反动派说：‘民盟是共产党的尾巴’，你为什么就不怕人民说：‘你是国民党的帮凶’呢？”有人当场举例驳斥潘：“你当时在上海主编的《华年》……里面的社评文章乃至漫画，都是露骨的反共言论。例如‘共匪如何奸淫烧杀，如何恐怖’。有一篇社论叫《剿匪已入最后阶段》，还有一些通讯如‘向赤都瑞金进军’、‘匪区之一般’、‘剿共声中的贵州’等等，里面尽是一些‘共祸’、‘赤匪’的字眼，你说你看到国民党所杀革命青年而痛恨，这不是当面撒谎吗？”
实际上，潘光旦这时被认定的“历史问题”太多了。如加入过反动的国社党，与这时被内定有里通外国嫌疑的张东荪关系密切，战后又签名于反苏宣言，积极参与集中了众多“反共”学人的社会经济研究所的活动，政论文中更有大量“反苏反共”言论，等等。不仅如此，潘的态度也大成问题。据揭发，潘对“忠诚老实交(待)清”活动私下里颇多微词，态度倨傲，实际上对检讨自己的问题怀有明显的抵触情绪，因此，学校节约检查委员会原本也不打算让潘过关。此前，它已经组织教师和学生全面查阅和整理过潘过去所编的杂志和发表的文章，以从中寻找更多的珠丝马迹，用以批驳潘的种种辩解，迫使其交代清楚问题。会后印发的《潘光旦先生解放前的反动言论摘录》，就摘章断句地列举出了大量潘光旦当年发表过的所谓“反苏反共拥蒋亲美”的言论，更凸显出潘政治历史上的反动。
经过一系列有组织的准备和动员，3月29日下午，节约检查委员会进一步召开全校师生大会，组织发动学生教师对潘光旦的第三次检讨进行揭发批判，以狠杀潘光旦的那股傲气。发言者根据安排，分别就潘的不同检讨侧面进行了慷慨激昂的斥责，而火力最猛之处，无疑还是那些让潘永远也解释不清楚的“历史问题”。
物理系教授余瑞璜着重从潘自己所编杂志和所写文章的相关内容，批驳潘关于自己一贯反蒋的说辞。航空学院教授宁晃着重揭发批判潘“亲美崇美恐美思想”，否认潘在对美认识和感情上已经彻底改造思想。地理系讲师李孝芳则集中火力揭发了潘在“一二·九”运动期间对清华学运的“压制”与“迫害”，强调潘并非如他所说是左右为难，秉公办事，而是利用行政权力，又是查封学生的进步刊物，又是检查封闭学生的进步团体，并且以破坏学校秩序为名，公然开除进步学生。最为吊诡之处，是有教授发言把潘光旦建国前后所写的反美文章，竟然也说成是“站在美国立场讲话”。称：潘光旦“解放前曾联名与人在反动刊物发表《忠告美国政府》一文，污蔑反美扶日运动，文中暗示要求美国援助蒋匪的反苏反共，解放后仍在《光明日报》发表《美国——一个错误》一文，站在美国立场讲话，把美国侵朝战争说成是一个错误，认为朝鲜战争是北朝鲜打了美国一闷棍，劝告美国应休息、静养、反省、检讨，否则弄得不好，会断送了前途等。”
29日大会当晚，民盟清华大学分部也根据节约检查委员会的安排，马不停蹄地召开了全体盟员大会，进一步对潘光旦轮番轰炸。与会40多盟员39人都对潘进行了揭发批判，有些人还两度发言，长篇大论，整个会议因此直开到次日凌晨，开了6个小时之久。潘光旦因为一向我行我素，在民盟中与一些人久有宿怨，因此会议一开始他就看出大势所趋，先大包大揽，承认错误，说自己不能领导，要求民盟市支部撤销自己的区分部主委职务云云。他的这一傲慢态度，又激起与会者的不满，认为他这是先发制人，火药味因而更加浓烈。会议的基本结论是：潘光旦在盟中一贯立场反动，亲美反苏，并大搞任人为亲，宗派主义，与此次运动中被揭发出来，且已经定性为有“里通外国”的严重“政治问题”的张东荪等打得火热，“连盟员的资格都不够”。
在这次会议上特别值得注意的是费孝通的发言。听到许多揭发批判把潘的问题与张东荪的问题相联系，费孝通深不以为然，在发言中代潘进行了大量辩解。说“与张东荪不同，潘主要是思想问题，应帮助他进行思想改造，撤职则是处分问题，要看其行动，故应慎重考虑。”说“潘反蒋不反共，在昆明同龙云有关系，同时与华岗也有往来，可以证明”。说潘反对集体主义，认为苏联是集体主义，也是法西斯主义，但潘并非直接反苏。说应承认潘对民盟还是有贡献的，如联络上层、组织捐款等，但潘不认识群众力量，不作群众工作，这是方法上的错误。说北平解放后潘所以一度思想消极，并非对新中国不满，只是因为“民盟没选出他参加政协，他不满意，有进步包袱，不学习”，等等。
费孝通的这些辩解，也使得一些与会盟员大为不满。有人当场站起来斥责费说：“潘光旦几次检讨不好原来是有人给他拉后腿，这人就是费孝通。”有人厉声质问说：“费孝通帮助张东荪作检讨，又包庇潘光旦，和张、潘很熟，一定知道他们搞小宗派，但又不揭发，是否自己也在小宗派之内？”因此，许多人认为费本人的检讨虽已通过，但思想还是这样糊涂，应让费再作检讨，不能马虎过关。在与会者的强大压力下，据会议记录者记录称：费孝通当时“面色极为难堪，低头不发一语，最后表示愿做检讨”。
