终将再度胜利”。对此，毛泽东以新华社评论员名义，一连发表了几篇措辞尖刻犀利的政论文，一方面痛斥美国在中国的帝国主义政策，一方面警告那些口头上拥护，骨子里还要看一看的知识分子不要被美帝国主义所欺骗，宣称这些“头脑中还残存着许多反动的即反人民的思想”、“对美国怀着幻想”、“一遇到困难就要动摇的”人们，“就是艾奇逊所说的‘民主的个人主义’的拥护者”或所谓“自由主义者”。
对此，作为毛泽东文中所称“先进的人们”之一部，潘光旦所在的民主同盟迅速发表文章“斥责”“美帝白皮书”。而作为民盟清华大学支部负责人，潘显然也一度尝试响应中共，表明态度。然而，当他动起笔来，却很快发现，无论是用过去所学的中学，还是西学的知识，他都无法像毛泽东那样，痛快淋漓地讲出一番义正辞严的大道理来。
潘光旦开篇就坦言：“我是一个一向喜欢讨论民主，讨论自由思想，讨论个人人格一类题目的人”，因此理当就所谓“民主个人主义”和服膺这种主义的人谈谈自己的看法。但真的谈起来，他很自然地就回到了他此前一贯的思想方法上去了。即首先在名词上钻牛角尖，然后从学理上做分析，所谈基本上还是他过去在《读自由主义宣言》等文章中反复谈到的那些观点。即从名词上分析“民主个人主义”根本就是自相矛盾，不成为一个名词，理由是民主承认个人而否认个人主义，个人主义主张个人至上，决不民主；从学理上说明把个人抬高到“主义”的程度，便成了赤裸裸的自私自利主义和放纵散漫的自由主义，结论是说这种主义者实际上是被物欲所支配，既不自由，也不可能民主。照此逻辑分析下去，骂骂美国人还可以，要去批评毛泽东所批评的那些服膺这种主义的中国人，就难乎哉了。因为在他内心里，他根本就不认为中国真的存在这种所谓“民主个人主义者”。14因此，潘光旦这篇表态文章仅仅开了个头，便写不下去了。
早已习惯了在社会政治问题上指点江山、激扬文字的潘光旦，很难接受这样一种落伍的现象。为了要适应和跟上新社会的步伐，除坚持每日读一点报上的政策文章外，潘不能不开始阅读他过去一向以为是“教条”的中共的各种理论读物，如《联共(布)党史简明教程》、马克思恩格斯及毛泽东的著作等。一旦认识到自己落伍于时代，他读这些成功地引导中共取得了胜利的“教条”的感受，也就大不相同了。初读《联共(布)党史简明教程》，他就不能不承认该书理论说明“条理简洁，词旨明达”，一些论点“亦甚平允”，个别内容甚至“大可作社会思想史讲授时之开场白”。读毛泽东那些形象生动、极具中国味道的文章，更是深受触动，说是因为“他的文章与中国旧日的文章好像一样，也叫我感到钦佩。”
开始时，他对这些书中的有些东西还颇难习惯。如读《联共(布)党史简明教程》时，就对该书中称马克思关于历史唯物主义之精要的陈述为“天才之陈述”，深感突兀。但数月之后，即到1950年5月以后，他已经自觉不自觉地认可了这种说法，包括对集体学习马列主义的必要性，也开始给予某种程度上的肯定了。用他的话来说：“经过一年多的政治学习，大学师生对于马列主义虽未必搞通，相当的把握是有了。有了把握，便可以选择、批判，别的方面的理论学习的介绍好比接种牛痘，种过以后，可以不出天花。从另一个方面说，马列主义的构成，一半由于马列的天才，另一半是由于二三千年来西洋学术文化的精髓，大学生可以对这些来源加以问津；马列主义需要发展，马列去世以后西洋文化的积累可以使马列主义更趋于发扬，大学生有权利也有能力吸取这种资料。”
潘讲这番话时候，恰值当局有意按照苏联的模式改造新中国大学专业的设置，他理所当然要用这种说辞为在大学里保留自己的社会学专业进行辩解，但其公开肯定马列主义的指导性意义和直言马克思、列宁的“天才”性，说明他的思想观念已经潜移默化地
