但是，也正是在这次会议的开幕式上，毛泽东公开宣布了那个很快导致潘光旦堕入政治深渊的进行思想改造运动的决定。他宣告说：“思想改造，首先是各种知识分子的思想改造，是我国在各方面彻底实现民主改革和逐步实行工业化的重要条件之一。”
就在毛泽东正式宣布这一决定之前，政务院总理周恩来已经专程到北京大学向京津地区高校1700多名教师做了一篇题为《关于知识分子的改造问题》的长篇报告。在长达5个小时的报告中，周恩来用亲身经历说明了从阶级出身、阶级成分和旧社会的社会政治环境，看思想改造的重要性和必要性，说明自己过去也曾有过各种错误的思想和行为。坐在台下的教授们无不被周恩来的坦诚所感动，同为清华教授的金岳霖等人印象最深的就是：他无论如何也不可能想象到，“有周总理这样地位高的人在大庭广众中承认自己犯过错误”。他说：这“对我们这些人来说是了不起的大事”。其他与会教师也表示：“周总理是革命前辈，为人民立了大功，是党和国家的领导，尚且如此谦虚，当着我们的面解剖自己，我们还有什么不能向党交心的呢？”同在会场中的潘光旦，也是一样颇受触动。因此，结合前一段对电影《武训传》的批判，和学校里正在开展的仇视、鄙视、蔑视美国的“三视”教育，在“对外分清敌友”的学习过程中，潘光旦也仿照周恩来的样子，对自己的思想和历史，做了深入的“自我检讨”。
潘诚恳地检查了自己认识、接触美国的全过程，详细说明了自己不同时期对美国的看法，认为自己整体上说来对美国没有多少好感，“崇美的心理我自认为更说不上”，“恐美心理的问题不大，比较容易克服”。只是因为清华代理校长当年嫌自己残疾反对选派自己去美国，美国女教师为自己打抱不平，使得实现留学愿望，以及1946年李闻惨案发生后，昆明美国领事馆马上把自己等接到馆里躲避等几件事情，自己会有一些亲美心理。而“经历了解放战争的伟大胜利，民主建设的步步成功，参加了一连串的发人深省的群众运动，特别是抗美援朝与反文化侵略，学习了美国侵华史，最近更学习了美帝国主义的侵略本质之后”，“这些对美帝国主义的错误认识，无论多少，是无疑的已经基本上扫清了。”这也是自己能够写出一系列反美文章的重要思想基础。
但是，潘承认，如果认真地从“亲美、崇美、恐美”三个方面来检查的话，还是能够发现，自己实际上对美国总是仇视不起来。为什么呢？他转而开始学着从阶级出身和阶级成分的角度，对自己做解剖。说“我之所以仇美仇不起来，乃至仇许多别的坏东西也仇不起来，是一个十足的阶级立场的问题，是一个小资产阶级知识分子的阶级出身所必然产生的结果。”他因此详述自己的小资产阶级出身，和长期接受资产阶级教育，长期受到中国半封建与半殖民地环境影响的情况。说明自己因为做过基督教徒，因此对耶稣“博爱”的言行印象深刻；因为对传统“旧学”的偏好，因此对儒家“以直报怨”的主张深以为然；因为受美国教育多年，因此自由主义思想浓厚。这些都使自己“主张一切兼容并包”，无原则地赞同和平团结。“不但不懂得什么是阶级，并且根本反对站在阶级立场说话，认为阶级是一大宗偏见的厉阶，和种族、宗教、国家之类属于同一范畴”，以致一贯“以为不动感情、无多爱憎、直道待人，方是美德”。他的结论是，自己之所以仇美仇不起来，根本上就是因为没有站到无产阶级的立场上来，没有和广大人民同呼吸共命运。“因为长期遭受到美帝国主义的侵略榨取，人民是仇美的，我如真体验到人民的仇美，我又何能不仇美呢？”他最后坦言：因为自己的这种思想和历史，“我一时还不能掌握无产阶级的立场，是肯定的”。但经过学习，认识了人民，相信了人民的力量，因此“我多少已经站进人民立场”。“我相信，我如果再努力学习一下，把人民的休戚利害作为我的休戚利害，而把一己的休戚利害搁过一边，仇美的情感是一定会日益滋长起来的。这也是肯定的。”
和此后运动期间历次在政治压力下进行检讨不同的是，潘光旦这次的检讨是基于自己在历次小组学习会上所做的自我批评，主动加以综合和深化的结果。能够严格依照中共的阶级分析方法，把自己的家庭出身、个人成分和教育背景等等，与阶级立场联系起来，痛贬自己过去的一切，这足以显示出潘光旦这时思想的变化又有新的发展，紧跟形势的决心和勇气也相当大。但让潘光旦无论如何也想不到的是，自认为已经走在前面的他，却在思想改造运动之初发现，自己不仅身负着因阶级出身、阶级成分、旧社会环境与教育所造成的历史原罪，而且竟然还有过太多有口难辩的“反共反苏”、“反革命”的“历史问题”。
严格地说，基于潘光旦建国以来在政治上的种种表现，无论是北京市，还是清华大学，最初都没有把他列为重点人物。据中共北京市委1952年2月的报告，当时北大清华两校教授中被内定为反动的主要是清华的雷海宗、北大的朱光潜、冯友兰等，被列为中间落后的，有清华的金岳霖、吴景超以及北大的罗常培、马大猷等。潘光旦连名字都没有被列入。也正因为如此，潘对这次运动，完全没有重视。学校组织运动领导机构——校节约检查委员会，要求民盟出一人参加时，他想都没有想，就随便找了一位盟员去加入了。在学习文件阶段，他还对一位教师说：“你批评那么多干嘛？以后可就没什么可批评的了。”他甚至私下里还半开玩笑讽刺&ldqu
